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- PDB-5myj: Structure of 70S ribosome from Lactococcus lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myj
タイトルStructure of 70S ribosome from Lactococcus lactis
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Ribosome hibernation promotion factor
キーワードRIBOSOME / 70S / lactoccocus lactis / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L31 type B / : ...Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein L31 type B / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Ribosome hibernation promotion factor / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL33C / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Franken, L.E. / Oostergetel, G.T. / Pijning, T. / Puri, P. / Boekema, E.J. / Poolman, B. / Guskov, A.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
NWOTOPGO L.10.060 オランダ
European Research CouncilERC-2014-ADG オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A general mechanism of ribosome dimerization revealed by single-particle cryo-electron microscopy.
著者: Linda E Franken / Gert T Oostergetel / Tjaard Pijning / Pranav Puri / Valentina Arkhipova / Egbert J Boekema / Bert Poolman / Albert Guskov /
要旨: Bacteria downregulate their ribosomal activity through dimerization of 70S ribosomes, yielding inactive 100S complexes. In Escherichia coli, dimerization is mediated by the hibernation promotion ...Bacteria downregulate their ribosomal activity through dimerization of 70S ribosomes, yielding inactive 100S complexes. In Escherichia coli, dimerization is mediated by the hibernation promotion factor (HPF) and ribosome modulation factor. Here we report the cryo-electron microscopy study on 100S ribosomes from Lactococcus lactis and a dimerization mechanism involving a single protein: HPF. The N-terminal domain of HPF binds at the same site as HPF in Escherichia coli 100S ribosomes. Contrary to ribosome modulation factor, the C-terminal domain of HPF binds exactly at the dimer interface. Furthermore, ribosomes from Lactococcus lactis do not undergo conformational changes in the 30S head domains upon binding of HPF, and the Shine-Dalgarno sequence and mRNA entrance tunnel remain accessible. Ribosome activity is blocked by HPF due to the inhibition of mRNA recognition by the platform binding center. Phylogenetic analysis of HPF proteins suggests that HPF-mediated dimerization is a widespread mechanism of ribosome hibernation in bacteria.When bacteria enter the stationary growth phase, protein translation is suppressed via the dimerization of 70S ribosomes into inactive complexes. Here the authors provide a structural basis for how the dual domain hibernation promotion factor promotes ribosome dimerization and hibernation in bacteria.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3581
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3581
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
B0: 50S ribosomal protein L28
B1: 50S ribosomal protein L29
B2: 50S ribosomal protein L30
B3: 50S ribosomal protein L31 type B
B4: 50S ribosomal protein L32
B5: 50S ribosomal protein L33 3
B6: 50S ribosomal protein L34
B7: 50S ribosomal protein L35
B8: 50S ribosomal protein L36
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BM: 50S ribosomal protein L13
BN: 50S ribosomal protein L14
BO: 50S ribosomal protein L15
BP: 50S ribosomal protein L16
BQ: 50S ribosomal protein L17
BR: 50S ribosomal protein L18
BS: 50S ribosomal protein L19
BT: 50S ribosomal protein L20
BU: 50S ribosomal protein L21
BV: 50S ribosomal protein L22
BW: 50S ribosomal protein L23
BX: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L27
A: Ribosome hibernation promotion factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,115,46251
ポリマ－2,115,46251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area240680 Å2
ΔGint-1878 kcal/mol
Surface area742030 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AABABB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 497142.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
参照: GenBank: 124491690
#31: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 938591.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
参照: GenBank: 124491690
#32: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 37065.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
参照: GenBank: 124491690

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 28589.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNV0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 24058.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP9
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23232.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RI10
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17609.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN6
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11321.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNZ4
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17713.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RP73
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14692.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN9
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14124.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RP61
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11764.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ6
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13310.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNM8
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15157.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RP74
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13519.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNM9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7151.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP2
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10367.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RMV9
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10270.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RJS1
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10166.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP6
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9392.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNZ2
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10595.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ1
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 8384.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RMG0
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 7041.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RHW9

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8BDBEBFBGBHBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBZ

#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 7187.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RHS3
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7874.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP7
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6202.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN5
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9366.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RJP7
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6681.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RHH0
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 3


分子量: 5567.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNR2
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5200.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RHL6
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7844.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RMR2
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4432.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN0
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29641.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ2
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 21956.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ5
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22393.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ4
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20034.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP3
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19313.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN8
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16192.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RP62
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 12944.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP5
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15376.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN4
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15375.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP8
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14280.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNM6
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12426.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNN7
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13129.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RLS5
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13726.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RMR1
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11444.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RLA4
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12490.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ0
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10819.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNQ3
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 10897.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RNP4
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 10053.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RLA2

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#51: タンパク質 Ribosome hibernation promotion factor / HPF / Lactococcus lactis hibernation promotion factor / LIHPF


分子量: 21345.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 参照: UniProt: A2RIX0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 291.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
電子光学装置球面収差補正装置: Cs-corrector (CEOS, Heidelberg, Germany)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.11.1モデル精密化
10Xmipp初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43530 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 5.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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