PDB-6eif: DYRK1A in complex with XMD7-117

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eif

タイトル

DYRK1A in complex with XMD7-117

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of heterochromatin formation / peptidyl-serine autophosphorylation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Rothweiler, U.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Novel Scaffolds for Dual Specificity Tyrosine-Phosphorylation-Regulated Kinase (DYRK1A) Inhibitors.
著者: Czarna, A. / Wang, J. / Zelencova, D. / Liu, Y. / Deng, X. / Choi, H.G. / Zhang, T. / Zhou, W. / Chang, J.W. / Kildalsen, H. / Seternes, O.M. / Gray, N.S. / Engh, R.A. / Rothweiler, U.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年7月7日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eif.cif.gz	526.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eif.ent.gz	435.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eijC 6eilC 6eipC 6eiqC 6eirC 6eisC 6eivC 6ej4C 4nctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a4e-1 4uck-1 3anq-3 3anr-3 6eis-4 6eiq-2 5a3x-4 6d9d-d 4ylk-d 5z3k-2 6eiq-1 6eip-1 6a1g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.440, 88.536, 231.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB 分子量: 42653.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphotyrosine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-B5T / 4-(3-pyridin-3-yl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)benzenesulfonamide 分子量: 350.394 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄N₄O₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M KSCN; 0.1M NaCl; 14% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976251 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.517
1	1	K, H, -L	2	0.483

反射

解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 89260 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度: 1.93→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. measured obs: 68970 / Num. unique all: 13806 / CC_1/2: 0.743 / R_rim(I) all: 0.775 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4nct

4nct

解像度: 2.22→48.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 9.364 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25049	4529	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21836	-	-	-
obs	0.21998	84728	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.22→48.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10771	0	100	234	11105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	11133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.076	1.98	15059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3.002	24260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.029	5	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.773	23.989	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.647	15	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.262	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	12456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.557	3.661	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.557	3.661	5306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.013	5.482	6611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.013	5.482	6612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.346	3.707	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.346	3.708	5827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.632	5.561	8449
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.869	42.26	12363
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.832	42.196	12339
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.223→2.281 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.532	284	-
R_work	0.49	5709	-
obs	-	-	91.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1554	-0.1669	0.095	0.3315	-0.0145	0.1281	-0.0046	0.017	0.0148	0.0038	0.0136	-0.0298	-0.0072	-0.011	-0.009	0.1276	-0.0038	-0.0032	0.1595	0.0018	0.0122	-5.1116	21.0569	-49.6895
2	0.06	0.0244	0.1008	0.0906	0.0469	0.4997	0.0746	0.0294	0.0046	0.1372	0.0298	0.0047	0.174	0.0749	-0.1044	0.2871	0.024	-0.0075	0.1608	-0.0203	0.0416	-0.8254	18.598	-8.6106
3	0.135	-0.1121	0.17	0.6052	-0.1927	0.2375	-0.057	0.0425	-0.0192	0.2179	0.0773	0.0386	-0.0655	0.009	-0.0202	0.2169	0.0433	0.03	0.1398	-0.0089	0.0063	-12.744	-19.6352	-21.2409
4	0.0667	-0.0335	0.0039	0.1624	-0.0169	0.3981	-0.0384	0.0226	0.0008	0.0264	0.031	0.0595	0.0275	0.0016	0.0074	0.1145	-0.002	0.0256	0.1551	-0.0058	0.0356	-39.495	6.0717	-37.8154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	134 - 480
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	133 - 480
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	135 - 479
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	134 - 479

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関連情報:EMDBヘッダ

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