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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a1m | ||||||
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タイトル | FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II) AND 3-propyl-2-oxoglutarate | ||||||
要素 | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: 2-Oxoglutarate derivatives can selectively enhance or inhibit the activity of human oxygenases. 著者: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Tumber, A. / Salah, E. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a1m.cif.gz | 252.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a1m.ent.gz | 173.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a1m_validation.pdf.gz | 632.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a1m_full_validation.pdf.gz | 633.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7a1m_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a1m_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-QVW / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.178→74.448 Å / Num. obs: 51777 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 55.99 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.178→2.216 Å / 冗長度: 24.2 % / Rmerge(I) obs: 6.807 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1487 / CC1/2: 0.414 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1H2K 解像度: 2.18→56.29 Å / SU ML: 0.4303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.0748 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→56.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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