PDB-5m8d: Tubulin MTD265-R1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m8d

タイトル

Tubulin MTD265-R1 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Wymann, M.P.

資金援助

スイス,

スペイン,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Swiss Commission for Technology and Innovation (CTI)	14032.1 ; 15811.2 ; 17241.1	スイス
Stiftung fuer Krebsbekaempfung	341	スイス
Swiss National Science Foundation	310030_153211 ; 316030_133860 ; 310030B_138659 ; 31003A_166608	スイス
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)	U105184308	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Deconvolution of Buparlisib's mechanism of action defines specific PI3K and tubulin inhibitors for therapeutic intervention.
著者: Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Beaufils, F. / Burke, J.E. / Melone, A. / Inglis, A.J. / Rageot, D. / Sele, A.M. / Cmiljanovic, V. / Cmiljanovic, N. / Bargsten, K. / Aher, A. / Akhmanova, A. / ...

履歴

登録	2016年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m8d.cif.gz	919 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m8d.ent.gz	751 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m8d_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m8d_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5m8d_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	5m8d_validation.cif.gz	112 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jhaC 5jhbC 5m7eC 5m7gC 5m8gC 4i4tS 4o2b C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5osk-d 5lyj-d 4i4t-d 5h7o-d 5xkg-d 5yz3-d 6o5n-d 5kx5-d 5jvd-d 5iyz-d 5yls-d 5ezy-d 5xi7-d 5lxt-d 6fkl-d 6brf-d 4tv8-d 6k9v-d 5xlt-d 6br1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.180, 157.020, 179.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 551分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-UGI / 5-(6-morpholin-4-yl-2-pyrrolidin-1-yl-pyrimidin-4-yl)-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine 分子量: 394.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁F₃N₆O
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 3% PEG 4000, 4-6% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM MES/IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→68.101 Å / Num. obs: 139439 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 1.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. measured obs: 9900 / CC_1/2: 0.539 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.25→68.101 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	6885	4.94 %
R_work	0.1695	-	-
obs	0.1715	139439	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→68.101 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17363	0	207	533	18103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.896	24327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.817	10734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2643
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3151

