PDB-6qor: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qor

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 21 (2-Amino-3-nitrophenol)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.671 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qor.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qor.ent.gz	145.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo2-d 6qqy-d 6qqu-d 6qo4-d 6qrg-d 6qqs-d 6qqt-d 6qrb-d 6qr4-d 6qrc-d 6qov-d 6qr6-d 6nw6-d 6qoq-d 6nw7-d 6qr3-d 6qo3-d 6qog-d 6qqq-d 6qox-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.915, 77.088, 87.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JBK / 2-azanyl-3-nitro-phenol 分子量: 154.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→87.28 Å / Num. obs: 59308 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.31 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 450177 / Scaling rejects: 67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.67-1.76	7.5	0.741	8537	0.793	0.289	0.796	100
5.28-87.28	6.7	0.046	2065	0.998	0.018	0.049	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.671→45.752 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	3009	5.08 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.1744	59233	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.57 Å² / B_iso mean: 33.5882 Å² / B_iso min: 15.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.671→45.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3237	0	27	329	3593
B_iso mean	-	-	31.54	42.98	-
残基数	-	-	-	-	421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	4638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.044	1239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6705-1.6979	0.2745	131	0.2452	2641	2772
1.6979-1.7272	0.2486	114	0.2274	2647	2761
1.7272-1.7586	0.2257	143	0.2116	2679	2822
1.7586-1.7924	0.2676	164	0.2129	2636	2800
1.7924-1.829	0.2708	142	0.2079	2635	2777
1.829-1.8688	0.2475	140	0.194	2630	2770
1.8688-1.9122	0.2248	153	0.1789	2647	2800
1.9122-1.9601	0.2118	140	0.1698	2646	2786
1.9601-2.0131	0.2044	147	0.1707	2648	2795
2.0131-2.0723	0.2056	139	0.1744	2663	2802
2.0723-2.1392	0.1853	142	0.1685	2665	2807
2.1392-2.2156	0.1957	161	0.1719	2637	2798
2.2156-2.3043	0.2174	136	0.1667	2676	2812
2.3043-2.4092	0.2323	154	0.1693	2671	2825
2.4092-2.5362	0.2189	116	0.1736	2678	2794
2.5362-2.6951	0.2	140	0.1799	2700	2840
2.6951-2.9032	0.2103	148	0.1841	2696	2844
2.9032-3.1953	0.2153	137	0.1824	2692	2829
3.1953-3.6575	0.1952	154	0.1685	2725	2879
3.6575-4.6073	0.1603	149	0.146	2744	2893
4.6073-45.7687	0.2258	159	0.1718	2868	3027

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0115	-0.0276	0.0386	0.0355	-0.0298	0.0475	-0.1245	-0.5674	0.0897	0.6179	0.0668	-0.1127	-0.1656	-0.1973	0.0002	0.3336	0.0221	-0.0347	0.359	0.0008	0.2371	-32.823	-13.6308	22.9097
2	0.2507	-0.198	0.1542	0.2233	-0.2827	0.2431	-0.0063	-0.2119	0.0498	0.2575	-0.0043	0.1833	-0.0116	-0.2839	0	0.2957	0.001	0.0338	0.2996	0.013	0.2425	-38.8673	-14.4234	19.53
3	0.3366	0.1253	0.0785	0.0196	0.0429	0.3242	-0.0093	-0.0346	-0.0963	0.0725	0.0648	0.0523	0.0517	-0.0414	0	0.2045	0.0098	-0.01	0.2219	0.003	0.2237	-34.9932	-16.94	6.1836
4	0.0889	-0.0411	0.0449	0.0366	-0.0783	0.1007	-0.1478	0.0665	0.1401	-0.2986	0.0865	-0.1639	-0.3101	0.267	0.0001	0.2548	-0.009	-0.0307	0.2129	-0.032	0.2718	-20.3392	-4.0464	12.6481
5	0.231	0.0522	-0.0531	0.0093	-0.017	0.0724	-0.1283	-0.0564	-0.1379	0.2667	0.05	0.0438	0.1341	-0.0139	0.0001	0.2303	0.0431	-0.0127	0.2276	-0.0122	0.2456	-30.7169	-13.8487	11.3314
6	0.5033	0.0033	-0.088	0.0742	-0.0301	-0.0017	-0.0126	-0.0432	0.0168	0.0301	0.0441	-0.0378	0.0139	0.0142	0	0.2028	0.0173	-0.0056	0.1954	-0.0184	0.2013	-25.8103	-10.8824	11.4745
7	0.1318	-0.0129	-0.0265	0.294	-0.3404	0.4044	-0.0934	-0.1662	0.3119	0.1643	-0.2037	0.1746	-0.4317	-0.1125	-0.4992	0.4245	0.0693	0.0136	0.3243	-0.178	0.3904	-18.062	1.4654	26.4612
8	0.1058	0.0726	-0.027	0.1283	0.0127	0.0119	0.0126	0.0876	-0.0859	0.2151	0.0931	-0.2816	0.0338	0.2103	-0.0001	0.2711	0.0385	-0.0364	0.2255	-0.0213	0.2338	2.065	-5.1199	40.5136
9	0.174	-0.0791	0.0815	0.0696	0.0701	0.0249	0.0092	0.0787	-0.1266	-0.049	0.1339	-0.3317	-0.0094	0.1635	-0.0003	0.2572	-0.0203	0.0406	0.2826	-0.0408	0.2528	2.7982	-2.4708	24.4329
10	0.6413	-0.1998	0.1502	0.199	-0.1101	0.288	0.0286	-0.2264	0.0524	0.2082	-0.0546	0.3117	0.0863	-0.1976	0.0003	0.2638	-0.0255	0.0304	0.2844	0.0099	0.2307	-16.0068	-16.5173	37.5642
11	0.7707	-0.0202	0.3104	0.4246	0.1759	0.2248	0.0148	0.0656	-0.088	0.0792	0.0502	-0.0402	0.0374	0.0263	0	0.2048	0.007	0.0068	0.1918	-0.0119	0.217	-13.903	-19.2246	15.8717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 48 )	A	20 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 115 )	A	101 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 155 )	A	116 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 179 )	A	156 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 203 )	A	180 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 232 )	B	63 - 232

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関連情報:EMDBヘッダ

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