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- PDB-6hyq: Regulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hyq
タイトルRegulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Trypanosoma cruzi bound to guanosine
要素Protein kinase A regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein kinase A / regulatory subunit / cell signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / kinase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE / Protein kinase A regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Volpato Santos, Y. / Lorentzen, E. / Basquin, J. / Boshart, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationBo1100/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Regulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Trypanosoma cruzi in complex with guanosine
著者: Volpato Santos, Y. / Lorentzen, E. / Basquin, J. / Boshart, M.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase A regulatory subunit
B: Protein kinase A regulatory subunit
C: Protein kinase A regulatory subunit
D: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,22913
ポリマ－137,9044
非ポリマー2,3259
水3,117173
1
A: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0433
ポリマ－34,4761
非ポリマー5662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1024
ポリマ－34,4761
非ポリマー6263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0433
ポリマ－34,4761
非ポリマー5662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0433
ポリマ－34,4761
非ポリマー5662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.910, 80.819, 149.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.799, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
12TYRTYRILEILE(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA220 - 23521 - 36
13LYSLYSILEILE(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA237 - 25338 - 54
14VALVALALAALA(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA255 - 25956 - 60
15GLNGLNALAALA(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA261 - 27462 - 75
16THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA277 - 28378 - 84
17ILEILEGLUGLU(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA285 - 29586 - 96
18LYSLYSLEULEU(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA298 - 31399 - 114
19TYRTYRTYRTYR(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA315116
110THRTHRASNASN(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA317 - 342118 - 143
111VALVALPHEPHE(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA344 - 385145 - 186
112PROPROTYRTYR(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA387 - 394188 - 195
113GLYGLYLEULEU(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA398 - 401199 - 202
114ILEILEVALVAL(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA403 - 411204 - 212
115GLYGLYMETMET(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA413 - 465214 - 266
116PROPROLYSLYS(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA469 - 475270 - 276
117CYSCYSSERSER(chain A and ((resid 220 and (name N or name...AA477 - 498278 - 299
218TYRTYRILEILE(chain B and ((resid 220 and (name N or name...BB220 - 23521 - 36
219LYSLYSILEILE(chain B and ((resid 220 and (name N or name...BB237 - 25338 - 54
220VALVALALAALA(chain B and ((resid 220 and (name N or name...BB255 - 25956 - 60
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227THRTHRASNASN(chain B and ((resid 220 and (name N or name...BB317 - 342118 - 143
228VALVALPHEPHE(chain B and ((resid 220 and (name N or name...BB344 - 385145 - 186
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234CYSCYSSERSER(chain B and ((resid 220 and (name N or name...BB477 - 498278 - 299
335TYRTYRILEILE(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC220 - 23521 - 36
336LYSLYSILEILE(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC237 - 25338 - 54
337VALVALALAALA(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC255 - 25956 - 60
338GLNGLNALAALA(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC261 - 27462 - 75
339THRTHRTYRTYR(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC277 - 28378 - 84
340ILEILEGLUGLU(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC285 - 29586 - 96
341LYSLYSLEULEU(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC298 - 31399 - 114
342TYRTYRTYRTYR(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC315116
343THRTHRASNASN(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC317 - 342118 - 143
344VALVALPHEPHE(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC344 - 385145 - 186
345PROPROTYRTYR(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC387 - 394188 - 195
346GLYGLYLEULEU(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC398 - 401199 - 202
347ILEILEVALVAL(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC403 - 411204 - 212
348GLYGLYMETMET(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC413 - 465214 - 266
349PROPROLYSLYS(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC469 - 475270 - 276
350CYSCYSSERSER(chain C and ((resid 220 and (name N or name...CC477 - 498278 - 299
451TYRTYRILEILE(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD220 - 23521 - 36
454LYSLYSILEILE(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD237 - 25338 - 54
455VALVALALAALA(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD255 - 25956 - 60
456GLNGLNALAALA(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD261 - 27462 - 75
457THRTHRTYRTYR(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD277 - 28378 - 84
458ILEILEGLUGLU(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD285 - 29586 - 96
459LYSLYSLEULEU(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD298 - 31399 - 114
460TYRTYRTYRTYR(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD315116
461THRTHRASNASN(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD317 - 342118 - 143
462VALVALPHEPHE(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD344 - 385145 - 186
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467PROPROLYSLYS(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD469 - 475270 - 276
468CYSCYSSERSER(chain D and ((resid 220 and (name N or name...DD477 - 498278 - 299

-
要素

#1: タンパク質
Protein kinase A regulatory subunit


分子量: 34476.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: PKAR, C3747_37g237 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86RB0
#2: 化合物
ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350 (15 to 26%), Calcium acetate (0,05 to 0,4M), drop size: 500nL protein (10 mg/ml with 250 uM guanosine) +500nL buffer. Protein Purification Buffer (Size Exclusion Chromatography): ...詳細: PEG 3350 (15 to 26%), Calcium acetate (0,05 to 0,4M), drop size: 500nL protein (10 mg/ml with 250 uM guanosine) +500nL buffer. Protein Purification Buffer (Size Exclusion Chromatography): 10mM Hepes pH 7.0, 50 mM NaCl, 1% DMSO, 1mM DTT, *The 6His tag was cleaved for crystallisation

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→100 Å / Num. obs: 166708 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 42.0827459557 Å2 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 7.64
反射 シェル解像度: 2.08→2.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.08→59.8385267576 Å / SU ML: 0.460711273381 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32759229407 / 位相誤差: 37.5656614622
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31914122542 8404 5.04290429043 %
Rwork0.259626840772 --
obs0.262630893136 166650 98.7181157961 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 96.5997128317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→59.8385267576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8909 0 164 174 9247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01876826059269538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5421567932313020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07677100978261493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106188278161655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.39812231565718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0769-2.10050.3849646258742000.392214376273862X-RAY DIFFRACTION72.9525862069
2.1005-2.12530.4005510731723110.3516766302575377X-RAY DIFFRACTION99.5972684293
2.1253-2.15120.4202875372723010.3526979013535265X-RAY DIFFRACTION99.856476498
2.1512-2.17840.3924140448272820.3420695725455344X-RAY DIFFRACTION99.8402839397
2.1784-2.20710.3712584746182430.339438050485347X-RAY DIFFRACTION99.8392570102
2.2071-2.23730.3852427207872550.3306019692415445X-RAY DIFFRACTION99.4590821846
2.2373-2.26930.3663645907872590.3321300669615247X-RAY DIFFRACTION99.5120187963
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2.3031-2.33910.4121882198353410.3412346265965193X-RAY DIFFRACTION99.7296810236
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4.0651-4.47410.2463840348722900.2111468679155281X-RAY DIFFRACTION99.4111349036
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5.1212-6.45090.2531166696522820.2207205160945289X-RAY DIFFRACTION99.4111349036
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精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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