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万見
- EMDB-9564: RNA dependent RNA polymerase ,vp4,dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9564
タイトルRNA dependent RNA polymerase ,vp4,dsRNA
マップデータthe structure of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complexes within the capsid at 3.9-%u212B resolution using a 200 kV TEM
試料
  • 複合体: RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNA
    • 複合体: RNA dependent RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase
    • 複合体: VP4
      • タンパク質・ペプチド: VP4 protein
    • 複合体: dsRNA
      • RNA: RNA (42-MER)
    • 複合体: dsRNA
      • RNA: RNA (42-MER)
キーワードstructural classification / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / CPV, RNA-directed RNA polymerase, central polymerase domain / CPV, RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase / VP4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス) / Dendrolimus punctatus cypovirus 1 (ウイルス) / Cypovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Li X / Zhou N
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
the National Research and Development Program of China2016YFA0501103 中国
he National Research and Development Program of China2015CB910104 中国
the National Natural Science Foundation of China91530321 中国
the National Natural Science Foundation of China31570727 中国
the National Natural Science Foundation of China31570742 中国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Near-Atomic Resolution Structure Determination of a Cypovirus Capsid and Polymerase Complex Using Cryo-EM at 200kV.
著者: Xiaowu Li / Niyun Zhou / Wenyuan Chen / Bin Zhu / Xurong Wang / Bin Xu / Jiawei Wang / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) allows the high-resolution structural determination of biological assemblies in a near-native environment. However, all high-resolution (better than ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) allows the high-resolution structural determination of biological assemblies in a near-native environment. However, all high-resolution (better than 3.5Å) cryo-EM structures reported to date were obtained by using 300kV transmission electron microscopes (TEMs). We report here the structures of a cypovirus capsid of 750-Å diameter at 3.3-Å resolution and of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complexes within the capsid at 3.9-Å resolution using a 200-kV TEM. The newly resolved structure revealed conformational changes of two subdomains in the RdRp. These conformational changes, which were involved in RdRp's switch from non-transcribing to transcribing mode, suggest that the RdRp may facilitate the unwinding of genomic double-stranded RNA. The possibility of 3-Å resolution structural determinations for biological assemblies of relatively small sizes using cryo-EM at 200kV was discussed.
履歴
登録2016年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月2日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12
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  • 原子モデル: PDB-5h0r
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h0r
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5h0r
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9564.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the structure of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complexes within the capsid at 3.9-%u212B resolution using a 200 kV TEM
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 700 pix.
= 652.4 Å		0.93 Å/pix.
x 700 pix.
= 652.4 Å		0.93 Å/pix.
x 700 pix.
= 652.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.0 / ムービー #1: 12
最小 - 最大-27.507093000000001 - 45.616573000000002
平均 (標準偏差)0.6388262 (±4.628242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-937-937-937
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 652.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9320.9320.932
M x/y/z700700700
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z652.400652.400652.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-937-937-937
NC/NR/NS700700700
D min/max/mean-27.50745.6170.639

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNA

全体名称: RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNA
要素
  • 複合体: RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNA
    • 複合体: RNA dependent RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase
    • 複合体: VP4
      • タンパク質・ペプチド: VP4 protein
    • 複合体: dsRNA
      • RNA: RNA (42-MER)
    • 複合体: dsRNA
      • RNA: RNA (42-MER)

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超分子 #1: RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNA

超分子名称: RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: RNA dependent RNA polymerase

超分子名称: RNA dependent RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: VP4

超分子名称: VP4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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超分子 #4: dsRNA

超分子名称: dsRNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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超分子 #5: dsRNA

