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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u11 | ||||||
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タイトル | E. coli dihydropteroate synthase complexed with an 8-mercaptoguanine derivative: 2-[(2-amino-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-8-yl)sulfanyl]-N-methylacetamide | ||||||
![]() | Dihydropteroate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / E. coli / DHPS / complex / pterin site / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dennis, M.L. / Peat, T.S. / Swarbrick, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 8-Mercaptoguanine Derivatives as Inhibitors of Dihydropteroate Synthase. 著者: Dennis, M.L. / Lee, M.D. / Harjani, J.R. / Ahmed, M. / DeBono, A.J. / Pitcher, N.P. / Wang, Z.C. / Chhabra, S. / Barlow, N. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Aurelio, ...著者: Dennis, M.L. / Lee, M.D. / Harjani, J.R. / Ahmed, M. / DeBono, A.J. / Pitcher, N.P. / Wang, Z.C. / Chhabra, S. / Barlow, N. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Aurelio, L. / Shonberg, J. / Graham, B. / Peat, T.S. / Baell, J.B. / Swarbrick, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 929.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 933 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5u0vC ![]() 5u0wC ![]() 5u0yC ![]() 5u0zC ![]() 5u10C ![]() 5u12C ![]() 5u13C ![]() 5u14C ![]() 5v79C ![]() 5v7aC ![]() 1aj2S ![]() 5u0x C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30796.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: folP, c3933 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.083 M magnesium sulfate 24.5% [w/v] PEG6000 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.32 Protein at 11.1 mg.mL-1 Cocrystallisation 1:1 (150:150 nL) reservoir:protein |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→46.2 Å / Num. obs: 42177 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.848 / % possible all: 81.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AJ2 解像度: 1.994→37.252 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.994→37.252 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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