PDB-6eis: DYRK1A in complex with JWC-055

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eis

タイトル

DYRK1A in complex with JWC-055

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Rothweiler, U.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Novel Scaffolds for Dual Specificity Tyrosine-Phosphorylation-Regulated Kinase (DYRK1A) Inhibitors.
著者: Czarna, A. / Wang, J. / Zelencova, D. / Liu, Y. / Deng, X. / Choi, H.G. / Zhang, T. / Zhou, W. / Chang, J.W. / Kildalsen, H. / Seternes, O.M. / Gray, N.S. / Engh, R.A. / Rothweiler, U.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eis.cif.gz	573 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eis.ent.gz	473.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eis_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eis_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6eis_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	6eis_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eifC 6eijC 6eilC 6eipC 6eiqC 6eirC 6eivC 6ej4C 4nctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uwy-2 6eiq-1 5a4e-1 2vx3-1 3anr-3 6s11-1 6eip-1 3anq-3 4ylk-d 4mq1-2 4yu2-4 6s1i-1 6eiq-2 2wo6-2 6ej4-2 6s1i-4 3anr-1 3anq-2 3gc9-2 6ej4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.480, 89.050, 230.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB 分子量: 42653.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-B6N / 1-[4-fluoranyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]-9-(1~{H}-pyrazol-4-yl)benzo[h][1,6]naphthyridin-2-one 分子量: 424.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₂F₄N₄O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M KSCN, 0.1M KCl, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 75870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 11.36
反射シェル	解像度: 2.36→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. measured obs: 74036 / Num. unique all: 11965 / CC_1/2: 0.722 / R_rim(I) all: 0.875

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

開始モデル: 4nct

4nct

解像度: 2.36→48.367 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2615	3757	4.95 %
R_work	0.221	-	-
obs	0.223	75855	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11041	0	124	339	11504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.669	15504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.969	4274
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3559-2.3857	0.38	118	0.3492	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3857-2.4171	0.4196	119	0.3252	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4171-2.4502	0.3944	127	0.3258	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4502-2.4852	0.3568	135	0.3113	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4852-2.5223	0.3542	138	0.3096	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5223-2.5617	0.3962	144	0.3133	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5617-2.6037	0.373	141	0.3125	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6037-2.6486	0.3589	148	0.306	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6486-2.6968	0.3243	119	0.3039	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6968-2.7487	0.3646	188	0.288	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7487-2.8048	0.3841	148	0.2947	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8048-2.8657	0.2884	117	0.278	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8657-2.9324	0.329	122	0.268	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9324-3.0057	0.2986	154	0.2694	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0057-3.087	0.3186	132	0.2532	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.087-3.1778	0.2817	97	0.2452	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1778-3.2803	0.2952	136	0.2474	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2803-3.3975	0.273	147	0.2304	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3975-3.5335	0.3116	158	0.2351	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5335-3.6943	0.2718	145	0.2166	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6943-3.889	0.2331	142	0.205	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.889-4.1325	0.2191	118	0.1776	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1325-4.4514	0.1904	153	0.1641	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4514-4.899	0.1971	132	0.1591	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
4.899-5.607	0.1977	155	0.1773	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
5.607-7.0607	0.2057	140	0.1995	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0607-48.3775	0.2164	184	0.1841	2853	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.1303 Å / Origin y: -7.3686 Å / Origin z: -28.3509 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3256 Å²	0.0279 Å²	-0.0232 Å²	-	0.3002 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.2892 Å²
L	0.8261 °²	0.0684 °²	-0.0595 °²	-	0.2941 °²	-0.1581 °²	-	-	0.6336 °²
S	0.0164 Å °	0.2595 Å °	-0.0055 Å °	-0.0316 Å °	-0.0166 Å °	-0.0113 Å °	-0.0338 Å °	0.0884 Å °	-0.0021 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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