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- PDB-6qaf: Crystal structure of human Arginase-1 at pH 9.0 in complex with C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qaf
タイトルCrystal structure of human Arginase-1 at pH 9.0 in complex with CB-1158/INCB001158
要素Arginase-1
キーワードHYDROLASE / arignase inhibitor / borate / manganese cluster / pH-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / defense response to protozoan / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / defense response to protozoan / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of activated T cell proliferation / L-arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XC3 / Arginase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Grobben, Y. / Uitdehaag, J.C.M. / Tabak, W.W.A. / Zaman, G.J.R.
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: Structural insights into human Arginase-1 pH dependence and its inhibition by the small molecule inhibitor CB-1158.
著者: Grobben, Y. / Uitdehaag, J.C.M. / Willemsen-Seegers, N. / Tabak, W.W.A. / de Man, J. / Buijsman, R.C. / Zaman, G.J.R.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-1
B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,77210
ポリマ－73,9022
非ポリマー8708
水6,774376
1
A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,15915
ポリマ－110,8543
非ポリマー1,30512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area33840 Å2
手法PISA
2
B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,15915
ポリマ－110,8543
非ポリマー1,30512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.130, 90.130, 69.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

21B-666-

HOH

31B-672-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Arginase-1 / Liver-type arginase / Type I arginase


分子量: 36951.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal his tag with thrombin-cleavable linker. Construct was not thrombin-cleaved before crystallization.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P05089, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XC3 / [(~{E})-3-[(3~{S},4~{R})-4-azanyl-1-[(2~{S})-2-azanylpropanoyl]-4-carboxy-pyrrolidin-3-yl]prop-1-enyl]-tris(oxidanyl)boranium


分子量: 302.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H21BN3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 % / 解説: clear rod-like hexagonal crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Crystals were generated from 22.5 % PEG 1500, 0.2 M MIB buffer pH 4.0 (sodium malonate, imidazole and boric acid in a 2:3:3 molar ratio). Crystals were equilibrated to soaking solution (22.5 ...詳細: Crystals were generated from 22.5 % PEG 1500, 0.2 M MIB buffer pH 4.0 (sodium malonate, imidazole and boric acid in a 2:3:3 molar ratio). Crystals were equilibrated to soaking solution (22.5 % PEG 1500, 0.2 M MMT buffer pH 9.0 (DL-malic acid, MES, Tris base in a 1:2:2 molar ratio). Subsequently, crystals were gradually soaked for 4 days in soaking solution containing 15 mM compound 3.
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日 / 詳細: transfocator
放射モノクロメーター: diamond beam splitter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.554
11-h,-k,l20.446
反射解像度: 1.61→51.74 Å / Num. obs: 79090 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.01 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Num. unique obs: 3888 / CC1/2: 0.368 / Rpim(I) all: 0.561 / Rrim(I) all: 0.868 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
MOSFLM7.2.0データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q9P

6q9p


解像度: 1.61→51.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.838 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 4105 5.2 %RANDOM
Rwork0.14744 ---
obs0.149 74978 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.684 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.48 Å20 Å20 Å2
2--3.48 Å20 Å2
3----6.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→51.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 48 376 5254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.35626752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.806311054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1645634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34824.194186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9115852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6351526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2772.3872542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2772.3852541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9913.5783174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9913.5813175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2742.5332430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2662.5312407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9993.7323553
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.68331.0675763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.65730.9725725
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.9451
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.32553
LS精密化 シェル解像度: 1.608→1.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.58 281 -
Rwork0.512 5512 -
obs--96.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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