[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6un0: Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96(4-IF) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6un0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96(4-IF) construct with 3-Br-p-coumaric acid chromophore | ||||||
Components | Photoactive yellow protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / photoactive yellow protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information phototransduction / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Halorhodospira halophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 0.85 Å | ||||||
Authors | Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Boxer, S.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J Photochem Photobiol A Chem / Year: 2020 Title: Structural and spectroscopic characterization of photoactive yellow protein and photoswitchable fluorescent protein constructs containing heavy atoms. Authors: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Boxer, S.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6un0.cif.gz | 94.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6un0.ent.gz | 70.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6un0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6un0_validation.pdf.gz | 691.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6un0_full_validation.pdf.gz | 692.3 KB | Display | |
Data in XML | 6un0_validation.xml.gz | 8.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6un0_validation.cif.gz | 12 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6umyC 6umzC 6un2C 6un4C 1nwzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14296.749 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Halorhodospira halophila (bacteria) / Gene: pyp / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P16113 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-QBV / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.78 Å3/Da / Density % sol: 31.03 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 20 mM potassium phosphate, pH 6.0, 1 M NaCl; 1.9 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.72929 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.72929 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.85→23.36 Å / Num. obs: 88292 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 16.274 % / Biso Wilson estimate: 6.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 17.76 / Num. measured all: 1436878 / Scaling rejects: 28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1NWZ Resolution: 0.85→23.36 Å / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 11.79
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.56 Å2 / Biso mean: 10.0648 Å2 / Biso min: 2.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 0.85→23.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|