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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gmq | ||||||
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Title | Crystal structure of protein EF0006 from Enterococcus faecalis | ||||||
![]() | Hypothetical protein EF0006![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() PUA domain-like fold / PUA domain-like domain / Pheromone response, PrgU-like domain / PrgU-like superfamily / PrgU-like protein / PUA-like superfamily / ![]() Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Volkart, L. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of protein EF0006 from Enterococcus faecalis Authors: Chang, C. / Volkart, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 47.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Each of molecule A and B makes dimer with symmetry pair using operator (1-x, 1/2-y, z) |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 13830.537 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.1 Details: 20% PEG 3350, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2005 | |||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. all: 29350 / Num. obs: 28088 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 32.09 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.76 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 90.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.802 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.76→1.801 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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