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万見
- PDB-3ek6: Unique GTP-binding Pocket and Allostery of UMP Kinase from a Gram... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ek6
タイトルUnique GTP-binding Pocket and Allostery of UMP Kinase from a Gram-Negative Phytopathogen Bacterium
要素Uridylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Xanthomonas campestris / UMPK crystal structure / unique GTP binding site / allosteric regulation / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, bacteria / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Tu, J.-L. / Chin, K.-H. / Wang, A.H.-J. / Chou, S.-H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Unique GTP-Binding Pocket and Allostery of Uridylate Kinase from a Gram-Negative Phytopathogenic Bacterium
著者: Tu, J.-L. / Chin, K.-H. / Wang, A.H.-J. / Chou, S.-H.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridylate kinase
B: Uridylate kinase
C: Uridylate kinase
D: Uridylate kinase
E: Uridylate kinase
F: Uridylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,3426
ポリマ－156,3426
非ポリマー00
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uridylate kinase
C: Uridylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1142
ポリマ－52,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
3
B: Uridylate kinase
D: Uridylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1142
ポリマ－52,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
4
E: Uridylate kinase
F: Uridylate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1142
ポリマ－52,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.473, 120.098, 125.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23F
14A
24B
34C
15D
25E
35F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUSERSERAA3 - 2406 - 243
21GLUGLUSERSERCC3 - 2406 - 243
12METMETSERSERBB1 - 2404 - 243
22METMETSERSERDD1 - 2404 - 243
13GLUGLUARGARGEE3 - 2396 - 242
23GLUGLUARGARGFF3 - 2396 - 242
14GLUGLUSERSERAA3 - 2406 - 243
24GLUGLUSERSERBB3 - 2406 - 243
34GLUGLUSERSERCC3 - 2406 - 243
15GLUGLUARGARGDD3 - 2396 - 242
25GLUGLUARGARGEE3 - 2396 - 242
35GLUGLUARGARGFF3 - 2396 - 242

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
Uridylate kinase / UK / Uridine monophosphate kinase / UMP kinase / UMPK


分子量: 26057.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: XC17 / 遺伝子: pyrH, XCC1371 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59009, UMP kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na Citrate, 20% PEG 3350, 0.05M (NH4)2SO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.963896, 0.979441
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9638961
20.9794411
反射解像度: 2.33→86.71 Å / Num. obs: 71166 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.34→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 14.237 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with OXT on one or more residues that are not the terminal residues of the sequence. In all these instances the OXT was ...詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with OXT on one or more residues that are not the terminal residues of the sequence. In all these instances the OXT was changed to N of the next residue
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24556 3603 5.1 %RANDOM
Rwork0.20709 ---
obs0.20899 67497 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10795 0 0 489 11284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.97914700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28651430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98123.304457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.447151963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.70615102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.35609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.57503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2510.5864
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.524
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.08727217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.839311187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08124013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.76333513
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1790medium positional0.60.5
21B1804medium positional0.690.5
31E1783medium positional0.550.5
41A1790medium positional0.730.5
42B1790medium positional0.630.5
43C1790medium positional0.610.5
51D1783medium positional0.610.5
52E1783medium positional0.690.5
53F1783medium positional0.570.5
11A1790medium thermal0.662
21B1804medium thermal3.562
31E1783medium thermal0.382
41A1790medium thermal0.992
42B1790medium thermal1.442
43C1790medium thermal0.962
51D1783medium thermal2.292
52E1783medium thermal1.42
53F1783medium thermal0.972
LS精密化 シェル解像度: 2.338→2.399 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 241 -
Rwork0.26 4591 -
obs--91.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8166-0.58660.01141.03860.03440.64110.0133-0.07750.08050.05330.0346-0.13080.04790.0323-0.0479-0.101-0.0017-0.0105-0.0311-0.04120.003724.829445.878178.3957
20.37820.32010.12160.52710.08921.44830.035-0.0231-0.08710.0090.0214-0.02990.0654-0.1077-0.0564-0.0956-0.036-0.0096-0.02330.0086-0.0136-1.098929.033665.8927
30.4542-0.4156-0.03261.16510.62960.7131-0.0692-0.0768-0.0471-0.09260.03760.0446-0.1421-0.09630.0316-0.05680.0618-0.0166-0.0079-0.0274-0.0566-3.527171.498981.0913
40.71750.2952-0.16070.7793-0.70091.8925-0.16380.0759-0.1524-0.27250.1025-0.1091-0.15250.10710.06130.0517-0.14390.0796-0.0413-0.0651-0.061415.166743.601234.8562
51.29830.57750.05321.91481.63921.746-0.09260.14670.0771-0.5183-0.12380.2629-0.4124-0.3460.21640.16620.0721-0.15990.0097-0.0047-0.1025-11.620162.588837.7804
60.76430.83950.24271.7580.24081.3068-0.12970.00790.029-0.34250.2077-0.1557-0.340.0337-0.0780.168-0.04510.0821-0.1445-0.0322-0.0514.255283.363355.806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 240
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 239
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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