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万見
- PDB-6sht: Molecular structure of mouse apoferritin resolved at 2.7 Angstrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sht
タイトルMolecular structure of mouse apoferritin resolved at 2.7 Angstroms with the Glacios cryo-microscope
要素Ferritin heavy chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Apoferritin / iron binding / iron storing / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Hamdi, F. / Tueting, C. / Semchonok, D. / Kyrilis, F. / Meister, A. / Skalidis, I. / Schmidt, L. / Parthier, C. / Stubbs, M.T. / Kastritis, P.L.
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2020
タイトル: 2.7 Å cryo-EM structure of vitrified M. musculus H-chain apoferritin from a compact 200 keV cryo-microscope.
著者: Farzad Hamdi / Christian Tüting / Dmitry A Semchonok / Koen M Visscher / Fotis L Kyrilis / Annette Meister / Ioannis Skalidis / Lisa Schmidt / Christoph Parthier / Milton T Stubbs / Panagiotis L Kastritis /
要旨: Here we present the structure of mouse H-chain apoferritin at 2.7 Å (FSC = 0.143) solved by single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) using a 200 kV device, the Thermo Fisher Glacios®. ...Here we present the structure of mouse H-chain apoferritin at 2.7 Å (FSC = 0.143) solved by single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) using a 200 kV device, the Thermo Fisher Glacios®. This is a compact, two-lens illumination system with a constant power objective lens, without any energy filters or aberration correctors, often thought of as a "screening cryo-microscope". Coulomb potential maps reveal clear densities for main chain carbonyl oxygens, residue side chains (including alternative conformations) and bound solvent molecules. We used a quasi-crystallographic reciprocal space approach to fit model coordinates to the experimental cryo-EM map. We argue that the advantages offered by (a) the high electronic and mechanical stability of the microscope, (b) the high emission stability and low beam energy spread of the high brightness Field Emission Gun (X-FEG), (c) direct electron detection technology and (d) particle-based Contrast Transfer Function (CTF) refinement have contributed to achieving high resolution. Overall, we show that basic electron optical settings for automated cryo-electron microscopy imaging can be used to determine structures approaching atomic resolution.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
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  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-10205
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  • マップデータ: EMDB-10205
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1783
ポリマ－21,0981
非ポリマー802
水1,29772
1
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,26772
ポリマ－506,34324
非ポリマー1,92448
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation23
Buried area93330 Å2
ΔGint-682 kcal/mol
Surface area153130 Å2
手法PISA v1.52 [20/10/2014]

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要素

#1: タンパク質 Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit


分子量: 21097.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mouse apoferritin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.48 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA / 詳細: microscope model is Thermofisher Glacios 200 kV
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 30 sec. / 電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 300 / 詳細: pixel size was 0.96 Angstroms

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.5粒子像選択
2EPU2.1画像取得
4Gctf1.0.6CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9PHENIX1.9モデル精密化
10RELION3.0.5初期オイラー角割当
11RELION3.0.5最終オイラー角割当
12RELION3.0.5分類
13RELION3.0.5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 211177
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95733 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 3WNW

3wnw


Accession code: 3WNW / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.73→245.76 Å / SU ML: 0.33 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 1731 2.56 %
Rwork0.2509 --
obs0.251 67527 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0151513
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.5242046
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.284591
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.064213
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7303-2.81070.48241420.50115389ELECTRON MICROSCOPY100
2.8107-2.90140.39951420.40045381ELECTRON MICROSCOPY100
2.9014-3.00510.33191410.32415408ELECTRON MICROSCOPY100
3.0051-3.12540.24341420.24695391ELECTRON MICROSCOPY100
3.1254-3.26770.19311430.19965411ELECTRON MICROSCOPY100
3.2677-3.440.18651430.17185436ELECTRON MICROSCOPY100
3.44-3.65550.15781430.14265440ELECTRON MICROSCOPY100
3.6555-3.93780.15761440.13615449ELECTRON MICROSCOPY100
3.9378-4.33410.1451440.14855492ELECTRON MICROSCOPY100
4.3341-4.96130.15651450.1575520ELECTRON MICROSCOPY100
4.9613-6.25090.19181480.23925600ELECTRON MICROSCOPY100
6.2509-246.76150.37711540.35055879ELECTRON MICROSCOPY100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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