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- PDB-7jxf: E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jxf
タイトルE. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate diastereomer analog
要素Thymidylate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / non covalent intermediate / half-sites activity / TMP synthesis / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
5-HYDROXYMETHYLURIDINE-2'-DEOXY-5'-MONOPHOSPHATE / Chem-VMV / Chem-VNM / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Finer-Moore, J. / Kholodar, S.A. / Stroud, R.M. / Kohen, A. / Moliner, V. / Swiderek, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24485 米国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Caught in Action: X-ray Structure of Thymidylate Synthase with Noncovalent Intermediate Analog.
著者: Kholodar, S.A. / Finer-Moore, J.S. / Swiderek, K. / Arafet, K. / Moliner, V. / Stroud, R.M. / Kohen, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2018
タイトル: Parallel reaction pathways and noncovalent intermediates in thymidylate synthase revealed by experimental and computational tools.
著者: Kholodar, S.A. / Ghosh, A.K. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Kohen, A.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7348
ポリマ－61,1192
非ポリマー1,6146
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.442, 125.442, 67.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TSase


分子量: 30559.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thyA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A029ILG4, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 416分子

#2: 化合物 ChemComp-5HU / 5-HYDROXYMETHYLURIDINE-2'-DEOXY-5'-MONOPHOSPHATE / 5-(ヒドロキシメチル)-2′-デオキシウリジン5′-りん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 338.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-VMV / N-[4-({[(6S)-2,4-diamino-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,2-d]pyrimidin-6-yl]methyl}amino)benzene-1-carbonyl]-L-glutamic acid


分子量: 443.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-VNM / (2S)-2-({4-[({(6S)-2,4-diamino-5-[(1-{(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-[(phosphonooxy)methyl]tetrahydrofuran-2-yl}-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)methyl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,2-d]pyrimidin-6-yl}methyl)amino]benzoyl}amino)pentanedioic acid (non-preferred name)


分子量: 763.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38N9O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % / 解説: hexagonal rods
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 8mg/ml protein, 3.3 mM inhibitor, 5mM DTT against 1.35 M NaCitrate, 0.1 M Hepes, pH7.1
PH範囲: 7.1-7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射モノクロメーター: double Xtal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→108.64 Å / Num. obs: 88818 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 15.738 % / Biso Wilson estimate: 25.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 26.24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.544.4682.1520.538530.1962.42954.7
1.54-1.585.5131.6660.7849380.2981.84171.6
1.58-1.636.8641.3181.1755030.4571.42782.8
1.63-1.688.3540.991.7759710.6781.05691.5
1.68-1.7310.3350.8072.5161910.7980.84998.6
1.73-1.813.840.5614.3360880.9320.58399.9
1.8-1.8619.5230.3917.5758780.9780.401100
1.86-1.9420.6170.27311.1756460.990.28100
1.94-2.0320.1310.19115.7454680.9950.195100
2.03-2.1219.6060.14420.4251760.9970.148100
2.12-2.2420.9250.10828.149880.9980.11100
2.24-2.3720.4050.08834.8746360.9990.09100
2.37-2.5419.3160.07639.3944060.9990.078100
2.54-2.7420.8070.06150.541290.9990.062100
2.74-320.1480.04961.6137720.9990.051100
3-3.3618.5160.0472.36343010.041100
3.36-3.8819.6390.03187.73302810.032100
3.88-4.7518.3220.02793.43256810.028100
4.75-6.7219.1920.02893.4320170.9990.029100
6.72-108.6417.6740.02395.1311320.9990.02499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NNR

6nnr


解像度: 1.5→108.64 Å / SU ML: 0.1819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8028
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1748 1999 2.27 %
Rwork0.1513 86136 -
obs0.1518 88135 91.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→108.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 110 410 4810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00874908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26076730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0866693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.54241822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.3119710.33952901X-RAY DIFFRACTION43.53
1.54-1.580.34881020.31174621X-RAY DIFFRACTION69.18
1.58-1.630.34621280.2825490X-RAY DIFFRACTION82.3
1.63-1.680.29141400.23646078X-RAY DIFFRACTION90.84
1.68-1.740.25611560.21556566X-RAY DIFFRACTION98.72
1.74-1.810.20231560.18946686X-RAY DIFFRACTION99.88
1.81-1.890.19661540.17376655X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.990.19571540.16326700X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.110.19111540.15766705X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.280.1591580.14836706X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.17041560.14976698X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.870.19611540.15446715X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.620.1551560.14016752X-RAY DIFFRACTION100
3.62-108.640.14851600.12566863X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.29559278027 Å / Origin y: 39.5249463849 Å / Origin z: 11.6949774646 Å
111213212223313233
T0.162715487625 Å20.00653992884464 Å2-0.0328448428267 Å2-0.174765645994 Å20.0198341312262 Å2--0.183966435037 Å2
L0.854465569186 °20.0597319058596 °2-0.223426112021 °2-0.795026938741 °2-0.265709480134 °2--0.677086655508 °2
S0.0181190635346 Å °0.0466184336579 Å °0.154922856513 Å °-0.0559937297952 Å °0.027931568861 Å °0.108035777147 Å °-0.00479728592788 Å °-0.0725557969799 Å °-0.0373652886257 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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