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万見
- EMDB-6475: Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6475
タイトルCryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 4.2 angstrom resolution
マップデータReconstruction of a membrane protein
試料
  • 試料: a membrane protein cryo-sample
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of muscle contraction / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of muscle contraction / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during AV node cell action potential / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / photoreceptor ribbon synapse / positive regulation of calcium ion transport / calcium ion import / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / cellular response to caffeine / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium channel regulator activity / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / T-tubule / visual perception / muscle contraction / protein localization to plasma membrane / calcium ion transmembrane transport / phosphoprotein binding / sarcolemma / calcium ion transport / actin filament binding / presynapse / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / protein kinase binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Wu JP / Yan Z / Li ZQ / Yan N
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex.
著者: Jianping Wu / Zhen Yan / Zhangqiang Li / Chuangye Yan / Shan Lu / Mengqiu Dong / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 is engaged in the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. The Ca(v)1.1 complex consists of the pore-forming subunit α1 and auxiliary subunits ...The voltage-gated calcium channel Ca(v)1.1 is engaged in the excitation-contraction coupling of skeletal muscles. The Ca(v)1.1 complex consists of the pore-forming subunit α1 and auxiliary subunits α2δ, β, and γ. We report the structure of the rabbit Ca(v)1.1 complex determined by single-particle cryo-electron microscopy. The four homologous repeats of the α1 subunit are arranged clockwise in the extracellular view. The γ subunit, whose structure resembles claudins, interacts with the voltage-sensing domain of repeat IV (VSD(IV)), whereas the cytosolic β subunit is located adjacent to VSD(II) of α1. The α2 subunit interacts with the extracellular loops of repeats I to III through its VWA and Cache1 domains. The structure reveals the architecture of a prototypical eukaryotic Ca(v) channel and provides a framework for understanding the function and disease mechanisms of Ca(v) and Na(v) channels.
履歴
登録2015年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年12月9日-
マップ公開2015年12月30日-
更新2016年1月13日-
現状2016年1月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbr
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6475.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a membrane protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.07917605 - 0.15899228
平均 (標準偏差)-0.00014582 (±0.00476387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-189
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0790.159-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : a membrane protein cryo-sample

全体名称: a membrane protein cryo-sample
要素
  • 試料: a membrane protein cryo-sample
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
  • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

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超分子 #1000: a membrane protein cryo-sample

超分子名称: a membrane protein cryo-sample / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / Number unique components: 4
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: muscle
分子量理論値: 210 KDa
配列UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

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分子 #2: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: muscle
分子量理論値: 30 KDa
配列UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2

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分子 #3: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: muscle
分子量理論値: 25 KDa
配列UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

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分子 #4: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: muscle
分子量理論値: 125 KDa
配列UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 200mM NaCl, 20mM MOPS, 0.5mM CaCl2, 0.1% digitonin
グリッド詳細: carbon coated grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年2月2日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3991 / 平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0033 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using RELION.
CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 353372

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1t0j

ソフトウェア名称: Chimera, Situs
詳細The fitting is mostly refer to a related entry
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jbr:
Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at 4.2 angstrom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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