PDB-6qo3: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qo3

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 2 (5-Amino-3-(2-thienyl) pyrazole)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qo3.cif.gz	184.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qo3.ent.gz	145.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qo3_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qo3_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	6qo3_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	6qo3_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrSC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qrg-d 6qov-d 6qol-d 6qqu-d 6qog-d 6qrb-d 6qo4-d 6qqq-d 6qqt-d 6nvr-d 6nw6-d 6qos-d 6qof-d 6qo2-d 6qqy-d 6qr4-d 6qoq-d 6qr6-d 6qqs-d 6qoj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.304, 79.397, 86.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J9N / 3-thiophen-2-yl-1H-pyrazol-5-amine / 5-amino-3-(2-thienyl)-pyrazole 分子量: 165.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇N₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→79.4 Å / Num. obs: 62564 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.22 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 472496 / Scaling rejects: 54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.73	7.7	0.743	9022	0.809	0.284	0.797	100
5.2-79.4	6.7	0.054	2177	0.997	0.022	0.058	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.65→56.266 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2072	3248	5.2 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1762	62491	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.16 Å² / B_iso mean: 31.625 Å² / B_iso min: 12.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→56.266 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3263	0	22	314	3599
B_iso mean	-	-	23.28	43.03	-
残基数	-	-	-	-	429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3384
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	4631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.904	1228

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6451-1.6697	0.3512	101	0.2723	2592	2693
1.6697-1.6958	0.2744	159	0.2377	2523	2682
1.6958-1.7236	0.2534	123	0.2284	2577	2700
1.7236-1.7533	0.2345	129	0.2179	2533	2662
1.7533-1.7852	0.2335	124	0.2009	2552	2676
1.7852-1.8195	0.2387	164	0.1862	2502	2666
1.8195-1.8566	0.2137	126	0.1819	2578	2704
1.8566-1.897	0.2015	138	0.1737	2572	2710
1.897-1.9411	0.1926	160	0.174	2516	2676
1.9411-1.9897	0.1975	147	0.1662	2538	2685
1.9897-2.0435	0.1922	147	0.1722	2565	2712
2.0435-2.1036	0.1948	159	0.174	2527	2686
2.1036-2.1715	0.2344	126	0.1724	2585	2711
2.1715-2.2491	0.2223	127	0.1758	2576	2703
2.2491-2.3392	0.1995	139	0.1734	2570	2709
2.3392-2.4457	0.2329	137	0.1724	2573	2710
2.4457-2.5746	0.1845	146	0.1815	2583	2729
2.5746-2.7359	0.2204	127	0.1925	2595	2722
2.7359-2.9471	0.2155	143	0.198	2588	2731
2.9471-3.2437	0.2098	131	0.1879	2611	2742
3.2437-3.713	0.2087	160	0.1693	2603	2763
3.713-4.6776	0.1509	168	0.1435	2627	2795
4.6776-56.2991	0.2468	167	0.1658	2757	2924

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0851	0.095	-0.008	0.1169	-0.0269	0.0283	-0.0762	0.6538	-0.1114	-0.3842	0.1221	-0.0812	0.1664	-0.3181	-0.0009	0.3023	-0.0266	0.0146	0.3645	-0.0313	0.2896	-32.3681	13.1467	-22.8905
2	1.1101	-0.0707	-0.0062	0.3292	-0.3433	0.5823	0.0766	0.1523	0.0459	-0.1847	0.1552	-0.1134	-0.1604	-0.0866	-0.0001	0.2225	0.0052	-0.0029	0.2464	-0.0034	0.2596	-36.2042	19.3407	-14.0566
3	0.7998	-0.2678	-0.4206	0.1522	-0.0538	1.131	-0.0781	-0.0252	-0.0802	-0.087	0.0732	0.0429	0.0306	-0.0165	-0	0.2043	-0.0138	0.0071	0.1934	-0.0174	0.2239	-28.9998	9.8679	-10.7567
4	0.0115	-0.0275	-0.0494	0.0235	0.0555	0.0907	-0.1003	-0.2002	-0.203	-0.1095	0.036	0.0724	0.0947	0.1118	-0	0.2247	0.0081	0.0041	0.2305	0.011	0.2234	-31.3479	9.4651	-2.6518
5	0.3727	0.0927	-0.1121	0.1793	-0.1742	0.1471	-0.0211	0.0811	0.1024	-0.0465	0.0609	-0.0351	-0.0947	-0.048	0	0.2002	-0.0183	0.007	0.2057	-0.0246	0.2135	-20.9344	12.7088	-18.4579
6	0.1243	0.0809	-0.1238	0.286	-0.3735	0.4949	-0.0788	0.1783	-0.2388	-0.2232	-0.2008	0.1876	0.3133	-0.113	-0.2757	0.3256	-0.0497	-0.0381	0.2686	-0.1419	0.2885	-14.1981	0.628	-24.831
7	0.2567	-0.1318	0.0151	0.138	0.1112	0.1609	0.0738	0.0099	0.2207	-0.3383	0.0627	-0.2484	-0.0998	0.2079	-0.0001	0.3124	-0.0219	0.035	0.258	0.0013	0.2501	2.779	4.3187	-40.8243
8	0.2864	0.0672	-0.0436	0.1231	0.0762	0.0579	0.0046	-0.1827	0.093	-0.0004	0.0666	-0.2306	-0.0521	0.1236	0.0003	0.2298	0.0246	-0.0204	0.2762	-0.0194	0.2138	3.0982	2.0004	-24.1067
9	0.9738	0.4001	-0.1312	0.4649	-0.0608	0.6789	0.0025	0.201	-0.0025	-0.0795	-0.1195	0.3854	-0.089	-0.2427	0.0001	0.2652	0.0294	-0.0215	0.274	0.0085	0.2134	-16.5349	18.2196	-35.8228
10	0.9987	-0.3529	-0.5763	0.5005	0.4785	0.8729	0.0446	0.0403	0.1306	-0.128	0.0215	-0.0276	-0.045	-0.0213	-0	0.2394	-0.0118	0.0125	0.1867	-0.0063	0.2222	-8.1627	19.0697	-28.4869
11	0.0279	0.0557	0.0079	0.0685	0.0235	0.0248	-0.1336	-0.3148	0.1446	0.1323	-0.0864	-0.224	-0.2918	0.1899	-0.0003	0.357	0.0078	-0.1076	0.3361	0.0108	0.4527	-15.3625	28.4384	-10.0442
12	0.5251	0.3359	-0.2849	0.7459	-0.1321	0.0367	-0.133	-0.364	0.2537	0.2284	0.1563	-0.1271	0.0925	0.0742	0	0.2244	0.0449	-0.0405	0.3584	-0.1097	0.2521	-22.6036	19.6401	4.6202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 115 )	A	63 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 131 )	A	116 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 155 )	A	132 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 155 )	B	63 - 155
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 156 through 180 )	B	156 - 180
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 181 through 231 )	B	181 - 231

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