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.2756	0.33	246	0.2982	4150	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2756-2.3023	0.3051	218	0.2687	4251	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3023-2.3304	0.2886	223	0.2589	4318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3304-2.3599	0.3028	229	0.26	4259	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3599-2.391	0.2981	241	0.2497	4378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.391-2.4237	0.3037	215	0.2464	4371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4237-2.4584	0.2822	222	0.2249	4419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4584-2.4951	0.3079	201	0.229	4385	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4951-2.534	0.2623	226	0.2274	4452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.5756	0.2718	208	0.2162	4374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5756-2.62	0.264	239	0.2112	4385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.6676	0.2761	226	0.2084	4412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6676-2.719	0.2504	213	0.2001	4396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.719-2.7745	0.2626	252	0.1983	4395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7745-2.8348	0.2362	243	0.1833	4382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8348-2.9007	0.2408	246	0.1851	4434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9007-2.9733	0.2394	235	0.1885	4380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9733-3.0537	0.2208	232	0.1829	4422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0537-3.1435	0.2108	213	0.1681	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1435-3.245	0.2374	227	0.1763	4406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.245-3.361	0.2176	238	0.1735	4452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.361-3.4955	0.2016	221	0.1616	4432	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4955-3.6546	0.1923	218	0.1576	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6546-3.8473	0.1872	205	0.1504	4508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8473-4.0883	0.1817	242	0.1436	4448	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0883-4.4039	0.1821	238	0.1334	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4039-4.8469	0.1511	247	0.1225	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8469-5.548	0.1643	245	0.1434	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
5.548-6.9888	0.2246	225	0.1728	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9888-68.1324	0.1829	251	0.1566	4740	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4348	-0.4374	-0.4224	4.3829	1.4963	2.9943	0.0332	0.1308	0.2308	-0.4727	0.2959	-0.4555	-0.7452	0.4376	-0.3026	0.5292	-0.1404	0.1129	0.4937	-0.1545	0.4329	31.6245	87.8538	51.7486
2	1.7449	-0.0573	-0.0461	3.4877	1.1662	3.4703	0.0192	0.0005	0.0907	0.3649	0.0047	0.2241	-0.212	-0.0433	-0.0524	0.3977	0.0104	0.0702	0.3293	-0.0972	0.3716	19.1809	81.9281	65.7957
3	0.8177	-0.4762	0.1885	5.2184	2.0548	3.5618	-0.0806	-0.2252	0.1377	0.8842	0.0819	0.1794	-0.1589	-0.0502	-0.0197	0.472	-0.0237	0.1254	0.4215	-0.096	0.4177	18.922	82.7337	73.3699
4	1.2892	-0.2221	-0.4436	3.8367	2.7747	2.1661	-0.0787	-0.0024	-0.2137	0.6696	0.4095	-0.4097	0.6224	0.9508	-0.4003	0.4438	0.1301	-0.0815	0.4571	-0.1714	0.4887	32.8142	61.5027	60.466
5	5.9449	-2.8298	-1.1772	8.4199	2.2718	4.4268	0.2686	0.3173	0.7058	-0.6477	-0.2455	0.199	-1.0184	-0.2695	0.0507	0.4867	0.0447	0.004	0.3911	-0.018	0.4446	15.987	69.5577	19.1495
6	2.7821	-0.8852	-1.4076	7.8059	0.4855	3.7559	0.1625	0.4163	0.1232	-0.5348	0.0015	-0.4192	-0.5182	0.2846	-0.1878	0.36	-0.0522	0.0466	0.5533	-0.0888	0.3544	28.9979	56.0059	14.479
7	2.3571	1.7193	0.5788	6.1716	2.5428	3.6835	-0.0553	-0.1651	0.1889	0.0026	0.0493	-0.0229	-0.2304	0.1643	-0.0055	0.2487	0.0224	0.0348	0.379	-0.127	0.3664	24.3855	52.8955	26.0261
8	4.0596	-1.7197	0.9034	1.89	-1.7672	2.1814	0.0053	-0.4836	-0.193	0.139	-0.2104	0.7441	0.4326	-1.1131	0.2435	0.3668	-0.0996	0.0888	0.7765	-0.314	0.5649	5.41	50.4763	28.2315
9	1.7826	-0.8163	0.1499	1.5081	0.8539	3.4903	-0.0399	-0.1543	0.119	-0.061	-0.0591	0.2604	-0.3424	-0.5677	0.1053	0.3563	0.032	0.0327	0.448	-0.1496	0.4786	9.9283	61.6092	35.6791
10	3.7327	-0.6736	1.1648	1.2561	-0.9647	2.3533	-0.3711	-0.3088	0.1309	0.3982	0.0919	0.2776	-0.3876	-1.1394	0.2452	0.5106	0.1204	0.0608	0.7209	-0.2056	0.5193	6.3258	60.239	44.6504
11	0.8985	-2.3005	-1.1158	6.3418	4.6717	4.6702	-0.0554	-0.0697	-0.0887	0.6004	-0.0504	0.4237	0.6347	-0.245	0.1871	0.3252	-0.0545	0.0579	0.3838	-0.1067	0.3745	15.4534	41.7496	34.0408
12	2.1292	-1.0433	-1.3181	5.2694	3.9157	3.4388	-0.2034	-0.3728	-0.3036	0.9696	0.1718	-0.083	1.3234	0.7989	-0.0689	0.4098	0.0044	-0.0666	0.4437	-0.0244	0.3934	25.6963	37.8046	30.9186
13	1.4109	-0.4491	0.0192	2.7844	0.1983	1.7115	-0.0293	0.1627	0.1331	-0.2859	0.0894	-0.0935	-0.1923	0.1317	-0.0512	0.2922	-0.0775	0.0408	0.3601	-0.0412	0.2952	20.1917	32.7698	-12.0794
14	0.9988	-0.4352	0.0557	1.6217	0.9933	1.7984	-0.0089	-0.0512	0.0561	0.0963	-0.0874	0.1667	0.0832	-0.2734	0.0932	0.2495	-0.0642	0.0375	0.3029	-0.0373	0.3202	7.9146	25.6762	3.1192
15	5.1442	-2.1894	-0.9937	5.3629	1.7662	3.9357	-0.0094	1.0496	0.1922	-0.8938	0.0923	-0.0137	-0.1571	-0.2324	-0.0382	0.6116	-0.1437	0.0521	0.8045	-0.0325	0.3153	17.2891	9.2419	-44.2753
16	1.9154	0.1978	-0.6995	1.4851	0.2944	2.7858	-0.1231	0.506	-0.2029	-0.369	0.156	-0.1482	0.2854	-0.0584	-0.056	0.5668	-0.0577	0.0598	0.5713	-0.1999	0.4087	20.375	-2.5577	-33.816
17	2.6203	-0.3586	-0.5763	2.2727	0.6806	2.8552	-0.2559	0.3808	-0.3467	0.0675	0.1523	0.2417	0.4469	-0.3735	0.1102	0.4964	-0.1151	0.0469	0.4759	-0.1196	0.3532	9.1264	-4.1465	-21.2959
18	4.4088	-0.7087	-2.0416	3.4957	0.6234	3.8807	-0.3961	0.0858	-0.7115	0.1945	0.1498	-0.2433	1.0401	0.6781	0.0591	0.7286	0.0915	0.0304	0.5327	-0.2423	0.6662	30.482	-16.617	-24.1689
19	3.8385	-2.842	-0.1697	6.0995	1.0204	0.4748	-0.114	-0.484	0.1925	1.4108	0.5938	-0.6962	0.0758	0.5526	-0.4012	1.0951	-0.0762	-0.0795	0.7068	-0.2152	0.6135	27.5013	92.1906	81.949
20	0.4365	0.1027	-0.0005	0.7956	0.8083	1.3567	-0.0425	-0.0343	-0.0111	0.2962	0.561	-0.5471	0.4764	0.7748	-0.7697	0.4127	0.0611	0.0265	0.7055	-0.2442	0.6421	43.0443	27.7621	4.0704
21	3.304	1.4682	-1.6784	6.0917	1.3558	3.719	-0.6298	0.5566	-0.762	-0.309	0.2378	-0.2057	1.3631	-0.3934	0.2377	1.0408	-0.1268	0.1869	0.5673	-0.1481	0.5814	6.2884	54.2225	69.6874
22	3.3596	0.5187	-0.1009	3.0858	-1.3515	4.012	-0.0653	-1.0014	-0.749	0.471	-0.516	-0.8518	0.6421	1.8855	0.5018	0.9055	0.2819	-0.0315	1.2804	0.2997	0.8065	14.9696	56.9329	104.8595
23	2.9745	0.6675	-2.4027	1.3866	-0.1263	3.2305	-0.5429	-0.16	-0.7721	0.1771	0.2713	-0.0968	1.088	-0.0169	0.0204	0.9705	0.0719	0.1601	0.406	0.0891	0.6643	-1.5857	53.8734	93.2391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 144)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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