+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v9i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | LIGASE / E3 Ubiquitin Ligase / RING-box protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 radial glia guided migration of Purkinje cell / cerebral cortex radially oriented cell migration / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / reelin-mediated signaling pathway / ERBB2 signaling pathway / regulation of neuron migration / Neddylation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein neddylation ...radial glia guided migration of Purkinje cell / cerebral cortex radially oriented cell migration / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / reelin-mediated signaling pathway / ERBB2 signaling pathway / regulation of neuron migration / Neddylation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / IgG binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of DNA damage / apoptotic mitochondrial changes / cullin family protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / RING-type E3 ubiquitin transferase / calcium channel activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Downregulation of ERBB2 signaling / ubiquitin-protein transferase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / signaling receptor activity / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. group G (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | ||||||
データ登録者 | Komives, E.A. / Lumpkin, R.J. / Baker, R.W. / Leschziner, A.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure and dynamics of the ASB9 CUL-RING E3 Ligase. 著者: Ryan J Lumpkin / Richard W Baker / Andres E Leschziner / Elizabeth A Komives / 要旨: The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18- ...The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18-member ankyrin and SOCS box (ASB) family is the largest substrate receptor family. Here we report cryo-EM data for the substrate, creatine kinase (CKB) bound to ASB9-ELOB/C, and for full-length CUL5 bound to the RING protein, RBX2, which binds various E2s. To date, no full structures are available either for a substrate-bound ASB nor for CUL5. Hydrogen-deuterium exchange (HDX-MS) mapped onto a full structural model of the ligase revealed long-range allostery extending from the substrate through CUL5. We propose a revised allosteric mechanism for how CUL-E3 ligases function. ASB9 and CUL5 behave as rigid rods, connected through a hinge provided by ELOB/C transmitting long-range allosteric crosstalk from the substrate through CUL5 to the RBX2 flexible linker. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v9i.cif.gz | 132.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6v9i.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v9i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v9i_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6v9i_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v9i_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v9i_validation.cif.gz | 43 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v9i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 100456.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: spg, CUL5, VACM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P06654, UniProt: Q93034 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 12721.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rnf7, Rbx2, Sag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WTZ1 | ||||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: cryo-EM structure of Cullin5 bound to RING-box protein 2 (Cul5-Rbx2) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4 second blot time, blot force 20 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46877 / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC v2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
|