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- PDB-7kg0: Structure of human PARG complexed with PARG-131 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kg0
タイトルStructure of human PARG complexed with PARG-131
要素Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / HYDROLASE / hydrolase inhibitor complex / methyl xanthine / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / regulation of DNA repair / base-excision repair, gap-filling / carbohydrate metabolic process / nuclear body / mitochondrial matrix ...nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / regulation of DNA repair / base-excision repair, gap-filling / carbohydrate metabolic process / nuclear body / mitochondrial matrix / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(ADP-ribose) glycohydrolase / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), catalytic domain / : / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), Macro domain fold / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WDA / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Arvai, A. / Bommagani, S. / Brosey, C.A. / Jones, D.E. / Warden, L.S. / Ahmed, Z. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA200231 米国
引用ジャーナル: Prog.Biophys.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Targeting SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain structure with insights from human poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) structures with inhibitors.
著者: Brosey, C.A. / Houl, J.H. / Katsonis, P. / Balapiti-Modarage, L.P.F. / Bommagani, S. / Arvai, A. / Moiani, D. / Bacolla, A. / Link, T. / Warden, L.S. / Lichtarge, O. / Jones, D.E. / Ahmed, Z. / Tainer, J.A.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8777
ポリマ－61,0201
非ポリマー8576
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.293, 66.579, 89.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Poly(ADP-ribose) glycohydrolase


分子量: 61020.375 Da / 分子数: 1 / 変異: K616A, Q617A, K618A, E688A, K689A, K690A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q86W56, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-WDA / 5-({4-[(1,3-dimethyl-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydro-7H-purin-7-yl)methyl]phenyl}methyl)pyrimidine-2,4,6(1H,3H,5H)-trione


分子量: 410.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M PCTP, pH 7.5, 0.2 M AmSO4, 18-23% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月12日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→39.92 Å / Num. obs: 59073 / % possible obs: 94.29 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.81 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09772 / Rpim(I) all: 0.05325 / Rrim(I) all: 0.1119 / Net I/σ(I): 7.85
反射 シェル解像度: 1.66→1.719 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 4954 / CC1/2: 0.59 / CC star: 0.861 / Rpim(I) all: 0.6203 / Rrim(I) all: 1.306 / % possible all: 79.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B1G

4b1g


解像度: 1.66→37.33 Å / SU ML: 0.1979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.67
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2952 5 %
Rwork0.1846 56121 -
obs0.1863 59073 94.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 0 54 432 4383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00674111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85385607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.09281467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.680.3231960.31231999X-RAY DIFFRACTION69.97
1.68-1.710.30891190.26922369X-RAY DIFFRACTION84.14
1.71-1.740.29351300.2512679X-RAY DIFFRACTION93.66
1.74-1.780.29041490.22212655X-RAY DIFFRACTION95.93
1.78-1.810.29271280.22372833X-RAY DIFFRACTION97.59
1.81-1.850.26261440.20752690X-RAY DIFFRACTION97.05
1.85-1.90.29431430.23432767X-RAY DIFFRACTION96.71
1.9-1.940.31191450.26522603X-RAY DIFFRACTION93.63
1.94-20.25151860.19582740X-RAY DIFFRACTION97.57
2-2.060.21711240.18682794X-RAY DIFFRACTION97.53
2.06-2.120.24841340.19682618X-RAY DIFFRACTION92.44
2.12-2.20.20621100.16312599X-RAY DIFFRACTION91.52
2.2-2.290.23821630.18382710X-RAY DIFFRACTION95.1
2.29-2.390.20451600.18132742X-RAY DIFFRACTION97.58
2.39-2.510.24061420.17722778X-RAY DIFFRACTION97.56
2.52-2.670.23141430.1862755X-RAY DIFFRACTION96.92
2.67-2.880.23451310.1812785X-RAY DIFFRACTION97.53
2.88-3.170.23041520.18322648X-RAY DIFFRACTION93.55
3.17-3.630.21111720.17032767X-RAY DIFFRACTION97.77
3.63-4.570.15381230.15532831X-RAY DIFFRACTION97.72
4.57-37.330.18511580.18512759X-RAY DIFFRACTION94.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.237115410254-0.503655172127-0.4447199043592.261521378941.390361864581.950116339170.09222014788810.04327967030710.107127419838-0.617049351738-0.0740265154604-0.0985562405433-0.609754035331-0.113473789874-0.02325241619120.3741464508520.0273991724985-0.01614385055930.189265040474-0.01666780015640.244072263288-4.7022995621729.674316005-29.3366798257
20.944170583188-0.1189296776350.3709314083851.57697644195-0.115919253351.683945651670.0102790777158-0.0911746023552-0.01249106750090.26333503802-0.1002021747150.0904765592751-0.0510438179673-0.1321357818070.07634009068790.172896777982-0.01159740591020.03966003343640.156747578645-0.03493196087440.147828817377-8.0750052369719.9964331293-1.8721239503
30.8010042255720.0484654306442-0.05320160096061.938495462791.066943670932.50258311916-0.02606308876990.0041212559229-0.060740126607-0.198580736769-0.06635057467110.00843357520521-0.0216494490121-0.06433121379250.08482218386870.1908109055390.00798243221734-0.010406366530.1318593993280.00467030973060.134091065639-5.7663769445114.6209034036-28.6136096851
42.88806896998-0.1100720588891.215178276571.743217502950.672469032162.450063595580.02006309129870.0464665541428-0.0678950580045-0.0353094758355-0.0760655762630.002652624052810.0723067994792-0.02166820706080.06053094755730.1201172803240.004552253800950.02944838431030.0920019085227-0.003673091041230.113344945287-2.7982506430515.0995932294-17.6852479367
50.9001626035210.354350327690.1342953180162.032662926210.8975146382391.87431349852-0.05642467456460.02362087869690.00569592480006-0.314940117105-0.05357175551540.0584739169548-0.0731913126345-0.04875669262860.1015692426740.2001362040440.00987857859710.01187918596940.130986306380.001298423272340.135970828539-5.1947165675110.5459770427-33.6931298657
64.91961673367-0.04500619618040.1235923068623.849354751151.793554103912.59392150466-0.0251694801150.303117012599-0.340380008896-0.329958439502-0.1550174680960.003095191554680.168428652393-0.1665691544340.1824569020960.359459616821-0.007308347561460.005261812573760.179004293486-0.08352183077590.189620523527-9.00679295853-5.18978302412-46.175295538
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 452 through 493 )452 - 4931 - 44
22chain 'A' and (resid 494 through 688 )494 - 68845 - 228
33chain 'A' and (resid 689 through 753 )689 - 753229 - 293
44chain 'A' and (resid 754 through 804 )754 - 804294 - 350
55chain 'A' and (resid 805 through 920 )805 - 920351 - 469
66chain 'A' and (resid 921 through 963 )921 - 963470 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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