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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qr5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor | ||||||
![]() | tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification. 著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Floto, R.A. / Mendes, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1007.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1010.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6nvrSC ![]() 6nw6C ![]() 6nw7C ![]() 6qo2C ![]() 6qo3C ![]() 6qo4C ![]() 6qo6C ![]() 6qoaC ![]() 6qocC ![]() 6qodC ![]() 6qoeC ![]() 6qofC ![]() 6qogC ![]() 6qohC ![]() 6qoiC ![]() 6qojC ![]() 6qokC ![]() 6qolC ![]() 6qomC ![]() 6qonC ![]() 6qooC ![]() 6qopC ![]() 6qoqC ![]() 6qorC ![]() 6qosC ![]() 6qotC ![]() 6qouC ![]() 6qovC ![]() 6qowC ![]() 6qoxC ![]() 6qqsC ![]() 6qqxC ![]() 6qqyC ![]() 6qr6C ![]() 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.81→77.99 Å / Num. obs: 46361 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 34.97 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 409177 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6NVR 解像度: 1.81→56.273 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.47
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.87 Å2 / Biso mean: 38.3756 Å2 / Biso min: 23.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→56.273 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %
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