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- PDB-2xxa: The Crystal Structure of the Signal Recognition Particle (SRP) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xxa
タイトルThe Crystal Structure of the Signal Recognition Particle (SRP) in Complex with its Receptor(SR)
要素
  • 4.5S RNA
  • SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
  • SRP RECEPTOR FTSY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / RNA/RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE / GTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / ribonucleoprotein complex ...signal recognition particle / signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. ...Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Ataide, S.F. / Schmitz, N. / Shen, K. / Ke, A. / Shan, S. / Doudna, J.A. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of the Signal Recognition Particle in Complex with its Receptor.
著者: Ataide, S.F. / Schmitz, N. / Shen, K. / Ke, A. / Shan, S. / Doudna, J.A. / Ban, N.
履歴
登録2010年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Other / Refinement description ...Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22015年6月3日Group: Derived calculations
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
B: SRP RECEPTOR FTSY
C: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
D: SRP RECEPTOR FTSY
F: 4.5S RNA
G: 4.5S RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,07414
ポリマ－229,8926
非ポリマー2,1828
水21612
1
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
B: SRP RECEPTOR FTSY
G: 4.5S RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0377
ポリマ－114,9463
非ポリマー1,0914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-55.1 kcal/mol
Surface area48660 Å2
手法PISA
2
C: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
D: SRP RECEPTOR FTSY
F: 4.5S RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0377
ポリマ－114,9463
非ポリマー1,0914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-54.7 kcal/mol
Surface area49170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.100, 131.040, 266.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN / FIFTY-FOUR HOMOLOG / P48


分子量: 47663.531 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-433 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P0AGD7, signal-recognition-particle GTPase
#2: タンパク質 SRP RECEPTOR FTSY


分子量: 33043.992 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 196-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P10121

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 FG

#3: RNA鎖 4.5S RNA


分子量: 34238.293 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-106 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) / 参照: GenBank: 11612676

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物
ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER


分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 406 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 406 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.9
詳細: 12% PEG 2000 MME, 260MM LICL, 50MM MGOAC2, 11% (W/V) GLYCEROL, 50 MM BIS-TRIS PH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.94→49.3 Å / Num. obs: 26790 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 168.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.94→4.17 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1HQ1 AND 1RJ9

