PDB-6qoa: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qoa

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 5 (Isoxazole-5-carboxamide)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qoa.cif.gz	182.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qoa.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qoa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qoj-d 6qop-d 6qos-d 5zhj-1 6jof-1 6qo6-d 6qrg-d 6qqu-d 6qr0-d 6qo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.763, 80.272, 84.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JBN / 1,2-oxazole-5-carboxamide 分子量: 112.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→80.27 Å / Num. obs: 38662 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.91 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 288655 / Scaling rejects: 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.93-2.03	7.6	0.766	5571	0.859	0.295	0.821	100
6.09-80.27	6.5	0.038	1357	0.997	0.016	0.041	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.93→58.212 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	1960	5.08 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1774	38588	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.73 Å² / B_iso mean: 44.5227 Å² / B_iso min: 24.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→58.212 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3239	0	16	185	3440
B_iso mean	-	-	47.66	48.97	-
残基数	-	-	-	-	426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	4632
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.325	1233

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9271-1.9753	0.3532	99	0.2592	2651	2750
1.9753-2.0287	0.305	125	0.2197	2571	2696
2.0287-2.0884	0.2339	127	0.2122	2595	2722
2.0884-2.1558	0.2715	134	0.2057	2589	2723
2.1558-2.2329	0.2766	140	0.196	2588	2728
2.2329-2.3223	0.2457	131	0.1775	2575	2706
2.3223-2.428	0.2206	149	0.1891	2588	2737
2.428-2.556	0.2311	142	0.1843	2601	2743
2.556-2.7161	0.2405	160	0.1936	2579	2739
2.7161-2.9258	0.2419	127	0.2038	2612	2739
2.9258-3.2203	0.219	172	0.1952	2609	2781
3.2203-3.6862	0.2527	148	0.1773	2627	2775
3.6862-4.6439	0.1957	162	0.1353	2648	2810
4.6439-58.2384	0.1734	144	0.1605	2795	2939

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2968	-0.1847	-0.1713	0.193	-0.1101	0.4596	0.2151	0.9612	-0.1603	-0.2915	-0.1823	-0.0414	0.0879	-0.6306	-0.0002	0.4395	0.0247	-0.0192	0.69	-0.0865	0.4281	-30.9551	11.1526	-25.0935
2	0.6574	-0.225	-0.2269	0.199	-0.1318	0.3693	0.2387	0.7459	0.2096	-0.1839	-0.1968	0.4574	-0.4402	-0.5558	0.0016	0.389	0.1103	-0.0329	0.536	0.0987	0.4278	-39.9386	21.4258	-14.84
3	2.3386	-0.9318	-1.1289	0.3396	0.3792	1.5725	0.0968	-0.0256	-0.0067	0.1183	0.0488	0.2258	0.0136	-0.1495	0.0004	0.2739	-0.0047	0.0181	0.359	0.013	0.3481	-33.81	18.0068	-6.4376
4	0.5348	0.007	-0.3471	0.1697	-0.2153	0.4706	-0.2014	-0.1715	-0.3395	-0.1268	-0.0382	0.3789	0.134	0.2098	-0.0001	0.3255	-0.0142	0.0303	0.2911	-0.0458	0.4008	-19.4144	4.8322	-12.6005
5	1.0081	-0.0435	-0.6233	0.3427	-0.3993	0.8416	-0.0565	-0.0302	-0.1257	-0.0954	0.144	-0.0958	0.0405	0.0846	0	0.2815	-0.0237	-0.0141	0.3416	0.0203	0.3216	-31.0075	13.1331	-6.6526
6	0.9403	0.209	-0.3082	0.3461	-0.5637	0.7181	0.0284	0.0873	0.0781	-0.0706	0.1437	0.1046	0.0393	0.0016	0.0001	0.3137	-0.0008	-0.0207	0.3275	-0.0104	0.3216	-22.0532	11.5953	-15.4162
7	0.1353	0.5353	-0.2444	3.0188	-3.0606	5.6447	-0.3377	0.1993	-0.5046	-0.3923	-0.6565	-0.3364	0.3841	0.7224	-1.4352	0.3228	-0.0234	-0.0038	0.0933	-0.266	0.2329	-8.1959	1.3144	-25.4274
8	0.252	0.0004	0.1759	0.0893	0.0154	0.0797	0.1328	0.1405	0.0899	-0.7574	-0.0139	-0.6356	0.1063	0.2717	0.0003	0.4546	-0.0578	0.1242	0.3483	0.0094	0.3775	3.4975	3.9217	-41.1428
9	0.7263	-0.4047	-0.0346	0.6393	-0.3362	0.3061	-0.0478	-0.1919	0.1132	0.0274	0.1065	-0.2725	-0.0959	0.0458	0.0002	0.3321	0.021	0.0107	0.3855	-0.023	0.3419	3.2162	2.1894	-23.2366
10	1.4213	-0.1491	-0.3993	1.3073	0.2655	1.1014	0.0107	0.2049	0.0738	-0.3302	0.0178	0.2091	-0.2464	-0.134	-0.0001	0.4405	0.0402	0.0246	0.3412	0.0537	0.3007	-14.5608	18.1885	-37.1518
11	1.2323	-0.5762	-0.403	1.2546	0.5383	0.9305	0.0521	-0.0482	0.2611	-0.1699	0.1074	-0.147	-0.1018	0.0786	0.0001	0.3577	-0.0324	0.0526	0.2312	-0.0055	0.3278	-4.8527	19.8036	-28.2163
12	1.2721	-0.0895	-0.0977	0.2869	-0.6056	1.2339	0.0143	0.0483	0.1774	-0.1606	-0.111	-0.0581	-0.0235	-0.0237	-0.0001	0.3236	-0.0041	0.0234	0.2807	-0.0265	0.3535	-15.3882	19.7233	-18.0029
13	0.9471	0.6062	0.1603	1.1284	-0.1198	-0.0803	0.005	-0.4901	0.2876	0.2764	0.0549	-0.1828	0.0647	0.0238	0	0.2956	0.0021	-0.0147	0.4968	-0.0958	0.33	-22.1686	19.752	4.8128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 30 )	A	0 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 48 )	A	31 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 125 )	A	101 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 155 )	A	126 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 183 )	A	156 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 184 through 203 )	A	184 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 228 )	A	204 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 73 )	B	0 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 74 through 131 )	B	74 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 231 )	B	183 - 231

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