PDB-5le1: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(2-chloro-6-fluoro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5le1

タイトル

VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid (compound 16)

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-2

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5le1.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5le1.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5le1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5le1_validation.pdf.gz	807.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5le1_full_validation.pdf.gz	807.9 KB	表示
XML形式データ	5le1_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5le1_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5le1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/5le1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lcaC 5lcfC 5lchC 5lm6C 4c1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ni0-2 1eiz-d 4d1u-d 1ko3-d 6zyn-1 5ni0-1 6kzn-1 6y6j-d 4uws-d 2yz3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.171, 60.720, 97.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-900- HOH
2	1	A-916- HOH
3	1	A-917- HOH
4	1	A-938- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Beta lactamase / Metallo-beta-lactamase vim-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein 分子量: 28352.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 プラスミド: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / 詳細 (発現宿主): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0

#1: タンパク質

Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...

分子量: 28352.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
プラスミド: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / 詳細 (発現宿主): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0

-
非ポリマー , 5種, 344分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-6UW / 2-[(2-chloranyl-6-fluoranyl-phenyl)methyl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindole-4-carboxylic acid 分子量: 319.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₁ClFNO₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Magnesium Formate, 24.5% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 5 mM 2-(2-chloro-6-fluorobenzyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid, 16 mg/mL protein

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 53782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.065 / Net I/av σ(I): 25.7 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 614346

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.45	8.1	0.76	5270	0.778	0.28	0.812	0.905	100
1.45-1.51	10.2	0.669	5338	0.861	0.218	0.705	0.934	99.9
1.51-1.58	11.5	0.542	5295	0.926	0.167	0.568	0.972	100
1.58-1.66	11.4	0.431	5295	0.95	0.134	0.452	1.004	100
1.66-1.76	12.1	0.295	5344	0.978	0.089	0.308	1.039	100
1.76-1.9	11.9	0.205	5345	0.988	0.062	0.214	1.134	100
1.9-2.09	12.5	0.139	5373	0.994	0.041	0.145	1.162	100
2.09-2.39	12.1	0.104	5377	0.995	0.031	0.108	1.181	100
2.39-3.02	12.3	0.075	5469	0.998	0.022	0.078	1.032	100
3.02-50	12	0.051	5676	0.997	0.016	0.054	1.184	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.24 Å	41.02 Å
Translation	6.24 Å	41.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4c1d

4c1d

解像度: 1.4→41.016 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1538	2000	3.72 %
R_work	0.1323	51699	-
obs	0.1331	53699	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.55 Å² / B_iso mean: 19.9788 Å² / B_iso min: 8.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→41.016 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1719	0	39	345	2103
B_iso mean	-	-	19.77	35.56	-
残基数	-	-	-	-	231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1877
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	2565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	339
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.385	654

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3997-1.4347	0.213	135	0.2124	3490	3625	96
1.4347-1.4735	0.2317	141	0.1888	3646	3787	100
1.4735-1.5168	0.2	142	0.1642	3677	3819	100
1.5168-1.5658	0.1675	141	0.1557	3648	3789	100
1.5658-1.6218	0.1696	141	0.1386	3647	3788	100
1.6218-1.6867	0.1644	143	0.1338	3686	3829	100
1.6867-1.7635	0.1476	142	0.1223	3668	3810	100
1.7635-1.8564	0.153	142	0.1239	3674	3816	100
1.8564-1.9727	0.132	143	0.1282	3697	3840	100
1.9727-2.125	0.1441	142	0.1237	3688	3830	100
2.125-2.3389	0.161	144	0.1231	3728	3872	100
2.3389-2.6773	0.1634	146	0.1197	3737	3883	100
2.6773-3.3728	0.1383	145	0.1246	3777	3922	100
3.3728-41.034	0.1446	153	0.1355	3936	4089	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0387	-0.2069	-1.2883	1.0254	0.1908	3.2884	0.0057	0.1657	0.1009	-0.1053	-0.0022	0.0255	0.0135	-0.1207	0.0015	0.0672	-0.0046	-0.0118	0.0773	0.0101	0.0854	103.8265	83.8892	12.2977
2	2.393	-4.0957	-1.8642	8.0231	1.681	4.9774	0.1833	0.1651	0.3772	-0.127	-0.0305	-0.0361	-0.2239	-0.1545	-0.1422	0.0792	-0.0136	0.0049	0.0949	0.0134	0.1259	108.4104	91.5999	16.4549
3	0.9458	-0.1187	-0.531	3.531	0.1267	1.377	0.0011	-0.1029	-0.0039	0.0493	-0.0266	-0.1802	0.0727	0.1098	0.0156	0.0613	0.0034	-0.015	0.1039	0.0071	0.0829	111.6412	78.1667	24.415
4	4.2179	1.7291	1.7707	1.0739	1.0909	1.2895	0.2395	-0.4504	-0.2746	0.1667	-0.291	-0.1954	0.2194	-0.0863	0.0661	0.1585	0.0052	-0.0085	0.1132	0.0383	0.1427	108.5823	70.7034	28.2001
5	1.6654	-0.0107	-0.3204	2.3811	0.4776	2.2483	-0.0432	0.1034	-0.0919	-0.1823	0.0325	0.0408	0.2009	-0.0885	0.0226	0.1177	-0.0362	-0.0106	0.0818	0.0026	0.0974	100.8686	69.7589	16.3592
6	4.1583	-3.7592	-4.234	6.7988	2.2752	5.3031	-0.2563	0.05	-0.504	0.0351	0.074	0.3786	0.5234	-0.1933	0.2006	0.2326	-0.0674	-0.0209	0.1352	-0.0043	0.1535	96.818	60.624	16.2731
7	3.0312	0.313	0.1814	3.841	-1.1046	2.9967	-0.0493	0.3101	0.2242	-0.1418	0.1612	0.4967	0.0689	-0.51	-0.1289	0.134	-0.0287	-0.0489	0.1595	-0.0003	0.1415	94.0308	74.6404	11.9086
8	9.0118	-4.7408	-3.0815	6.5683	2.7195	5.7636	-0.0481	0.4848	-0.7288	-0.3365	-0.1044	0.3895	0.6593	-0.0803	0.1364	0.3612	-0.0802	-0.0313	0.207	-0.0501	0.1773	98.1708	62.2451	6.0115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 88 )	A	31 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 102 )	A	89 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 146 )	A	103 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 163 )	A	147 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 164 through 215 )	A	164 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	A	216 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 230 through 245 )	A	230 - 245
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 246 through 261 )	A	246 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)