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- PDB-3jcd: Structure of Escherichia coli EF4 in posttranslocational ribosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jcd
タイトルStructure of Escherichia coli EF4 in posttranslocational ribosomes (Post EF4)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Elongation factor 4
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / ribosome elongation / GTPase EF4 / tRNA back-translocation / P-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / ribosomal small subunit binding ...: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / ribosomal small subunit binding / RNA folding / translation elongation factor activity / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / response to salt stress / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / response to cold / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of translation / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site ...Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Elongation factor 4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang, D. / Yan, K. / Liu, G. / Song, G. / Luo, J. / Shi, Y. / Cheng, E. / Wu, S. / Jiang, T. / Low, J. ...Zhang, D. / Yan, K. / Liu, G. / Song, G. / Luo, J. / Shi, Y. / Cheng, E. / Wu, S. / Jiang, T. / Low, J. / Gao, N. / Qin, Y.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: EF4 disengages the peptidyl-tRNA CCA end and facilitates back-translocation on the 70S ribosome.
著者: Dejiu Zhang / Kaige Yan / Guangqiao Liu / Guangtao Song / Jiejian Luo / Yi Shi / Erchao Cheng / Shan Wu / Taijiao Jiang / Jizhong Lou / Ning Gao / Yan Qin /
要旨: EF4 catalyzes tRNA back-translocation through an unknown mechanism. We report cryo-EM structures of Escherichia coli EF4 in post- and pretranslocational ribosomes (Post- and Pre-EF4) at 3.7- and 3.2- ...EF4 catalyzes tRNA back-translocation through an unknown mechanism. We report cryo-EM structures of Escherichia coli EF4 in post- and pretranslocational ribosomes (Post- and Pre-EF4) at 3.7- and 3.2-Å resolution, respectively. In Post-EF4, peptidyl-tRNA occupies the peptidyl (P) site, but the interaction between its CCA end and the P loop is disrupted. In Pre-EF4, the peptidyl-tRNA assumes a unique position near the aminoacyl (A) site, denoted the A site/EF4 bound (A/4) site, with a large displacement at its acceptor arm. Mutagenesis analyses suggest that a specific region in the EF4 C-terminal domain (CTD) interferes with base-pairing between the peptidyl-tRNA 3'-CCA and the P loop, whereas the EF4 CTD enhances peptidyl-tRNA interaction at the A/4 site. Therefore, EF4 induces back-translocation by disengaging the tRNA's CCA end from the peptidyl transferase center of the translating ribosome.
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年2月22日Group: Database references
改定 1.42018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / em_image_scans ...database_2 / em_image_scans / entity / struct
Item: _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.52019年12月18日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.62024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-6549
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
5: 50S ribosomal protein L1
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L11
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
x: Elongation factor 4
a: 16S ribosomal RNA
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
7: mRNA
8: tRNA
9: tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,289,31057
ポリマ－2,289,31057
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsD, ramA, b3296, JW3258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsE, spc, b3303, JW3265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S6 / fully modified isoform / 30S ribosomal protein S6 / non-modified isoform


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsH, b3306, JW3268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsI, b3230, JW3199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsK, b3297, JW3259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsN, b3307, JW3269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsO, secC, b3165, JW3134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsP, b2609, JW2590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsQ, neaA, b3311, JW3273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsS, b3316, JW3278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsT, b0023, JW0022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 012345CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#21: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmF, b1089, JW1075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#23: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmJ, b3299, JW3261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplA, b3984, JW3947 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplB, b3317, JW3279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplE, b3308, JW3270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplF, b3305, JW3267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplI, b4203, JW4161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplK, relC, b3983, JW3946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplM, b3231, JW3200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplN, b3310, JW3272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplO, b3301, JW3263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplQ, b3294, JW3256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplR, b3304, JW3266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplS, b2606, JW2587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplU, b3186, JW3153 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplW, b3318, JW3280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplX, b3309, JW3271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rplY, b2185, JW2173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmA, b3185, JW3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmB, b3637, JW3612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmC, b3312, JW3274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

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タンパク質 , 1種, 1分子 x

#51: タンパク質 Elongation factor 4 / EF-4 / Ribosomal back-translocase LepA


分子量: 66652.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lepA, b2569, JW2553 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60785, EC: 3.6.5.1

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RNA鎖 , 5種, 6分子 aAB789

#52: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#53: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#54: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#55: RNA鎖 mRNA


分子量: 4784.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#56: RNA鎖 tRNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1RECONSTRUCTION OF POST-EF4 COMPLEX.COMPLEX0
2EF41
3ribosome 70S1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月20日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 粒子像の数: 18772
詳細: (SINGLE PARTICLE DETAILS: THE PARTICLES WERE SELECTED USING AN AUTOMATIC SELECTION PROGRAM.) (SINGLE PARTICLE- -APPLIED SYMMETRY: C1)
対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46634 101181 0 0 147815

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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