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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yhl | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in complex with Fab and an antagonist Br-derivative | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / G-protein coupled receptor / lipid mediator / functional antibody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of integrin activation / response to nematode / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / regulation of ossification / response to mechanical stimulus ...negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of integrin activation / response to nematode / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / regulation of ossification / response to mechanical stimulus / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / bone development / positive regulation of cytokine production / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / response to lipopolysaccharide / inflammatory response / immune response / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019 タイトル: Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4at the lipid-bilayer interface. 著者: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / ...著者: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / Hotta, Y. / Asada, H. / Nakane, T. / Shiimura, Y. / Nakagita, T. / Tsuge, K. / Yoshida, S. / Kuribara, T. / Hosoya, T. / Sugimoto, Y. / Nomura, N. / Sato, M. / Hirokawa, T. / Kinoshita, M. / Murata, T. / Takayama, K. / Yamamoto, M. / Narumiya, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yhl.cif.gz | 158.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yhl.ent.gz | 120.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yhl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yhl_validation.pdf.gz | 689.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yhl_full_validation.pdf.gz | 696.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5yhl_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yhl_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/5yhl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5yfiC 5ywyC 5wv2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.1173791 / データの種類: diffraction image data / 詳細: Raw data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37063.547 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 4-217, 260-366 / 変異: N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGER4, PTGER2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P35408 |
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#2: 抗体 | 分子量: 27574.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: hybrid (その他) |
#3: 抗体 | 分子量: 26614.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: hybrid (その他) |
#4: 化合物 | ChemComp-8VL / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 24-31% PEG 300, 150 mM potassium sulfate, 100 mM MES (pH 5.5-6.5), 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-208-Br, 2% DMSO PH範囲: 5.5-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.2→49.339 Å / Num. obs: 22914 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.076 % / Biso Wilson estimate: 65.9 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.0716 / Rrim(I) all: 0.741 / Χ2: 1.446 / Net I/σ(I): 4.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WV2 5wv2 解像度: 4.2→49.339 Å / SU ML: 0.85 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.28 詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 266.01 Å2 / Biso mean: 134.3258 Å2 / Biso min: 76.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.2→49.339 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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