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Yorodumi- PDB-6w9m: Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand bindi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w9m | |||||||||
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Title | Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with vamorolone and SHP coregulator fragment | |||||||||
Components |
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Keywords | HORMONE / Glucocorticoid Receptor / anti-inflammation drug | |||||||||
Function / homology | Function and homology information bile acid and bile salt transport / peroxisome proliferator activated receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / nuclear retinoid X receptor binding / animal organ regeneration / estrogen response element binding / response to glucose / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Notch signaling pathway ...bile acid and bile salt transport / peroxisome proliferator activated receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / nuclear retinoid X receptor binding / animal organ regeneration / estrogen response element binding / response to glucose / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Notch signaling pathway / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to organic cyclic compound / nuclear receptor activity / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.59 Å | |||||||||
Authors | Liu, X. / Ortlund, E.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Disruption of a key ligand-H-bond network drives dissociative properties in vamorolone for Duchenne muscular dystrophy treatment. Authors: Liu, X. / Wang, Y. / Gutierrez, J.S. / Damsker, J.M. / Nagaraju, K. / Hoffman, E.P. / Ortlund, E.A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w9m.cif.gz | 151.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w9m.ent.gz | 97.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w9m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6w9m_validation.pdf.gz | 759.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6w9m_full_validation.pdf.gz | 762 KB | Display | |
Data in XML | 6w9m_validation.xml.gz | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6w9m_validation.cif.gz | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6w9kC 6w9lC 6nwlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28964.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1X8XLE9 | ||||
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#2: Protein/peptide | Mass: 1204.440 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: eleven-residue fragment / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q15466 | ||||
#3: Chemical | ChemComp-TUV / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 / Details: 25% PEG 300 and 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.586→38.995 Å / Num. obs: 38375 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 25.42 Å2 / CC1/2: 0.921 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.586→1.64 Å / Num. unique obs: 3352 / CC1/2: 0.684 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6NWL Resolution: 1.59→38.99 Å / SU ML: 0.223 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.3473
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.59→38.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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