PDB-7rb1: Isocitrate Lyase-1 from Mycobacterium tuberculosis covalently mod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rb1

タイトル

Isocitrate Lyase-1 from Mycobacterium tuberculosis covalently modified by 5-descarboxy-5-nitro-D-isocitric acid

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE / tuberculosis / glyoxylate shunt / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / glyoxysome / isocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / response to host immune response / zymogen binding / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Krieger, I.V. / Mellott, D. / Meek, T. / Sacchettini, J.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Mechanism-Based Inactivation of Mycobacterium tuberculosis Isocitrate Lyase 1 by (2 R ,3 S )-2-Hydroxy-3-(nitromethyl)succinic acid.
著者: Mellott, D.M. / Torres, D. / Krieger, I.V. / Cameron, S.A. / Moghadamchargari, Z. / Laganowsky, A. / Sacchettini, J.C. / Meek, T.D. / Harris, L.D.

履歴

登録	2021年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rb1.cif.gz	384 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rb1.ent.gz	284.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rb1_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rb1_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7rb1_validation.xml.gz	67.9 KB	表示
CIF形式データ	7rb1_validation.cif.gz	96.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vb9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dql-d 6c4a-2 7cmx-d 6c4a-1 6xpp-d 6wsi-d 6c4c-2 1f8i-d 6vb9-d 7cmy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.068, 140.301, 160.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Isocitrate lyase / ICL / Isocitrase / Isocitratase 分子量: 47134.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: icl, Rv0467, MTV038.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKK7, isocitrate lyase

-
非ポリマー , 6種, 834分子

#2: 化合物	ChemComp-48J / dihydroxyacetic acid / glyoxylate hydrate / ジヒドロキシ酢酸分子量: 92.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-54I / (3E)-3-(hydroxyimino)propanoic acid 分子量: 103.077 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.2 M sodium acetate, and 20-30% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→80 Å / Num. obs: 133991 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.178 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.194 / Χ²: 1.102 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 861565

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	5.9	1.6	6620	0.421	0.714	1.755	0.513	99.6
1.93-1.97	6	1.387	6598	0.528	0.609	1.517	0.533	99.6
1.97-2.01	6.1	1.167	6604	0.615	0.509	1.275	0.561	99.6
2.01-2.05	6.2	1.043	6613	0.647	0.451	1.138	0.582	99.5
2.05-2.09	6.3	0.863	6674	0.737	0.371	0.941	0.669	99.5
2.09-2.14	6.4	0.773	6603	0.781	0.327	0.84	0.694	99.4
2.14-2.19	6.1	0.664	6590	0.795	0.291	0.726	0.758	99.1
2.19-2.25	6.5	0.583	6623	0.848	0.244	0.633	0.844	99.7
2.25-2.32	6.7	0.513	6653	0.872	0.21	0.555	0.887	99.8
2.32-2.39	6.7	0.449	6685	0.907	0.185	0.486	0.94	100
2.39-2.48	6.7	0.375	6675	0.91	0.156	0.407	0.997	99.9
2.48-2.58	6.6	0.316	6689	0.931	0.133	0.344	1.107	99.9
2.58-2.7	6.1	0.261	6699	0.95	0.114	0.285	1.14	99.6
2.7-2.84	6.9	0.223	6671	0.974	0.091	0.241	1.186	100
2.84-3.02	6.9	0.177	6748	0.981	0.073	0.192	1.341	100
3.02-3.25	6.8	0.148	6724	0.987	0.061	0.16	1.42	99.9
3.25-3.58	6.3	0.118	6763	0.989	0.051	0.129	1.716	99.8
3.58-4.09	6.9	0.099	6793	0.992	0.041	0.107	1.943	99.9
4.09-5.16	6.4	0.087	6849	0.993	0.037	0.094	1.894	99.9
5.16-80	6.3	0.097	7117	0.987	0.043	0.107	1.935	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VB9

6vb9

解像度: 1.9→42.57 Å / SU ML: 0.2059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6032
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	6645	4.96 %
R_work	0.1705	127201	-
obs	0.1722	133846	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13232	0	107	810	14149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	13658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0375	18553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0615	2027
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	2454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.8947	4905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3081	225	0.2552	4097	X-RAY DIFFRACTION	96.71
1.92-1.94	0.2954	220	0.2576	4142	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.94-1.97	0.3027	229	0.2405	4214	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.97-1.99	0.2729	230	0.2351	4193	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.99-2.02	0.2672	204	0.2308	4174	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.02-2.04	0.2715	215	0.224	4184	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.04-2.07	0.2672	237	0.2296	4214	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.07-2.11	0.2739	211	0.2177	4172	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.11-2.14	0.2617	209	0.2069	4243	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.14-2.17	0.2409	219	0.1976	4157	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.17-2.21	0.2655	231	0.2005	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.21-2.25	0.2143	207	0.1971	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.25-2.29	0.2606	225	0.2021	4238	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.29-2.34	0.2554	220	0.1955	4242	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.34-2.39	0.2605	234	0.194	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.39-2.45	0.2327	215	0.1908	4242	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.51	0.2274	240	0.1846	4264	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.51-2.58	0.2392	221	0.1846	4195	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.58-2.65	0.2246	209	0.1813	4251	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.65-2.74	0.2139	211	0.1768	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.74-2.84	0.2248	245	0.1771	4226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2095	212	0.1707	4275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.08	0.1928	207	0.1738	4263	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.08-3.25	0.1982	222	0.1797	4283	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.25-3.45	0.1939	211	0.1619	4289	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.45-3.72	0.1801	207	0.1512	4318	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.72-4.09	0.1657	219	0.1348	4316	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.09-4.68	0.1736	230	0.1301	4350	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.68-5.89	0.1627	228	0.1376	4366	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.89-42.57	0.1418	252	0.1501	4489	X-RAY DIFFRACTION	98.71

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