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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zyw | |||||||||
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タイトル | Outer Dynein Arm-Shulin complex - overall structure (Tetrahymena thermophila) | |||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / Cilia / dynein / microtubules / motor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer dynein arm / axonemal dynein complex / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding ...outer dynein arm / axonemal dynein complex / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / motile cilium / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule-based process / protein-disulfide reductase activity / microtubule / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Mali, G.R. / Abid Ali, F. / Lau, C.K. / Carter, A.P. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Shulin packages axonemal outer dynein arms for ciliary targeting. 著者: Girish R Mali / Ferdos Abid Ali / Clinton K Lau / Farida Begum / Jérôme Boulanger / Jonathan D Howe / Zhuo A Chen / Juri Rappsilber / Mark Skehel / Andrew P Carter / 要旨: The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to ...The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to cilia by an unknown mechanism. Here, we used the ciliate to identify two factors (Q22YU3 and Q22MS1) that bind ODAs in the cytoplasm and are required for ODA delivery to cilia. Q22YU3, which we named Shulin, locked the ODA motor domains into a closed conformation and inhibited motor activity. Cryo-electron microscopy revealed how Shulin stabilized this compact form of ODAs by binding to the dynein tails. Our findings provide a molecular explanation for how newly assembled dyneins are packaged for delivery to the cilia. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zyw.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zyw.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zyw_validation.pdf.gz | 794.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zyw_full_validation.pdf.gz | 823.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zyw_validation.xml.gz | 205.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zyw_validation.cif.gz | 356.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 8分子 ACDdEePY
#1: タンパク質 | 分子量: 475554.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: I7M6H4 | ||||||
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#3: タンパク質 | 分子量: 534328.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q22A67 | ||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 77888.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: I7M008 #5: タンパク質 | 分子量: 77178.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q23FU1 #16: タンパク質 | | 分子量: 12855.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q240X9 #17: タンパク質 | | 分子量: 139935.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Shulin 由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 遺伝子: TTHERM_00122270 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q22YU3 |
-Dynein light ... , 10種, 10分子 FGHIJKLMNO
#6: タンパク質 | 分子量: 14751.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: I7MHB1 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 11630.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q22MV2 |
#8: タンパク質 | 分子量: 10780.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: A4VE64 |
#9: タンパク質 | 分子量: 12348.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: I7MCM8 |
#10: タンパク質 | 分子量: 10973.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q24DI9 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13336.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q22R86 |
#12: タンパク質 | 分子量: 12516.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: W7XJB1 |
#13: タンパク質 | 分子量: 10453.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q24CE5 |
#14: タンパク質 | 分子量: 15608.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: Q1HGH8 |
#15: タンパク質 | 分子量: 13202.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: A4VEB3 |
-抗体 , 1種, 1分子 B
#2: 抗体 | 分子量: 530182.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) 株: SB210 / 参照: UniProt: I7M9J2 |
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-非ポリマー , 3種, 5分子
#18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-ATP / | #20: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.8 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131142 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |