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- PDB-5l1z: TAR complex with HIV-1 Tat-AFF4-P-TEFb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l1z
タイトルTAR complex with HIV-1 Tat-AFF4-P-TEFb
要素
  • AF4/FMR2 family member 4
  • Cyclin-T1
  • Cyclin-dependent kinase 9
  • Protein Tat
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')
キーワードtranscription/RNA / HIV-1 TAR / protein-RNA complex / transcription / protein kinase / transcription-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


super elongation complex / trans-activation response element binding / P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of mRNA 3'-end processing ...super elongation complex / trans-activation response element binding / P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / regulation of muscle cell differentiation / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / : / host cell nucleolus / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription elongation factor activity / host-mediated activation of viral transcription / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / RNA polymerase binding / actinin binding / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cytokine stimulus / replication fork processing / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / spermatid development / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA-binding transcription regulator activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / regulation of DNA repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / cyclin binding / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / euchromatin / PML body / transcription coactivator binding / fibrillar center / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / regulation of gene expression / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / protein phosphorylation / cell population proliferation / protein kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / nuclear body / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain / Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / : / Transactivating regulatory protein (Tat) ...AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain / Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / : / Transactivating regulatory protein (Tat) / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Cyclin-T1 / Cyclin-dependent kinase 9 / Protein Tat / AF4/FMR2 family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Schulze-Gahmen, U. / Hurley, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Insights into HIV-1 proviral transcription from integrative structure and dynamics of the Tat:AFF4:P-TEFb:TAR complex.
著者: Schulze-Gahmen, U. / Echeverria, I. / Stjepanovic, G. / Bai, Y. / Lu, H. / Schneidman-Duhovny, D. / Doudna, J.A. / Zhou, Q. / Sali, A. / Hurley, J.H.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns_shell / struct_conn
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
C: AF4/FMR2 family member 4
D: Protein Tat
N: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0527
ポリマ－86,9215
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33330 Å2
2
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
C: AF4/FMR2 family member 4
D: Protein Tat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6966
ポリマ－79,5654
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10050 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
3
N: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

N: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7132
ポリマ－14,7132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_558y,x,-z+31
Buried area1230 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.870, 146.870, 103.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 9 / C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / ...C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE / Tat-associated kinase complex catalytic subunit


分子量: 38031.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9, CDC2L4, TAK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-T1 / Cyclin-T


分子量: 30618.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60563
#4: タンパク質 Protein Tat / Transactivating regulatory protein


分子量: 6784.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: tat
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P69697

-
タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 4分子 CN

#3: タンパク質・ペプチド AF4/FMR2 family member 4 / ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor- ...ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor-associated protein


分子量: 4130.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHB7
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')


分子量: 7356.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: crystallized from 50 mM Tris 8.5, 0.2M AmmAcetate, 6 mM MgCl2, 8% PEG 4K at 291 degree K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.28→500 Å / Num. obs: 4988 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 400.752 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rrim(I) all: 0.272 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 48528
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obs% possible allRmerge(I) obsRrim(I) allCC1/2
5.28-5.410.093716370370100
5.41-5.560.08322434334099.1
5.56-5.720.25327534234199.78.2368.701
5.72-5.90.3633583283281005.3175.5980.306
5.9-6.090.334003313311006.1876.5150.288
6.09-6.310.47300829729699.74.7234.9740.269
6.31-6.540.5131733163161004.1284.3520.442
6.54-6.810.7327932922921003.0333.2050.412
6.81-7.111.3726062762761001.6311.7260.842
7.11-7.462.1428922882881001.1021.1620.869
7.46-7.873.9924292412411000.5120.540.991
7.87-8.345.8224122402401000.3940.4150.979
8.34-8.929.3622092312311000.2160.2280.997
8.92-9.6313.7420362232231000.1360.1440.999
9.63-10.5520.5520342042041000.0930.0980.999
10.55-11.830.0217481821821000.0620.0661
11.8-13.6228.5413601561561000.070.0740.998
13.62-16.6833.0113251451451000.0590.0630.999
16.68-23.644.2310001151151000.040.0430.999
23.647.7753073731000.0230.0251

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 4OGR

4ogr


解像度: 5.9→500 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3132 347 9.6 %
Rwork0.2169 3248 -
obs-3595 100 %
溶媒の処理Bsol: 308.491 Å2
原子変位パラメータBiso max: 696.31 Å2 / Biso mean: 424.4889 Å2 / Biso min: 245.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-79.055 Å20 Å20 Å2
2--79.055 Å20 Å2
3----158.111 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 5.9→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5266 448 2 0 5716
Biso mean--585.32 --
残基数----671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.806
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it16.33915
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22.14520
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it25.35820
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.74125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
5.9-6.110.5555420.465332336599.7
6.11-6.360.4119450.4395299344100
6.36-6.640.3904200.3545326346100
6.64-70.4134360.3223316352100
7-7.430.3955380.2981316354100
7.43-8.010.3911310.2468328359100
8.01-8.810.3213290.1612321350100
8.81-10.090.2512290.1539331360100
10.09-12.710.2093340.1411339373100
12.71-500.010.304430.2199349392100
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6capping.param
X-RAY DIFFRACTION7TPOnew.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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