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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l47 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 in complex with CI-976 | ||||||||||||||||||
要素 | Sterol O-acyltransferase 1 | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRANSFERASE / SOAT / ACAT / MBOAT | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Guan, C. / Niu, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural insights into the inhibition mechanism of human sterol O-acyltransferase 1 by a competitive inhibitor. 著者: Chengcheng Guan / Yange Niu / Si-Cong Chen / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Koji Nishi / Catherine C Y Chang / Ta-Yuan Chang / Tuoping Luo / Lei Chen / 要旨: Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the ...Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the esterification of cholesterol to generate cholesteryl esters for cholesterol storage. SOAT1 is a target to treat several human diseases. However, its structure and mechanism remain elusive since its discovery. Here, we report the structure of human SOAT1 (hSOAT1) determined by cryo-EM. hSOAT1 is a tetramer consisted of a dimer of dimer. The structure of hSOAT1 dimer at 3.5 Å resolution reveals that a small molecule inhibitor CI-976 binds inside the catalytic chamber and blocks the accessibility of the active site residues H460, N421 and W420. Our results pave the way for future mechanistic study and rational drug design targeting hSOAT1 and other mammalian MBOAT family members. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l47.cif.gz | 178.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l47.ent.gz | 145.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l47.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l47_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l47_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6l47_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l47_validation.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l47 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57294.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOAT1, ACACT, ACACT1, ACAT, ACAT1, SOAT, STAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35610, sterol O-acyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human sterol O-acyltransferase 1 dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cisTEM / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 222018 / 詳細: cisTEM resolution limiting methods / 対称性のタイプ: POINT |