超分子名称: dsRNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

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分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
分子量理論値: 139.077281 KDa
組換発現生物種: Cypovirus (ウイルス)
配列文字列: MLPNTKLHNT IFSETRKFTR ESFKEIEHLT ARLANDSVAR HDFLFNTSIA LISDYSGEDS NGNQLQATIT IPNEIINPKE YDPSDYPLA EDESFFKQGH KYDYLVTFRA GSLTNTYEPK TKMYKLHAAL DKLMHVRQRK SRFADLWREL CAVIASLDVW Y QTTNYPLR ...文字列:
MLPNTKLHNT IFSETRKFTR ESFKEIEHLT ARLANDSVAR HDFLFNTSIA LISDYSGEDS NGNQLQATIT IPNEIINPKE YDPSDYPLA EDESFFKQGH KYDYLVTFRA GSLTNTYEPK TKMYKLHAAL DKLMHVRQRK SRFADLWREL CAVIASLDVW Y QTTNYPLR TYVKLLFHRG DEFPFYESPS QDRIIFNDKS VASILPTFVY TCCQVGTAIM SGILTHVESI VAMNHFLHCA KD SYIDEKL KIKGIGRSWY QEALHNVGQA TVPVWSQFNE VIGHRRKSTS EPHFVSSTFI SLRAKRAELL YPEFNAYINR AIQ LSKTQN DVANYYAACR AMTNDGTFLA TLTELSLDAA VFPRIEQRLV TRPAVLMSNT RHESLKQKYT NGVGSIAQSY LSSF TDEIA KRVNGIHHDE AWLNFLTTSS PGRKLTEIEK LEVGGDVAAW SNSRIVMQAV FAREYRTPER IFKSLKAPIK LVERQ QSDR RQRAISGLDN DRLFLSFMPY TIGKQIYELN DNAAQGKQAG NAFDIGEMLY WTSQRNVLLS SIDVAGMDAS VTTNTK DIY NTFVLDVASK CTVPRFGPYY AKNMEVFEVG KRQSQVRYVN AAWQACALEA ADSQTSTSYE SEIFGQVKNA EGTYPSG RA DTSTHHTVLL QGLVRGNELK RASDGKNSCL ATIKILGDDI MEIFQGSESD TYDHAMSNAN ILNESGFATT AELSQNSI V LLQQLVVNGT FWGFADRISL WTREDTKDIG RLNLAMMELN ALIDDLVFRV RRPEGLKMLG FFCGAICLRR FTLSVDNKL YDSTYNNLSK YMTLIKYDKN PDFDSTLMSL ILPLAWLFMP RGGEYPAYPF ERRDGTFTED ESMFTARGAY KRRLLYDVSN IREMIQQNS MALDDDLLHE YGFTGALLLI DLNILDLIDE VKKEDISPVK VSELATSLEQ LGKLGEREKS RRAASDLKIR G HALSNDIV YGYGLQEKIQ KSAMATKETT VQSKRVSSRL HDVIVAKTRD YKISTIPADA LRLHEFEVED VTVDLLPHAK HT SYSSLAY NMSFGSDGWF AFALLGGLDR SANLLRLDVA SIRGNYHKFS YDDPVFKQGY KIYKSDATLL NDFFTAISAG PKE QGILLR AFAYYSLYGN VEYHYVLSPR QLFFLSDNPV SAERLVRIPP KYYVSTQCRA LYNIFSYLHI LRSIANNWGK RLKM VLHPG LIAYVRGTSQ GAILPEADNV

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase

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分子 #2: VP4 protein

分子名称: VP4 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dendrolimus punctatus cypovirus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 63.734707 KDa
組換発現生物種: Cypovirus (ウイルス)
配列文字列: MFAIDPLKHP KLYEEYGLYL RPHQINQEIK PTTIKKKELA PTIRSIKYAS LIHSMLAKHA ARHNGTLINP RMYADMITLG NTKVTVTKG TPKAQIDTLK MNGLTVVSKS RRNNKKKPVS DTTASTDETT DDVVTYKALT EMSTLVESFR LPSGLTLIVF D DEKYQSLI ...文字列:
MFAIDPLKHP KLYEEYGLYL RPHQINQEIK PTTIKKKELA PTIRSIKYAS LIHSMLAKHA ARHNGTLINP RMYADMITLG NTKVTVTKG TPKAQIDTLK MNGLTVVSKS RRNNKKKPVS DTTASTDETT DDVVTYKALT EMSTLVESFR LPSGLTLIVF D DEKYQSLI PDYINQLITY TQPHIIPTWQ GITDFSDTYL RSYFKRPFEL TASNLAVPQK HNLSPITRSI FNNTGREDAI IR KLYGYGE YVFIKYEGCL ITWTGLYGAV TMMVNLPKRD LGLDVGDDFL KEYKKLLFHG VITDAIPSGI SAKSTVMRIS PHK MMNPSG GALAVLSKYI EAVVSTNVIN ATLVVYAEKG AGKTSFLSTY AQQLSLASGQ IVGHLSSDAY GRWLAKNKDV EEPS FEYDY VLSLDTDDNE SYYEQKASEL LTSHGISELS QYELLSVRRK VKMMNEMDEI LIAQLDNANT HSERNFYYMV STGKN TPRT LIVEGHFNAQ DATIARTDTT ILLRTINDTT QAMRDRQRSG VVQLFLRDTY YRLLPSLHTT VYPFEMLESI KRWKWV H

UniProtKB: VP4 protein

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分子 #3: RNA (42-MER)

分子名称: RNA (42-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cypovirus (ウイルス)
分子量理論値: 13.781683 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AA

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分子 #4: RNA (42-MER)

分子名称: RNA (42-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cypovirus (ウイルス)
分子量理論値: 12.814002 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27000
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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