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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pn1 | ||||||
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タイトル | Apo HsPepT1 in the outward facing open conformation | ||||||
要素 | Solute carrier family 15 member 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HsPepT1 / PepT1 / Peptide transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / tripeptide import across plasma membrane / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / 刷子縁 / monoatomic ion transport / protein transport ...proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / tripeptide import across plasma membrane / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / 刷子縁 / monoatomic ion transport / protein transport / apical plasma membrane / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Killer, M. / Wald, J. / Pieprzyk, J. / Marlovits, T.C. / Loew, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structural snapshots of human PepT1 and PepT2 reveal mechanistic insights into substrate and drug transport across epithelial membranes. 著者: Maxime Killer / Jiri Wald / Joanna Pieprzyk / Thomas C Marlovits / Christian Löw / 要旨: The uptake of peptides in mammals plays a crucial role in nutrition and inflammatory diseases. This process is mediated by promiscuous transporters of the solute carrier family 15, which form part of ...The uptake of peptides in mammals plays a crucial role in nutrition and inflammatory diseases. This process is mediated by promiscuous transporters of the solute carrier family 15, which form part of the major facilitator superfamily. Besides the uptake of short peptides, peptide transporter 1 (PepT1) is a highly abundant drug transporter in the intestine and represents a major route for oral drug delivery. PepT2 also allows renal drug reabsorption from ultrafiltration and brain-to-blood efflux of neurotoxic compounds. Here, we present cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of human PepT1 and PepT2 captured in four different states throughout the transport cycle. The structures reveal the architecture of human peptide transporters and provide mechanistic insights into substrate recognition and conformational transitions during transport. This may support future drug design efforts to increase the bioavailability of different drugs in the human body. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pn1.cif.gz | 219.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pn1.ent.gz | 185.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pn1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78872.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HsPepT1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC15A1, PEPT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46059 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human PepT1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3 / カテゴリ: 最終オイラー角割当 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199987 / 対称性のタイプ: POINT |