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万見
- PDB-6l47: Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l47
タイトルStructure of the human sterol O-acyltransferase 1 in complex with CI-976
要素Sterol O-acyltransferase 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSFERASE (転移酵素) / SOAT / ACAT / MBOAT
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / cholesterol binding / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sterol O-acyltransferase, metazoa / Sterol O-acyltransferase, ACAT/DAG/ARE types / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / Chem-E5L / Sterol O-acyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chen, L. / Guan, C. / Niu, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502004 中国
National Natural Science Foundation of China31622021 中国
National Science Foundation (China)91857000 中国
National Science Foundation (China)31821091 中国
National Natural Science Foundation of China31870833 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the inhibition mechanism of human sterol O-acyltransferase 1 by a competitive inhibitor.
著者: Chengcheng Guan / Yange Niu / Si-Cong Chen / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Koji Nishi / Catherine C Y Chang / Ta-Yuan Chang / Tuoping Luo / Lei Chen /
要旨: Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the ...Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the esterification of cholesterol to generate cholesteryl esters for cholesterol storage. SOAT1 is a target to treat several human diseases. However, its structure and mechanism remain elusive since its discovery. Here, we report the structure of human SOAT1 (hSOAT1) determined by cryo-EM. hSOAT1 is a tetramer consisted of a dimer of dimer. The structure of hSOAT1 dimer at 3.5 Å resolution reveals that a small molecule inhibitor CI-976 binds inside the catalytic chamber and blocks the accessibility of the active site residues H460, N421 and W420. Our results pave the way for future mechanistic study and rational drug design targeting hSOAT1 and other mammalian MBOAT family members.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0831
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol O-acyltransferase 1
B: Sterol O-acyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1506
ポリマ－114,5902
非ポリマー1,5604
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5520 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area42710 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sterol O-acyltransferase 1 / / Acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase 1 / ACAT-1 / Cholesterol acyltransferase 1


分子量: 57294.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOAT1, ACACT, ACACT1, ACAT, ACAT1, SOAT, STAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35610, sterol O-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-E5L / 2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide / CI-976


分子量: 393.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H39NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human sterol O-acyltransferase 1 dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cisTEM / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 222018 / 詳細: cisTEM resolution limiting methods / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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