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- PDB-5j3s: Crystal structure of the catalytic domain of human tyrosyl DNA ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3s
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human tyrosyl DNA phosphodiesterase 2 in complex with a small molecule inhibitor
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
キーワードHYDROLASE / tyrosyl DNA phosphodiesterase 2 catalytic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / aggresome / neuron development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / PML body / transcription corepressor activity / double-strand break repair ...tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / aggresome / neuron development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / PML body / transcription corepressor activity / double-strand break repair / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UBA-like domain / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / UBA-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6FQ / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hornyak, P. / Pearl, L.H. / Caldecott, K.W. / Oliver, A.W.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Mode of action of DNA-competitive small molecule inhibitors of tyrosyl DNA phosphodiesterase 2.
著者: Hornyak, P. / Askwith, T. / Walker, S. / Komulainen, E. / Paradowski, M. / Pennicott, L.E. / Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Raoof, A. / Watson, M. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.J. / Ward, S. ...著者: Hornyak, P. / Askwith, T. / Walker, S. / Komulainen, E. / Paradowski, M. / Pennicott, L.E. / Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Raoof, A. / Watson, M. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.J. / Ward, S.E. / Atack, J.R. / Pearl, L.H. / Caldecott, K.W. / Oliver, A.W.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2072
ポリマ－28,8241
非ポリマー3821
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.516, 68.516, 209.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / hTDP2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ETS1-associated protein 2 ...hTDP2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ETS1-associated protein 2 / ETS1-associated protein II / EAPII / TRAF and TNF receptor-associated protein / Tyrosyl-RNA phosphodiesterase / VPg unlinkase


分子量: 28824.314 Da / 分子数: 1 / 変異: C273S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP2, EAP2, TTRAP, AD-022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: O95551, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-6FQ / 2,4-dioxo-10-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-2,3,4,10-tetrahydropyrimido[4,5-b]quinoline-8-carbonitrile / 2,4-ジオキソ-10-[3-(1H-テトラゾ-ル-5-イル)フェニル]-2,3,4,10-テトラヒドロピリミド[4,(以下略)


分子量: 382.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H10N8O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2M D/L-Malic acid pH7.0, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 3% v/v DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→45.22 Å / Num. obs: 7545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2423 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.025 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J3P

5j3p


解像度: 3.4→45.218 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 32.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 360 4.77 %
Rwork0.2539 --
obs0.2549 7545 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→45.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 29 0 1761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4942458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3871109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4004-3.89220.36661130.3462393X-RAY DIFFRACTION100
3.8922-4.90280.24941070.25462433X-RAY DIFFRACTION100
4.9028-45.22230.2591400.22082359X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.07690.45812.19671.3593-1.37733.1657-0.027-0.6932-0.2793-0.38540.043-0.2748-0.0974-1.20140.07561.3427-0.36650.0820.7440.02630.3625-11.8758-11.12179.7725
21.70270.29421.44580.08220.12753.1215-0.1562-0.135-0.54740.1726-0.22770.43352.0758-1.85220.03151.3405-0.72490.18741.5703-0.17090.6398-17.6003-16.148111.8733
33.82154.44963.21385.94494.56424.79660.2493-0.3497-0.41661.56290.0201-0.38860.4851-0.08631.40682.7853-0.610.12030.61530.0390.7872-7.3384-25.513115.7504
40.91791.64050.2134.94333.32764.57450.29420.31110.0419-0.63860.4581-0.34690.98280.45190.21461.6663-0.30220.00080.55960.05770.6933-4.7568-22.390310.331
51.6101-0.6637-0.44813.4612-0.86170.5255-0.16770.2585-0.1978-0.23570.6053-0.42921.32650.15280.04671.40820.0158-0.04830.41610.09370.58382.8872-18.79945.8519
68.33520.25923.81034.1598-1.5016.2603-0.60280.18541.41320.2814-0.2830.08080.7528-0.04430.39480.6346-0.05470.0940.57170.03170.5535-5.4945-8.70854.3877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 112 through 128 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 129 through 198 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 233 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 234 through 301 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 302 through 357 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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