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万見
- EMDB-7048: Cryo-EM structure of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillanc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7048
タイトルCryo-EM structure of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
マップデータType I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
試料
  • 複合体: Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • RNA: Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence
    • DNA: Target DNA strand (41-MER)
    • DNA: Non-target DNA strand (5'-D(P*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*A)-3')
キーワードCRISPR-Cas (CRISPR) / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Guo TW / Bartesaghi A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM Structures Reveal Mechanism and Inhibition of DNA Targeting by a CRISPR-Cas Surveillance Complex.
著者: Tai Wei Guo / Alberto Bartesaghi / Hui Yang / Veronica Falconieri / Prashant Rao / Alan Merk / Edward T Eng / Ashleigh M Raczkowski / Tara Fox / Lesley A Earl / Dinshaw J Patel / Sriram Subramaniam /
要旨: Prokaryotic cells possess CRISPR-mediated adaptive immune systems that protect them from foreign genetic elements, such as invading viruses. A central element of this immune system is an RNA-guided ...Prokaryotic cells possess CRISPR-mediated adaptive immune systems that protect them from foreign genetic elements, such as invading viruses. A central element of this immune system is an RNA-guided surveillance complex capable of targeting non-self DNA or RNA for degradation in a sequence- and site-specific manner analogous to RNA interference. Although the complexes display considerable diversity in their composition and architecture, many basic mechanisms underlying target recognition and cleavage are highly conserved. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we show that the binding of target double-stranded DNA (dsDNA) to a type I-F CRISPR system yersinia (Csy) surveillance complex leads to large quaternary and tertiary structural changes in the complex that are likely necessary in the pathway leading to target dsDNA degradation by a trans-acting helicase-nuclease. Comparison of the structure of the surveillance complex before and after dsDNA binding, or in complex with three virally encoded anti-CRISPR suppressors that inhibit dsDNA binding, reveals mechanistic details underlying target recognition and inhibition.
履歴
登録2017年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月18日-
マップ公開2017年10月18日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6b44
  • 表面レベル: 2.6
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7048.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8254 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.6 / ムービー #1: 2.6
最小 - 最大-4.4454794 - 11.292392
平均 (標準偏差)0.016480956 (±0.7565362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ238238238
Spacing238238238
セルA=B=C: 196.4452 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.825399159663870.825399159663870.82539915966387
M x/y/z238238238
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z196.445196.445196.445
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS238238238
D min/max/mean-4.44511.2920.016

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy...

ファイルemd_7048_additional.map
注釈Unsharpened map of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound ...

全体名称: Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
要素
  • 複合体: Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • RNA: Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence
    • DNA: Target DNA strand (41-MER)
    • DNA: Non-target DNA strand (5'-D(P*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound ...

超分子名称: Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated protein Csy1

分子名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 49.338297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMTSPLPTP TWQELRQFIE SFIQERLQGK LDKLQPDEDD KRQTLLATHR REAWLADAAR RVGQLQLVTH TLKPIHPDAR GSNLHSLPQ APGQPGLAGS HELGDRLVSD VVGNAAALDV FKFLSLQYQG KNLLNWLTED SAEALQALSD NAEQAREWRQ A FIGITTVK ...文字列:
GSMTSPLPTP TWQELRQFIE SFIQERLQGK LDKLQPDEDD KRQTLLATHR REAWLADAAR RVGQLQLVTH TLKPIHPDAR GSNLHSLPQ APGQPGLAGS HELGDRLVSD VVGNAAALDV FKFLSLQYQG KNLLNWLTED SAEALQALSD NAEQAREWRQ A FIGITTVK GAPASHSLAK QLYFPLPGSG YHLLAPLFPT SLVHHVHALL REARFGDAAK AAREARSRQE SWPHGFSEYP NL AIQKFGG TKPQNISQLN NERRGENWLL PSLPPNWQRQ NVNAPMRHSS VFEHDFGRTP EVSRLTRTLQ RFLAKTVHNN LAI RQRRAQ LVAQICDEAL QYAARLRELE PGWSATPGCQ LHDAEQLWLD PLRAQTDETF LQRRLRGDWP AEVGNRFANW LNRA VSSDS QILGSPEAAQ WSQELSKELT MFKEILEDER D

