PDB-6qoj: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qoj

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 13 (4-Hydroxyquinazoline)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.023 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qoj.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qoj.ent.gz	144.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qoj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qoj_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qoj_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	6qoj_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	6qoj_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qos-d 6qrg-d 5zhj-1 6qop-d 6qoa-d 5zhi-d 6qo3-d 6qol-d 6qo4-d 5zhl-1 6qo6-d 6qo2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.010, 80.498, 84.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JBH / 3,4-dihydroquinazolin-4-ol 分子量: 148.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→84.28 Å / Num. obs: 33602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.48 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 254844 / Scaling rejects: 9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.02-2.13	7.6	0.974	4826	0.827	0.375	1.045	100
6.4-84.28	6.7	0.038	1192	0.998	0.015	0.041	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.023→45.755 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	1751	5.22 %
R_work	0.1959	-	-
obs	0.1982	33526	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.46 Å² / B_iso mean: 60.1326 Å² / B_iso min: 32.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.023→45.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3256	0	22	67	3345
B_iso mean	-	-	47.78	55.91	-
残基数	-	-	-	-	429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.393	1213

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.0226-2.0773	0.3851	120	0.3078	2412	2532
2.0773-2.1384	0.3552	119	0.2806	2412	2531
2.1384-2.2074	0.3169	142	0.2527	2392	2534
2.2074-2.2863	0.3062	141	0.2466	2423	2564
2.2863-2.3779	0.2974	128	0.2419	2430	2558
2.3779-2.4861	0.2487	125	0.2363	2421	2546
2.4861-2.6171	0.2899	112	0.2344	2431	2543
2.6171-2.7811	0.3028	123	0.2538	2447	2570
2.7811-2.9958	0.2933	109	0.2493	2471	2580
2.9958-3.2972	0.2638	153	0.2234	2433	2586
3.2972-3.7741	0.235	165	0.198	2441	2606
3.7741-4.7542	0.1989	132	0.1486	2497	2629
4.7542-45.767	0.1946	182	0.1579	2565	2747

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6982	-2.6996	2.7446	4.6302	-2.6314	4.1085	0.4094	0.6495	-0.495	-0.6084	-0.0395	-0.1169	0.6007	0.258	-0.4189	0.5025	0.0445	-0.0793	0.4449	-0.1068	0.4139	16.2812	-18.3664	-36.0493
2	3.2567	-0.4717	0.4102	2.5911	-1.3742	4.9795	0.1218	0.0431	-0.6364	-0.4404	0.2312	0.6268	0.4855	-0.4399	-0.3384	0.5078	-0.0381	-0.188	0.3878	0.1074	0.6947	5.2807	-20.0361	-30.3269
3	2.8271	0.098	0.7223	1.1	1.3112	3.9328	0.2487	-0.2983	-0.6504	0.0563	0.3342	0.0188	0.2832	-0.2493	-0.5361	0.3433	0.0211	-0.0559	0.2996	0.0871	0.4943	15.4476	-20.1571	-18.4921
4	2.4462	0.4627	-0.0622	0.4768	0.574	0.5766	-0.1121	-1.6827	-0.2544	0.4311	0.2337	0.1701	-0.0377	-0.0704	-0.1816	0.4159	0.0096	0.0347	0.957	0.226	0.4589	22.3575	-19.0669	5.0806
5	4.3859	-1.4518	3.3109	1.5612	-1.4804	7.8614	0.4778	1.0044	-0.205	-0.5959	0.224	0.226	0.118	0.6928	-0.5325	0.4489	0.0124	0.063	0.6588	-0.0115	0.4932	31.6455	-14.269	-23.7604
6	5.7633	-1.6563	3.0363	1.7713	-1.4943	5.7225	0.4083	0.3829	-0.8061	-0.5516	0.087	0.1231	0.8562	0.4803	-0.3618	0.3817	0.0486	-0.0221	0.4476	-0.1097	0.3937	34.5562	-20.256	-13.9058
7	1.3139	-0.428	0.787	3.5808	-0.5186	2.3995	-0.0718	-0.365	0.6996	0.3448	0.026	-0.798	-0.3064	0.631	-0.0222	0.3401	-0.027	0.0377	0.4738	-0.0395	0.4371	36.5028	-11.226	-8.8936
8	6.8903	-2.096	2.8104	2.3341	-1.2659	5.7647	-0.0785	-0.3245	0.1784	0.1261	0.2294	0.0299	-0.5376	-0.2704	-0.091	0.3728	0.004	0.0655	0.2893	-0.01	0.2698	24.0246	-9.0385	-11.9889
9	5.5387	-0.5709	2.9838	1.8616	-0.2988	2.3664	-0.1355	-0.1183	0.1556	-0.0777	0.2979	0.107	-0.3266	-0.0878	-0.1401	0.3573	0.0255	0.0975	0.3574	0.0354	0.3186	23.2526	-9.5777	-13.9022
10	5.4044	-1.5972	0.0863	5.9259	1.3621	4.1469	0.4371	0.8586	-0.3518	-1.2037	0.0893	1.6316	0.2213	-0.6197	-0.5687	0.5874	-0.0912	-0.2247	0.6501	0.2162	0.6872	-3.0381	-4.4341	-40.5558
11	4.7447	-3.9534	3.6003	5.9592	-4.1195	4.1886	-0.0453	-0.3329	-0.1942	0.1706	0.1499	0.7344	-0.1834	-0.0842	-0.0886	0.5559	0.1337	0.0869	0.6524	0.2038	0.6377	-3.2589	-2.5621	-23.5058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 62 )	A	0 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 131 )	A	63 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 181 )	A	132 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 231 )	A	182 - 231
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 19 )	B	0 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 20 through 62 )	B	20 - 62
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 63 through 83 )	B	63 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 115 )	B	84 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 181 )	B	116 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 203 )	B	182 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 204 through 228 )	B	204 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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