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万見
- PDB-7s3d: Structure of photosystem I with bound ferredoxin from Synechococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s3d
タイトルStructure of photosystem I with bound ferredoxin from Synechococcus sp. PCC 7335 acclimated to far-red light
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 3
  • 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein
  • PSI subunit V
  • PSI-F
  • Photosystem I 16 kDa polypeptide
  • PsaC
  • PsaI2
  • PsaM
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Far-red light photoacclimation / Chlorophyll f / Ferredoxin / PsaF / PsaJ
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Electron transport accessory-like domain superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll F / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit II ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chlorophyll F / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit II / Ferredoxin-1 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Gisriel, C.J. / Flesher, D.A. / Shen, G. / Wang, J. / Ho, M. / Brudvig, G.W. / Bryant, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structure of a photosystem I-ferredoxin complex from a marine cyanobacterium provides insights into far-red light photoacclimation.
著者: Christopher J Gisriel / David A Flesher / Gaozhong Shen / Jimin Wang / Ming-Yang Ho / Gary W Brudvig / Donald A Bryant /
要旨: Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes ...Far-red light photoacclimation exhibited by some cyanobacteria allows these organisms to use the far-red region of the solar spectrum (700-800 nm) for photosynthesis. Part of this process includes the replacement of six photosystem I (PSI) subunits with isoforms that confer the binding of chlorophyll (Chl) f molecules that absorb far-red light (FRL). However, the exact sites at which Chl f molecules are bound are still challenging to determine. To aid in the identification of Chl f-binding sites, we solved the cryo-EM structure of PSI from far-red light-acclimated cells of the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7335. We identified six sites that bind Chl f with high specificity and three additional sites that are likely to bind Chl f at lower specificity. All of these binding sites are in the core-antenna regions of PSI, and Chl f was not observed among the electron transfer cofactors. This structural analysis also reveals both conserved and nonconserved Chl f-binding sites, the latter of which exemplify the diversity in FRL-PSI among species. We found that the FRL-PSI structure also contains a bound soluble ferredoxin, PetF1, at low occupancy, which suggests that ferredoxin binds less transiently than expected according to the canonical view of ferredoxin-binding to facilitate electron transfer. We suggest that this may result from structural changes in FRL-PSI that occur specifically during FRL photoacclimation.
履歴
登録2021年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24821
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24821
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: PsaC
D: Photosystem I 16 kDa polypeptide
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: PSI-F
I: PsaI2
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: PSI subunit V
M: PsaM
X: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein
G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
N: PsaC
O: Photosystem I 16 kDa polypeptide
P: Photosystem I reaction center subunit IV
Q: PSI-F
R: PsaI2
S: Photosystem I reaction center subunit IX
T: Photosystem I reaction center subunit PsaK
U: PSI subunit V
V: PsaM
W: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: PsaC
d: Photosystem I 16 kDa polypeptide
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: PSI-F
i: PsaI2
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK
l: PSI subunit V
m: PsaM
x: 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,147,335453
ポリマ－827,61736
非ポリマー319,717417
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 AGaBHb

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA / PsaA2


分子量: 86411.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP20, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB / PsaB2


分子量: 83207.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP21, photosystem I

-
タンパク質 , 6種, 18分子 CNcDOdFQfIRiLUlXWx

#3: タンパク質 PsaC


分子量: 8809.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
#4: タンパク質 Photosystem I 16 kDa polypeptide / Photosystem I reaction center subunit II / PsaD


分子量: 17051.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WFP8
#6: タンパク質 PSI-F / Photosystem I reaction center subunit III / PsaF2


分子量: 18569.213 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP24
#7: タンパク質 PsaI2


分子量: 7668.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP23
#10: タンパク質 PSI subunit V / PSI-L / Photosystem I reaction center subunit XI / PsaL2


分子量: 18632.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP22
#12: タンパク質 2Fe-2S ferredoxin-type domain-containing protein / PetJ


分子量: 10835.725 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WFX2

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 9分子 EPeJSjKTk

#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / PsaE


分子量: 7955.112 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WSJ5
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PsaJ2


分子量: 5170.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WP25
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 8195.834 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
株: ATCC 29403 / PCC 7335 / 参照: UniProt: B4WL17

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 42分子 MVm

#11: タンパク質・ペプチド PsaM


分子量: 3366.065 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
#21: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 12種, 711分子

#13: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物
ChemComp-F6C / Chlorophyll F / [methyl 9-ethenyl-14-ethyl-8-formyl-4,13,18-trimethyl-20-oxo-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,23,25-tetradehydro-24,26-dihydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]magnesium


分子量: 905.457 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C55H68MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C31H46O2
#17: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4
#18: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: C40H56
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#22: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#23: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#24: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe2S2
#25: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Far-red light-acclimated Photosystem I from Synechococcus sp. PCC 7335
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. PCC 7335 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286672 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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