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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zok | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2-Nsp1-40S complex, focused on body | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / inhibitor / mRNA channel / 40S ribosomal subunit | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition ...negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / fibroblast growth factor binding / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / ubiquitin ligase inhibitor activity / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Viral mRNA Translation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / erythrocyte development / translation regulator activity / Protein methylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytosolic ribosome / positive regulation of cell cycle / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / gastrulation / translation initiation factor binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / translational initiation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / erythrocyte differentiation / innate immune response in mucosa / maturation of SSU-rRNA / mRNA 3'-UTR binding / neural tube closure / positive regulation of translation / RHO GTPases Activate Formins / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / response to virus / placenta development / RMTs methylate histone arginines / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / Separation of Sister Chromatids / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / glucose homeostasis / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / virus receptor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ribosomal small subunit biogenesis / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / ribosomal small subunit assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / small ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / small ribosomal subunit rRNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Schubert, K. / Karousis, E.D. / Jomaa, A. / Scaiola, A. / Echeverria, B. / Gurzeler, L.-A. / Leibundgut, M. / Thiel, V. / Muehlemann, O. / Ban, N. | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: SARS-CoV-2 Nsp1 binds the ribosomal mRNA channel to inhibit translation. 著者: Katharina Schubert / Evangelos D Karousis / Ahmad Jomaa / Alain Scaiola / Blanca Echeverria / Lukas-Adrian Gurzeler / Marc Leibundgut / Volker Thiel / Oliver Mühlemann / Nenad Ban / 要旨: The SARS-CoV-2 non-structural protein 1 (Nsp1), also referred to as the host shutoff factor, suppresses host innate immune functions. By combining cryo-electron microscopy and biochemistry, we show ...The SARS-CoV-2 non-structural protein 1 (Nsp1), also referred to as the host shutoff factor, suppresses host innate immune functions. By combining cryo-electron microscopy and biochemistry, we show that SARS-CoV-2 Nsp1 binds to the human 40S subunit in ribosomal complexes, including the 43S pre-initiation complex and the non-translating 80S ribosome. The protein inserts its C-terminal domain into the mRNA channel, where it interferes with mRNA binding. We observe translation inhibition in the presence of Nsp1 in an in vitro translation system and in human cells. Based on the high-resolution structure of the 40S-Nsp1 complex, we identify residues of Nsp1 crucial for mediating translation inhibition. We further show that the full-length 5' untranslated region of the genomic viral mRNA stimulates translation in vitro, suggesting that SARS-CoV-2 combines global inhibition of translation by Nsp1 with efficient translation of the viral mRNA to allow expression of viral genes. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zok.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zok.ent.gz | 895.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zok_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zok_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zok_validation.xml.gz | 107 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zok_validation.cif.gz | 171.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zok | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-40S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 ABCEGHIJLNORVWXYabe
#2: タンパク質 | 分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247 |
#4: タンパク質 | 分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880 |
#5: タンパク質 | 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701 |
#6: タンパク質 | 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753 |
#7: タンパク質 | 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081 |
#8: タンパク質 | 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241 |
#9: タンパク質 | 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781 |
#10: タンパク質 | 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280 |
#11: タンパク質 | 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277 |
#12: タンパク質 | 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263 |
#13: タンパク質 | 分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708 |
#14: タンパク質 | 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220 |
#15: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244 |
#16: タンパク質 | 分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266 |
#17: タンパク質 | 分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847 |
#18: タンパク質 | 分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9210.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677 |
#20: タンパク質 | 分子量: 6302.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861 |
-RNA鎖 / タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 2jh
#1: RNA鎖 | 分子量: 602777.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
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#21: タンパク質 | 分子量: 19801.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
#22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945 |
-非ポリマー , 2種, 110分子
#23: 化合物 | ChemComp-MG / #24: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118765 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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