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Yorodumi- PDB-3ozx: Crystal structure of ABCE1 of Sulfolubus solfataricus (-FeS domain) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ozx | ||||||
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Title | Crystal structure of ABCE1 of Sulfolubus solfataricus (-FeS domain) | ||||||
Components | RNase L inhibitor | ||||||
Keywords | HYDROLASE / TRANSLATION / ATP binding cassette protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / iron ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Barthelme, D. / Tampe, R. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Ribosome Recycling in Archaea A Mechanistic Link between FeS Cluster Biosynthesis and Conformational Switch of Twin-ATPase ABCE1 Authors: Barthelme, D. / Dinkelaker, S. / Albers, S.-V. / Londei, P. / Ermler, U. / Tampe, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ozx.cif.gz | 229.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ozx.ent.gz | 181 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ozx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3ozx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/3ozx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 61245.297 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 76-600 / Mutation: E238Q, E485Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Gene: SSO0287 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q980K5 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, 0.2 M Mg(OAc)2, 20% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2007 |
Radiation | Monochromator: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 67949 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / % possible all: 93.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 10.652 / SU ML: 0.142 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.202 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.226 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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