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- PDB-5jq1: Efficient targeting of the asialoglycoprotein receptor by polyval... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jq1
タイトルEfficient targeting of the asialoglycoprotein receptor by polyvalent display of a compact galactosamine mimic
要素Asialoglycoprotein receptor 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / asialoglycoprotein receptor / carbohydrates / liver targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / metal ion binding ...asialoglycoprotein receptor activity / Asparagine N-linked glycosylation / fucose binding / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / receptor-mediated endocytosis / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatic lectin, N-terminal domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like ...Hepatic lectin, N-terminal domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZPF / Asialoglycoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Efficient Liver Targeting by Polyvalent Display of a Compact Ligand for the Asialoglycoprotein Receptor.
著者: Sanhueza, C.A. / Baksh, M.M. / Thuma, B. / Roy, M.D. / Dutta, S. / Preville, C. / Chrunyk, B.A. / Beaumont, K. / Dullea, R. / Ammirati, M. / Liu, S. / Gebhard, D. / Finley, J.E. / Salatto, C. ...著者: Sanhueza, C.A. / Baksh, M.M. / Thuma, B. / Roy, M.D. / Dutta, S. / Preville, C. / Chrunyk, B.A. / Beaumont, K. / Dullea, R. / Ammirati, M. / Liu, S. / Gebhard, D. / Finley, J.E. / Salatto, C.T. / King-Ahmad, A. / Stock, I. / Atkinson, K. / Reidich, B. / Lin, W. / Kumar, R. / Tu, M. / Menhaji-Klotz, E. / Price, D.A. / Liras, S. / Finn, M.G. / Mascitti, V.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asialoglycoprotein receptor 1
B: Asialoglycoprotein receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,76511
ポリマ－34,0232
非ポリマー7429
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.080, 59.490, 68.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Asialoglycoprotein receptor 1 / ASGPR 1 / C-type lectin domain family 4 member H1 / Hepatic lectin H1 / HL-1


分子量: 17011.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASGR1, CLEC4H1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P07306
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZPF / N-[(1S,2R,3R,4R,5S)-2,3-dihydroxy-1-(hydroxymethyl)-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-4-yl]acetamide


分子量: 233.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15NO6
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M cacodylate, pH 6.8-7.4, 0.1-0.2M (NH4)2SO4, 14-20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→34.37 Å / Num. obs: 29063 / % possible obs: 88.8 % / Biso Wilson estimate: 28.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.83→1.93 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4276 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DV8

1dv8


解像度: 1.83→34.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1480 5.09 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 29063 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.893 Å20 Å21.2689 Å2
2---7.3541 Å20 Å2
3---2.4612 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 39 146 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012320HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.93208HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d750SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes331HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2320HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion260SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2646SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 157 5.48 %
Rwork0.205 2709 -
all0.207 2866 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81680.22110.07240.5096-0.02612.4464-0.01790.1419-0.0558-0.06860.02760.00430.1751-0.0843-0.0097-0.0258-0.00070.0128-0.06270.01-0.04221.7810.472725.6175
21.668-0.28350.82521.0323-0.47492.5322-0.0585-0.22960.17270.10810.01160.0322-0.103-0.05970.047-0.05610.01570.0242-0.0096-0.0154-0.0575-16.5639-0.587450.9897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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