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万見
- PDB-6nk6: Electron Cryo-Microscopy Of Chikungunya VLP in complex with mouse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nk6
タイトルElectron Cryo-Microscopy Of Chikungunya VLP in complex with mouse Mxra8 receptor
要素
  • Capsid protein
  • E1 glycoprotein
  • E2 glycoprotein
  • Matrix remodeling-associated protein 8
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE/SIGNALING PROTEIN / Chikungunya / virus-like particle / viral receptor / Mxra8 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS LIKE PARTICLE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / bicellular tight junction / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / cell differentiation ...establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / bicellular tight junction / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / cell differentiation / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / cell surface / proteolysis / RNA binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein ...Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Matrix remodeling-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å
データ登録者Basore, K. / Kim, A.S. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus in Complex with the Mxra8 Receptor.
著者: Katherine Basore / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Rong Zhang / Brittany K Smith / Carla Uranga / Lo Vang / Ming Cheng / Michael L Gross / Jonathan Smith / Michael S Diamond / Daved H Fremont /
要旨: Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal ...Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal structure of Mxra8 and 4 to 5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstructions of Mxra8 bound to chikungunya (CHIKV) virus-like particles and infectious virus. The Mxra8 ectodomain contains two strand-swapped Ig-like domains oriented in a unique disulfide-linked head-to-head arrangement. Mxra8 binds by wedging into a cleft created by two adjacent CHIKV E2-E1 heterodimers in one trimeric spike and engaging a neighboring spike. Two binding modes are observed with the fully mature VLP, with one Mxra8 binding with unique contacts. Only the high-affinity binding mode was observed in the complex with infectious CHIKV, as viral maturation and E3 occupancy appear to influence receptor binding-site usage. Our studies provide insight into how Mxra8 binds CHIKV and creates a path for developing alphavirus entry inhibitors.
履歴
登録2019年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9394
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Matrix remodeling-associated protein 8
N: Matrix remodeling-associated protein 8
O: Matrix remodeling-associated protein 8
P: Matrix remodeling-associated protein 8
A: E1 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
I: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
C: E1 glycoprotein
G: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
D: E1 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
L: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)568,58728
ポリマ－565,93316
非ポリマー2,65412
水00
1
M: Matrix remodeling-associated protein 8
N: Matrix remodeling-associated protein 8
O: Matrix remodeling-associated protein 8
P: Matrix remodeling-associated protein 8
A: E1 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
I: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
C: E1 glycoprotein
G: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
D: E1 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
L: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,115,2341680
ポリマ－33,955,964960
非ポリマー159,270720
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
M: Matrix remodeling-associated protein 8
N: Matrix remodeling-associated protein 8
O: Matrix remodeling-associated protein 8
P: Matrix remodeling-associated protein 8
A: E1 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
I: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
C: E1 glycoprotein
G: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
D: E1 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
L: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.84 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,842,936140
ポリマ－2,829,66480
非ポリマー13,27260
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
M: Matrix remodeling-associated protein 8
N: Matrix remodeling-associated protein 8
O: Matrix remodeling-associated protein 8
P: Matrix remodeling-associated protein 8
A: E1 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
I: Capsid protein
B: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
C: E1 glycoprotein
G: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
D: E1 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
L: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.41 MDa, 96 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,411,523168
ポリマ－3,395,59696
非ポリマー15,92772
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Matrix remodeling-associated protein 8 / Adipocyte-specific protein 3 / Dual Ig domain-containing cell adhesion molecule / DICAM / Limitrin ...Adipocyte-specific protein 3 / Dual Ig domain-containing cell adhesion molecule / DICAM / Limitrin / Mxra8 receptor


分子量: 30819.457 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain (UNP residues 39-291) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mxra8, Asp3, Dicam / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9DBV4
#2: タンパク質
E1 glycoprotein


分子量: 47346.715 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 810-1248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#3: タンパク質
E2 glycoprotein


分子量: 46858.312 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-748 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#4: タンパク質
Capsid protein


分子量: 16458.701 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 111-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus strain Senegal 37997 (ウイルス)
株: 37997 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XXP3
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Chikungunya virus like particle with Mxra8COMPLEXVLP Produced by PaxVax Corporation, Redwood CA, USA. Mouse Mxra8 produced in HEK293 cells.#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Chikungunya virus like particleCOMPLEX#2-#41RECOMBINANT
3Mxra8 receptorCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Chikungunya virus (strain 37997) (ウイルス)37109537997
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Homo sapiens (ヒト)9606HEK293F
23Homo sapiens (ヒト)9606HEK293F
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1218 mMsucrose1
210 mMpotassium phosphate1
325 mMcitrate1
4150 mMsodium chlorideNaCl1
525 mMHEPESC8H18N2O4S1
61 mMsodium azideNaN31
試料濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 0.33 mg/mL VLP + 15 mg/mL Mxra8
試料支持詳細: 0.458 mbar.l/s O2 and 0.11 mbar.l/s H2 / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION2.1画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8Coot0.8.9.1モデルフィッティング
11FREALIGN10最終オイラー角割当
13cisTEM1.0.0-beta３次元再構成
14PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22486 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
13N42

3n42

B15-342
23N42

3n42

F11-393
33J0C

3j0c

A1394-442
43J0C

3j0c

B1394-423
55H23

5h23

A1111-261
66NK3

6nk3

A139-291

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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