1hq1

1rj9


解像度: 3.94→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9495 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2669 1281 5.08 %RANDOM
Rwork0.2317 ---
obs0.2334 25213 --
原子変位パラメータBiso mean: 230.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.3453 Å20 Å20 Å2
2---7.7334 Å20 Å2
3---28.0786 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.421 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.94→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10570 4376 132 12 15090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00815712HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0822214HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7670SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes322HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1840HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15712HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2266SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance208HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle44HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16328SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.94→4.1 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 145 5.11 %
Rwork0.28 2695 -
all0.2799 2840 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4222-0.55240.31290.4831-0.73780.13140-0.0030.00390.0196-0.0026-0.0064-0.01440.00290.0027-0.03440.0228-0.0553-0.01080.0307-0.02020.7134-18.694627.3062
26.65022.359-1.25850-1.27395.83690.028-0.16520.03720.3446-0.0694-0.3487-0.06910.20040.0414-0.304-0.1497-0.14850.13840.15080.1304-17.4995-3.989729.6325
36.06681.4632-0.4138.1368-0.29867.2282-0.1783-0.5370.54420.2603-0.133-0.117-0.5442-0.25470.3112-0.14660.1391-0.1134-0.0121-0.152-0.0133-49.25460.442923.4149
43.2267-0.6324-2.34832.52630.93281.26180.00540.0110.0165-0.01420.0024-0.0140.0168-0.0108-0.00780.15490.02540.03130.08210.09710.1211-14.8467-17.613741.0911
58.08582.82232.01048.3155-2.90747.29570.0005-0.13730.2056-0.01690.0176-0.1679-0.26810.1481-0.01810.12160.0514-0.08790.29990.1520.2976-2.0109-31.808875.9188
60.0394-0.00470.05680.19160.19960.02670.0010.00140.006-0.0169-0.00210.0033-0.01510.00050.0011-0.0070.0222-0.04050.0214-0.03610.0181-77.5654-23.152781.701
75.8134-1.5444-2.91047.679-0.30886.22510.0090.05730.065-0.0803-0.03080.0639-0.1009-0.08660.02180.22090.1368-0.10310.250.0830.2429-60.0487-9.755384.4062
81.60491.77812.71078.2834-2.71251.0155-0.001-0.03370.34380.1226-0.01810.0293-0.25780.01570.01910.2186-0.1075-0.152-0.29660.14550.3023-28.4032-6.316291.7019
91.4304-2.1372-0.15323.78560.2920.5819-0.0080.0164-0.0269-0.0160.007-0.01190.0104-0.00150.0010.1490.12260.01080.11040.02390.1275-62.6477-20.506570.4693
108.1989-2.8888-1.95387.5116-2.29198.1379-0.00650.07580.4047-0.0197-0.00490.3296-0.4922-0.17120.0114-0.11130.062-0.15150.25590.15060.0962-74.8275-27.126733.3867
114.83712.9028-1.30658.3155-2.54138.2682-0.01140.03370.1501-0.0594-0.06550.004-0.2247-0.06630.07690.0552-0.07890.15180.22560.15140.304-17.3972.2259-0.226
128.16650.66021.48016.8572-0.11558.2894-0.07740.54420.303-0.5432-0.2519-0.23190.54420.23370.32930.18410.0190.152-0.2938-0.0138-0.2806-44.8442-15.36740.6667
138.3155-2.7327-2.71288.31550.21097.4027-0.01270.04420.1150.0298-0.0433-0.0428-0.09750.12510.0560.30340.04080.10440.248-0.07140.304-60.4847-9.9294114.881
148.31550.24931.79885.65091.23872.68760.0166-0.530.15920.3130.02020.0148-0.4494-0.3905-0.03680.304-0.1098-0.152-0.3040.1463-0.0891-32.8042-26.638110.598
150.00492.86461.59970.59192.4384.294-0.0803-0.2645-0.1315-0.4861-0.05590.46960.0691-0.2160.1362-0.1212-0.1346-0.1511-0.3040.0093-0.304-62.6447-32.608510.9485
164.9518-0.7677-0.22150-2.91046.4752-0.0007-0.0226-0.02970.01270.0449-0.14530.01160.0824-0.04410.16480.12050.01290.3040.1520.1922-31.462-37.740939.6877
177.96342.6017-2.91045.07420.11738.2782-0.00760.0162-0.19460.03560.0106-0.16060.15110.0885-0.0030.28630.135-0.11990.28260.150.0923-2.8736-49.482363.1324
187.6661-1.15681.01625.4026-2.90681.0776-0.0258-0.2739-0.0090.28420.0251-0.54420.11740.42930.0007-0.1069-0.1379-0.1515-0.00840.15160.0072-14.8992-40.918997.868
191.8191-0.6649-0.15460.90291.26898.31550.00340.00650.02150.0325-0.0070.1280.0203-0.04520.00360.29820.0136-0.02670.3008-0.0960.0204-45.8063-40.642668.0484
203.4197-0.5462-2.91043.054-2.77471.78390.02920.0323-0.4129-0.1642-0.08080.43820.4073-0.25680.0517-0.04-0.12080.152-0.16550.1472-0.1837-75.0028-46.823343.0058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A4 - A17)
2X-RAY DIFFRACTION2(A18 - A88, A282 - A294)
3X-RAY DIFFRACTION3(A89 - A281)
4X-RAY DIFFRACTION4(A295 - A319)
5X-RAY DIFFRACTION5(A320 - A431)
6X-RAY DIFFRACTION6(C7 - C17)
7X-RAY DIFFRACTION7(C18 - C88, C282 - C294)
8X-RAY DIFFRACTION8(C89 - C281)
9X-RAY DIFFRACTION9(C295 - C319)
10X-RAY DIFFRACTION10(C320 - C431)
11X-RAY DIFFRACTION11(B20 - B88, B289 - B302)
12X-RAY DIFFRACTION12(B89 - B288)
13X-RAY DIFFRACTION13(D20 - D88, D289 - D302)
14X-RAY DIFFRACTION14(D89 - D288)
15X-RAY DIFFRACTION15(G1 - G20, G79 - G102)
16X-RAY DIFFRACTION16(G21 - G31, G66 - G78)
17X-RAY DIFFRACTION17(G32 - G65)
18X-RAY DIFFRACTION18(F1 - F20, F79 - F102)
19X-RAY DIFFRACTION19(F21 - F31, F66 - F78)
20X-RAY DIFFRACTION20(F32 - F65)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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