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- PDB-6fzr: Crystal structure of scFv-SM3 in complex with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fzr
タイトルCrystal structure of scFv-SM3 in complex with compound 2
要素
  • Mucin-1
  • scFv-SM3
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription coregulator activity / Golgi lumen / p53 binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / vesicle / apical plasma membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EEQ / Mucin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bermejo, I.A. / Usabiaga, I. / Companon, I. / Castro-Lopez, J. / Insausti, A. / Fernandez, J.A. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. ...Bermejo, I.A. / Usabiaga, I. / Companon, I. / Castro-Lopez, J. / Insausti, A. / Fernandez, J.A. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Oses, G. / Peregrina, J.M. / Hurtado-Guerrero, R. / Cocinero, E.J. / Corzana, F.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
MICINN, CTQ2013-44367-C2-2-P スペイン
MICINNBFU2016-75633-P スペイン
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2018
タイトル: Water Sculpts the Distinctive Shapes and Dynamics of the Tumor-Associated Carbohydrate Tn Antigens: Implications for Their Molecular Recognition.
著者: Bermejo, I.A. / Usabiaga, I. / Companon, I. / Castro-Lopez, J. / Insausti, A. / Fernandez, J.A. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Peregrina, J.M. / Jimenez- ...著者: Bermejo, I.A. / Usabiaga, I. / Companon, I. / Castro-Lopez, J. / Insausti, A. / Fernandez, J.A. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Peregrina, J.M. / Jimenez-Oses, G. / Hurtado-Guerrero, R. / Cocinero, E.J. / Corzana, F.
履歴
登録2018年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: scFv-SM3
P: Mucin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,15111
ポリマ－26,4152
非ポリマー7369
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.274, 69.431, 90.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 scFv-SM3


分子量: 25758.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Special processing instructions: Although this structure is a ScFv, please follow the same numbering as shown in PDB entry 5OWP.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#2: タンパク質・ペプチド Mucin-1 / MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma- ...MUC-1 / Breast carcinoma-associated antigen DF3 / Cancer antigen 15-3 / CA 15-3 / Carcinoma-associated mucin / Episialin / H23AG / Krebs von den Lungen-6 / KL-6 / PEMT / Peanut-reactive urinary mucin / PUM / Polymorphic epithelial mucin / PEM / Tumor-associated epithelial membrane antigen / EMA / Tumor-associated mucin


分子量: 656.708 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 141-146 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15941
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 糖 ChemComp-EEQ / 2-deoxy-2-[(fluoroacetyl)amino]-alpha-D-galactopyranose / 2-fluoranyl-~{N}-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl]ethanamide / 2-deoxy-2-[(fluoroacetyl)amino]-alpha-D-galactose / 2-deoxy-2-[(fluoroacetyl)amino]-D-galactose / 2-deoxy-2-[(fluoroacetyl)amino]-galactose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 239.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14FNO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 disodium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.15 Å / Num. obs: 20522 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.793 / Rpim(I) all: 0.543 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OWP

5owp


解像度: 1.8→55.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.648 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23201 560 2.7 %RANDOM
Rwork0.18665 ---
obs0.18795 19913 95.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.901 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→55.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 47 99 1911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021855
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.9412511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0973.0043916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4195232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77324.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99915275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.505159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2932.364928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2942.361927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1513.5271154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.153.5311155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6812.764927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6762.764927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6973.9731356
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.1429.3332028
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.13929.3512029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 40 -
Rwork0.282 1525 -
obs--99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1251 Å / Origin y: 1.3676 Å / Origin z: -12.9258 Å
111213212223313233
T0.0466 Å2-0.0074 Å2-0.0092 Å2-0.0985 Å20.0094 Å2--0.0068 Å2
L0.3142 °20.1694 °2-0.1103 °2-0.6836 °2-0.7442 °2--0.8581 °2
S0.0163 Å °0.0113 Å °-0.0195 Å °0.0246 Å °0.0136 Å °0.0311 Å °-0.0543 Å °0.0249 Å °-0.0299 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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