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy1

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分子 #2: CRISPR-associated protein Csy2

分子名称: CRISPR-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 36.446352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMSVTDPEA LLLLPRLSIQ NANAISSPLT WGFPSPGAFT GFVHALQRRV GISLDIELDG VGIVCHRFEA QISQPAGKRT KVFNLTRNP LNRDGSTAAI VEEGRAHLEV SLLLGVHGDG LDDHPAQEIA RQVQEQAGAM RLAGGSILPW CNERFPAPNA E LLMLGGSD ...文字列:
MAMSVTDPEA LLLLPRLSIQ NANAISSPLT WGFPSPGAFT GFVHALQRRV GISLDIELDG VGIVCHRFEA QISQPAGKRT KVFNLTRNP LNRDGSTAAI VEEGRAHLEV SLLLGVHGDG LDDHPAQEIA RQVQEQAGAM RLAGGSILPW CNERFPAPNA E LLMLGGSD EQRRKNQRRL TRRLLPGFAL VSREALLQQH LETLRTTLPE ATTLDALLDL CRINFEPPAT SSEEEASPPD AA WQVRDKP GWLVPIPAGY NALSPLYLPG EVRNARDRET PLRFVENLFG LGEWLSPHRV AALSDLLWYH HAEPDKGLYR WST PRFVEH AIA

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy2

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分子 #3: CRISPR-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 37.781547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMSKPILST ASVLAFERKL DPSDALMSAG AWAQRDASQE WPAVTVREKS VRGTISNRLK TKDRDPAKLD ASIQSPNLQT VDVANLPSD ADTLKVRFTL RVLGGAGTPS ACNDAAYRDK LLQTVATYVN DQGFAELARR YAHNLANARF LWRNRVGAEA V EVRINHIR ...文字列:
MAMSKPILST ASVLAFERKL DPSDALMSAG AWAQRDASQE WPAVTVREKS VRGTISNRLK TKDRDPAKLD ASIQSPNLQT VDVANLPSD ADTLKVRFTL RVLGGAGTPS ACNDAAYRDK LLQTVATYVN DQGFAELARR YAHNLANARF LWRNRVGAEA V EVRINHIR QGEVARAWRF DALAIGLRDF KADAELDALA ELIASGLSGS GHVLLEVVAF ARIGDGQEVF PSQELILDKG DK KGQKSKT LYSVRDAAAI HSQKIGNALR TIDTWYPDED GLGPIAVEPY GSVTSQGKAY RQPKQKLDFY TLLDNWVLRD EAP AVEQQH YVIANLIRGG VFGEAEEK

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3

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分子 #4: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 21.629777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMDHYLDIR LRPDPEFPPA QLMSVLFGKL HQALVAQGGD RIGVSFPDLD ESRSRLGERL RIHASADDLR ALLARPWLEG LRDHLQFGE PAVVPHPTPY RQVSRVQAKS NPERLRRRLM RRHDLSEEEA RKRIPDTVAR ALDLPFVTLR SQSTGQHFRL F IRHGPLQV ...文字列:
MAMDHYLDIR LRPDPEFPPA QLMSVLFGKL HQALVAQGGD RIGVSFPDLD ESRSRLGERL RIHASADDLR ALLARPWLEG LRDHLQFGE PAVVPHPTPY RQVSRVQAKS NPERLRRRLM RRHDLSEEEA RKRIPDTVAR ALDLPFVTLR SQSTGQHFRL F IRHGPLQV TAEEGGFTCY GLSKGGFVPW F

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

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分子 #5: Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence

分子名称: Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence
タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 19.265404 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCAG

GENBANK: GENBANK: HQ326201.1

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分子 #6: Target DNA strand (41-MER)

分子名称: Target DNA strand (41-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.191747 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG) (DA)

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分子 #7: Non-target DNA strand (5'-D(P*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP...

分子名称: Non-target DNA strand (5'-D(P*CP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.216318 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 10 mM HEPES, pH 7.2, 150 mM NaCl, 2mM MgCl2, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 3064 / 平均露光時間: 15.2 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 39811

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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