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万見
- PDB-6q9e: Complex III2 focused refinement from Ovine respiratory supercompl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q9e
タイトルComplex III2 focused refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 4
  • (Ubiquinol-cytochrome c ...) x 4
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
キーワードELECTRON TRANSPORT / complex III / cellular respiration / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 ...: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / UBIQUINONE-10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / UBIQUINONE-10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Letts, J.A. / Sazanov, L.A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
European Research Council701309 オーストリア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4481
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a1: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
a2: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
b1: Cytochrome b
c1: Cytochrome c1
f1: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
d1: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
q1: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII
h1: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
x1: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
i1: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X
a3: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
a4: Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
b2: Cytochrome b
c2: Cytochrome c1
f2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
d2: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
q2: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII
h2: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
x2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
i2: Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,54540
ポリマ－460,58820
非ポリマー16,95720
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Ubiquinol-cytochrome c ... , 4種, 8分子 a1a3a2a4q1q2i1i2

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1


分子量: 49385.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5Q5G6
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2


分子量: 46655.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5Q0F9
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex III subunit VII


分子量: 9606.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PUP9
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X


分子量: 7310.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5P6B2

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タンパク質 , 2種, 4分子 b1b2c1c2

#3: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42877.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: P24959
#4: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 27322.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5Q0A9

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 4種, 8分子 f1f2d1d2h1h2x1x2

#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 21654.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13432.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5P642
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 9223.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac / 参照: UniProt: W5PZC9, UniProt: B9VH04*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Modeled as poly-alanine due to poor density. / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart
Plasmid details: Ovis aries (sheep) hearts were purchased from C Humphreys & Sons (Chelmsford, UK).
組織: Cardiac

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非ポリマー , 6種, 20分子

#11: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#15: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#16: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ovine mitochondrial SC I+III2 / タイプ: COMPLEX
詳細: Complex III2 focused refinement from ovine respiratory SC I+III2
Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 細胞内の位置: Mitochondrial inner membrane / 器官: Heart / Organelle: Mitochondria / 組織: Cardiac
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.25 Msodium chlorideNaCl1
20.02 MHEPES1
30.02 %Brij-351
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854
画像スキャン動画フレーム数/画像: 34

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.13-2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 400000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102314 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 90 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1PPJ

1ppj

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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