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万見
- PDB-6wfq: NanR dimer-DNA hetero-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wfq
タイトルNanR dimer-DNA hetero-complex
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')
  • HTH-type transcriptional repressor NanR
キーワードGENE REGULATION / NanR dimer-DNA hetero-complex / transcriptional regulator / GntR superfamily / sialic acid / Neu5Ac / cooperativity.
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor NanR / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor NanR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hariprasad, V. / Horne, C. / Santosh, P. / Amy, H. / Emre, B. / Rachel, N. / Michael, G. / Georg, R. / Borries, D. / Renwick, D.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden FundUOC1506 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanism of NanR gene repression and allosteric induction of bacterial sialic acid metabolism.
著者: Christopher R Horne / Hariprasad Venugopal / Santosh Panjikar / David M Wood / Amy Henrickson / Emre Brookes / Rachel A North / James M Murphy / Rosmarie Friemann / Michael D W Griffin / ...著者: Christopher R Horne / Hariprasad Venugopal / Santosh Panjikar / David M Wood / Amy Henrickson / Emre Brookes / Rachel A North / James M Murphy / Rosmarie Friemann / Michael D W Griffin / Georg Ramm / Borries Demeler / Renwick C J Dobson /
要旨: Bacteria respond to environmental changes by inducing transcription of some genes and repressing others. Sialic acids, which coat human cell surfaces, are a nutrient source for pathogenic and ...Bacteria respond to environmental changes by inducing transcription of some genes and repressing others. Sialic acids, which coat human cell surfaces, are a nutrient source for pathogenic and commensal bacteria. The Escherichia coli GntR-type transcriptional repressor, NanR, regulates sialic acid metabolism, but the mechanism is unclear. Here, we demonstrate that three NanR dimers bind a (GGTATA)-repeat operator cooperatively and with high affinity. Single-particle cryo-electron microscopy structures reveal the DNA-binding domain is reorganized to engage DNA, while three dimers assemble in close proximity across the (GGTATA)-repeat operator. Such an interaction allows cooperative protein-protein interactions between NanR dimers via their N-terminal extensions. The effector, N-acetylneuraminate, binds NanR and attenuates the NanR-DNA interaction. The crystal structure of NanR in complex with N-acetylneuraminate reveals a domain rearrangement upon N-acetylneuraminate binding to lock NanR in a conformation that weakens DNA binding. Our data provide a molecular basis for the regulation of bacterial sialic acid metabolism.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21652
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HTH-type transcriptional repressor NanR
D: HTH-type transcriptional repressor NanR
A: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3094
ポリマ－68,3094
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor NanR


分子量: 29566.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: yhcK, glcC_1, glcC_2, lutR_1, lutR_2, nanR, nanR_2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J7QHT8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4657.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4518.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NanR-DNA hetero-complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Dimeric NanR-DNA hetero-complex / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.0728 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 100 microM ZnCl2, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
250 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: blotting conditions: 3 sec blotting time and -3 blot force.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 12.8 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3465
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.53粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正CTF determination
5RELION3CTF補正CTF correction
8PHENIX1.18モデルフィッティングcryo_fit for flexible fitting
9ISOLDE1.0b3モデルフィッティングFlexible fitting
11PHENIX1.18モデル精密化
12RELION3.1_beta初期オイラー角割当
13RELION3.1_beta最終オイラー角割当
15RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 695465
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141663 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 290.52 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00194300
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46515933
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0315659
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0026684
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.37541662

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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