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万見
- PDB-7fif: Cryo-EM structure of the hedgehog release protein Disp from water... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fif
タイトルCryo-EM structure of the hedgehog release protein Disp from water bear (Hypsibius dujardini)
要素Protein dispatched-like protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / Dispatched / Hedgehog release / Hedgehog signaling / setrol sensing domain / water bear
機能・相同性Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Protein dispatched-like protein 1
機能・相同性情報
生物種Hypsibius dujardini (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Luo, Y. / Wan, G. / Wang, Q. / Zhao, Y. / Cong, Y. / Li, D.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37020204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB19020100 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB SSW SMC037 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870726 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630047 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31771610 中国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Architecture of Dispatched, a Transmembrane Protein Responsible for Hedgehog Release.
著者: Yitian Luo / Guoyue Wan / Xuan Zhou / Qiuwen Wang / Yunbin Zhang / Juan Bao / Yao Cong / Yun Zhao / Dianfan Li /
要旨: The evolutionarily conserved Hedgehog (Hh) signaling pathway is crucial for programmed cell differentiation and proliferation. Dispatched (Disp) is a 12-transmembrane protein that plays a critical ...The evolutionarily conserved Hedgehog (Hh) signaling pathway is crucial for programmed cell differentiation and proliferation. Dispatched (Disp) is a 12-transmembrane protein that plays a critical role in the Hedgehog (Hh) signaling pathway by releasing the dually lipidated ligand HhN from the membrane, a prerequisite step to the downstream signaling cascade. In this study, we focus on the Disp from water bear, a primitive animal known as the most indestructible on Earth. Using a zebrafish model, we show that the water bear homolog possesses the function of Disp. We have solved its structure to a 6.5-Å resolution using single-particle cryogenic electron microscopy. Consistent with the evolutional conservation of the pathway, the water bear Disp structure is overall similar to the previously reported structures of the fruit fly and human homologs. Although not revealing much detail at this resolution, the water bear Disp shows a different conformation compared to published structures, suggesting that they represent different functional snapshots.
履歴
登録2021年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein dispatched-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9431
ポリマ－124,9431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein dispatched-like protein 1


分子量: 124943.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypsibius dujardini (無脊椎動物)
遺伝子: BV898_06340 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1W0WWK2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dispatched / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 130 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Hypsibius dujardini (無脊椎動物)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)HEPES1
30.1 %digitoninC56H92O291
40.5 mMEthylenediaminetetraacetic acidEDTA1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.6 sec. / 電子線照射量: 60.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5380

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.1.8CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62850 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6TBU

6tbu


Accession code: 6TBU / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.014094
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.2715709
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.59212
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042777
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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