[日本語] English
万見
- PDB-3k6u: M. acetivorans Molybdate-Binding Protein (ModA) in Unliganded Ope... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6u
タイトルM. acetivorans Molybdate-Binding Protein (ModA) in Unliganded Open Form
要素Solute-binding protein MA_0280
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ModA / molybdate / Methanosarcina acetivorans / periplasmic binding protein / ABC transporter / ligand / metal-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tungstate binding / molybdate ion binding / molybdate ion transport
類似検索 - 分子機能
Tungstate ABC transporter, substrate-binding protein WtpA / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized solute-binding protein MA_0280
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chan, S. / Giuroiu, I. / Chernishof, I. / Sawaya, M.R. / Chiang, J. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A. / Perry, L.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
著者: Chan, S. / Giuroiu, I. / Chernishof, I. / Sawaya, M.R. / Chiang, J. / Gunsalus, R.P. / Arbing, M.A. / Perry, L.J.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Solute-binding protein MA_0280


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1601
ポリマ－39,1601
非ポリマー00
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.179, 82.179, 104.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Solute-binding protein MA_0280


分子量: 39160.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27 to 352 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal TEV-cleavable 6xHis-tag
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: C2A / 遺伝子: MA0280, MA_0280 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q8TTZ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6152.91
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.41.4M tri-Ammonium Citrate, p6.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.41.6M tri-Ammonium Citrate, p6.4, soaked in 0.5M potassium iodide for 30 seconds, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
2933蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.41.6M tri-Ammonium Citrate, p6.4, soaked in 1M cesium chloride for 18 minutes, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
1,2,31
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.954
シンクロトロンALS 8.2.221.459
回転陽極OTHER31.542
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年11月21日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年11月21日
RIGAKU RAXIS IV++3IMAGE PLATE2004年11月23日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9541
21.4591
31.5421
ReflectionAv σ(I) over netI: 22.45 / 数: 195952 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Χ2: 1 / D res high: 2.7 Å / D res low: 90 Å / Num. obs: 21339 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.829099.710.0540.994
4.625.8210010.0781.001
4.034.6210010.0930.994
3.664.0310010.1130.997
3.43.6610010.1431.008
3.23.410010.191.007
3.043.210010.2871.001
2.913.0499.910.3631.008
2.82.9110010.4930.995
2.72.810010.5880.995
反射解像度: 1.94→38.26 Å / Num. obs: 29447 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.86 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.079 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 10.43 / Num. unique all: 2936 / Rsym value: 0.468 / Χ2: 1.021 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29027
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.42-10051.70.833503
5.96-7.4253.60.834516
5.19-5.9653.30.841525
4.66-5.1950.70.854603
4.26-4.66560.835646
3.95-4.2657.10.813713
3.7-3.9559.10.79744
3.49-3.762.90.788823
3.32-3.4961.70.765839
3.17-3.3268.30.741896
3.03-3.1769.60.755931
2.92-3.0369.20.721979
2.81-2.9266.90.6961015
2.72-2.8175.40.6041028
2.63-2.7289.90.4861090
2.55-2.6390.20.4891120
2.48-2.5587.80.5381135
2.42-2.4889.30.5481187
2.35-2.42910.5551214
2.3-2.3588.80.5421248
2.25-2.3900.5471272
2.2-2.2589.30.4981308
2.15-2.288.80.5591282
2.11-2.1588.20.5511372
2.07-2.1190.70.561401
2.03-2.07930.5281404
1.99-2.0388.10.5411413
1.95-1.9989.80.5011820
Phasing MIR解像度: 1.95→20 Å / FOM: 0.368 / FOM acentric: 0.363 / FOM centric: 0.513 / 反射: 10848 / Reflection acentric: 10438 / Reflection centric: 410
Phasing MIR der

Der set-ID: 1

ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.95-200.830.845983.71.220.8910438410
21.95-200.980.9871.893.10.250.227253319
iodide
Cesium
Phasing MIR der shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Der-IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
9.2720iodide0.851.2968112.62.271.2123932
6.039.27iodide0.740.9753.4932.391.3467348
4.476.03iodide0.770.7159.881.11.751.07137969
3.554.47iodide0.840.8276.597.61.030.74231384
2.953.55iodide0.840.7958.478.80.970.663508111
2.522.95iodide0.850.8342.856.21.020.68232666
2.22.52iodide00000000
1.952.2iodide00000000
9.2720Cesium0.920.9369.191.10.730.4623930
6.039.27Cesium0.90.9146.270.40.820.4667348
4.476.03Cesium0.970.9762.685.80.410.28137969
3.554.47Cesium0.991.0183.9100.70.180.15231384
2.953.55Cesium10.9972.7104.60.120.09264988
2.522.95Cesium00000000
2.22.52Cesium00000000
1.952.2Cesium00000000
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
1iodide25.663I-0.4980.130.0210.71
2iodide38.498I-0.2860.3390.0950.542
3iodide41.684I-0.2970.5340.0990.542
4iodide42.947I-0.1860.160.1440.518
5iodide42.946I-0.9260.5430.0510.507
6iodide45.642I-0.0410.5370.0260.451
7Cesium76.553Cs0.0790.2430.2260.412
8Cesium64.82Cs0.6550.5950.0480.25
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOMFOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.27-200.6130.6050.67327123932
6.03-9.270.6220.6180.67972167348
4.47-6.030.5110.5050.6171448137969
3.55-4.470.3540.350.4792397231384
2.95-3.550.3090.3050.4436193508111
2.52-2.950.2830.280.3692392232666
2.2-2.5200000
1.95-2.200000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→38.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.197 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.87 / SU B: 6.561 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / SU Rfree: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1453 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 29271 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.9 Å2 / Biso mean: 17.613 Å2 / Biso min: 5.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20.46 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 0 176 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9673401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9825313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17626125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49715403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.826159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8831.51561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6422528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6133932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3184.5872
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 106 -
Rwork0.211 2031 -
all-2137 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.8757 Å / Origin y: 25.8208 Å / Origin z: 14.2498 Å
111213212223313233
T0.0437 Å20.0162 Å2-0.0005 Å2-0.023 Å2-0.0007 Å2--0.0637 Å2
L1.4481 °2-0.2859 °2-1.8669 °2-0.5945 °20.1416 °2--3.363 °2
S-0.0637 Å °-0.0434 Å °-0.0352 Å °0.0472 Å °0.0116 Å °0.0301 Å °0.2449 Å °0.0923 Å °0.0521 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 201
2X-RAY DIFFRACTION1A203 - 354

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る