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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ybh | |||||||||
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タイトル | Deoxyribonucleoside Kinase | |||||||||
![]() | Deoxynucleoside kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity ...deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / deoxynucleoside kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Allouche-Arnon, H. / Bar-Shir, A. / Dym, O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computationally designed dual-color MRI reporters for noninvasive imaging of transgene expression. 著者: Allouche-Arnon, H. / Khersonsky, O. / Tirukoti, N.D. / Peleg, Y. / Dym, O. / Albeck, S. / Brandis, A. / Mehlman, T. / Avram, L. / Harris, T. / Yadav, N.N. / Fleishman, S.J. / Bar-Shir, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 223.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 524.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vp0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26676.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: dnk, CG5452 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-8LK / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M KNa Tarta |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→42.66 Å / Num. obs: 61274 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.799 / Net I/σ(I): 40.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 6142 / CC1/2: 0.67 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2VP0 解像度: 2.4→42.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 9.317 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.276 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.64 Å2 / Biso mean: 39.963 Å2 / Biso min: 13.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→42.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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