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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ouo | ||||||||||||
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タイトル | RF2 accommodated state bound 70S complex at long incubation time | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() translation release factor activity, codon specific / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fu, Z. / Indrisiunaite, G. / Kaledhonkar, S. / Shah, B. / Sun, M. / Chen, B. / Grassucci, R.A. / Ehrenberg, M. / Frank, J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for release-factor activation during translation termination revealed by time-resolved cryogenic electron microscopy. 著者: Ziao Fu / Gabriele Indrisiunaite / Sandip Kaledhonkar / Binita Shah / Ming Sun / Bo Chen / Robert A Grassucci / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / ![]() ![]() 要旨: When the ribosome encounters a stop codon, it recruits a release factor (RF) to hydrolyze the ester bond between the peptide chain and tRNA. RFs have structural motifs that recognize stop codons in ...When the ribosome encounters a stop codon, it recruits a release factor (RF) to hydrolyze the ester bond between the peptide chain and tRNA. RFs have structural motifs that recognize stop codons in the decoding center and a GGQ motif for induction of hydrolysis in the peptidyl transfer center 70 Å away. Surprisingly, free RF2 is compact, with only 20 Å between its codon-reading and GGQ motifs. Cryo-EM showed that ribosome-bound RFs have extended structures, suggesting that RFs are compact when entering the ribosome and then extend their structures upon stop codon recognition. Here we use time-resolved cryo-EM to visualize transient compact forms of RF1 and RF2 at 3.5 and 4 Å resolution, respectively, in the codon-recognizing ribosome complex on the native pathway. About 25% of complexes have RFs in the compact state at 24 ms reaction time, and within 60 ms virtually all ribosome-bound RFs are transformed to their extended forms. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 12345
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 941526.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | ![]() 分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: RNA鎖 | ![]() 分子量: 2754.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#54: RNA鎖 | 分子量: 24565.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 BCDEFGJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdef
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ghijklmnopqrstuvwxyz
#34: タンパク質 | ![]() 分子量: 25072.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#35: タンパク質 | ![]() 分子量: 23248.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | ![]() 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | ![]() 分子量: 16475.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#38: タンパク質 | ![]() 分子量: 12125.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | ![]() 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | ![]() 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | ![]() 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | ![]() 分子量: 11254.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#43: タンパク質 | ![]() 分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | ![]() 分子量: 9630.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | ![]() 分子量: 12868.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#46: タンパク質 | ![]() 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#47: タンパク質 | ![]() 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | ![]() 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | ![]() 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | ![]() 分子量: 7734.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | ![]() 分子量: 9421.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#52: タンパク質 | ![]() 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#53: タンパク質 | ![]() 分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#55: タンパク質 | 分子量: 40424.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 14分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Release complex 70S ribosomes / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 41.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94709 / 対称性のタイプ: POINT |