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- PDB-7jxf: E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate d... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jxf | ||||||
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Title | E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate diastereomer analog | ||||||
![]() | Thymidylate synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / non covalent intermediate / half-sites activity / TMP synthesis / inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Finer-Moore, J. / Kholodar, S.A. / Stroud, R.M. / Kohen, A. / Moliner, V. / Swiderek, K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Caught in Action: X-ray Structure of Thymidylate Synthase with Noncovalent Intermediate Analog. Authors: Kholodar, S.A. / Finer-Moore, J.S. / Swiderek, K. / Arafet, K. / Moliner, V. / Stroud, R.M. / Kohen, A. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2018 Title: Parallel reaction pathways and noncovalent intermediates in thymidylate synthase revealed by experimental and computational tools. Authors: Kholodar, S.A. / Ghosh, A.K. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Kohen, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 435.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 298.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7jx1C ![]() 6nnrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30559.666 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 416 molecules ![](data/chem/img/5HU.gif)
![](data/chem/img/VMV.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/VNM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/VMV.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/VNM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-5HU / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-VMV / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-VNM / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.63 % / Description: hexagonal rods |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: 8mg/ml protein, 3.3 mM inhibitor, 5mM DTT against 1.35 M NaCitrate, 0.1 M Hepes, pH7.1 PH range: 7.1-7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double Xtal SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.116 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→108.64 Å / Num. obs: 88818 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 15.738 % / Biso Wilson estimate: 25.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 26.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6NNR Resolution: 1.5→108.64 Å / SU ML: 0.1819 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.8028 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→108.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -8.29559278027 Å / Origin y: 39.5249463849 Å / Origin z: 11.6949774646 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |