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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rtm | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Sodium-driven Chloride/Bicarbonate Exchanger NDCBE (SLC4A8) | |||||||||
要素 | Electroneutral sodium bicarbonate exchanger 1 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / NDCBE / sodium-driven chloride/bicarbonate exchanger / cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | CARBONATE ION 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, W.G. / Tsirulnikov, K. / Zhekova, H. / Kayik, G. / Muhammad-Khan, H. / Azimov, R. / Abuladze, N. / Kao, L. / Newman, D. / Noskov, S.Y. ...Wang, W.G. / Tsirulnikov, K. / Zhekova, H. / Kayik, G. / Muhammad-Khan, H. / Azimov, R. / Abuladze, N. / Kao, L. / Newman, D. / Noskov, S.Y. / Zhou, Z.H. / Pushkin, A. / Kurtz, I. | |||||||||
資金援助 | 米国, カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the sodium-driven chloride/bicarbonate exchanger NDCBE. 著者: Weiguang Wang / Kirill Tsirulnikov / Hristina R Zhekova / Gülru Kayık / Hanif Muhammad Khan / Rustam Azimov / Natalia Abuladze / Liyo Kao / Debbie Newman / Sergei Yu Noskov / Z Hong Zhou / ...著者: Weiguang Wang / Kirill Tsirulnikov / Hristina R Zhekova / Gülru Kayık / Hanif Muhammad Khan / Rustam Azimov / Natalia Abuladze / Liyo Kao / Debbie Newman / Sergei Yu Noskov / Z Hong Zhou / Alexander Pushkin / Ira Kurtz / 要旨: SLC4 transporters play significant roles in pH regulation and cellular sodium transport. The previously solved structures of the outward facing (OF) conformation for AE1 (SLC4A1) and NBCe1 (SLC4A4) ...SLC4 transporters play significant roles in pH regulation and cellular sodium transport. The previously solved structures of the outward facing (OF) conformation for AE1 (SLC4A1) and NBCe1 (SLC4A4) transporters revealed an identical overall fold despite their different transport modes (chloride/bicarbonate exchange versus sodium-carbonate cotransport). However, the exact mechanism determining the different transport modes in the SLC4 family remains unknown. In this work, we report the cryo-EM 3.4 Å structure of the OF conformation of NDCBE (SLC4A8), which shares transport properties with both AE1 and NBCe1 by mediating the electroneutral exchange of sodium-carbonate with chloride. This structure features a fully resolved extracellular loop 3 and well-defined densities corresponding to sodium and carbonate ions in the tentative substrate binding pocket. Further, we combine computational modeling with functional studies to unravel the molecular determinants involved in NDCBE and SLC4 transport. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rtm.cif.gz | 206.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rtm.ent.gz | 162.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rtm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rtm_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rtm_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rtm_validation.xml.gz | 47.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rtm_validation.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/7rtm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/7rtm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999762042, 0.000477641228076, -0.000497768858412), (-0.000477422565083, -0.999999789536, -0.000439312482978), (-0.000497978587404, -0.000439074732355, 0. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999999762042, 0.000477641228076, -0.000497768858412), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64304.094 Da / 分子数: 2 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 多糖 | #3: 糖 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NDCBE(SLC4A8) dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: sample in 0.01% LMNG. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Glow discharged with Easyglow. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot time 2 seconds. blot force 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7545 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2739162 / 詳細: particles were autopicked in Relion | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 380776 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.000708577549399 Å |