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- PDB-5izq: Crystal structure of human folate receptor alpha in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5izq
タイトルCrystal structure of human folate receptor alpha in complex with novel antifolate AGF183
要素Folate receptor alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Folate receptor alpha / antifolate / tumor targeting / 2-Amino-4-oxo-6-substituted pyrrolo[2 / 3-d]pyrimidine
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure ...cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure / Cargo concentration in the ER / regulation of canonical Wnt signaling pathway / COPII-mediated vesicle transport / clathrin-coated vesicle / axon regeneration / folic acid binding / heart looping / folic acid metabolic process / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis / brush border membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / endosome / apical plasma membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-83A / Folate receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ke, J. / Gu, X. / Brunzelle, J.S. / Xu, H.E. / Melcher, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK071662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104212 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Tumor Targeting with Novel 6-Substituted Pyrrolo [2,3-d] Pyrimidine Antifolates with Heteroatom Bridge Substitutions via Cellular Uptake by Folate Receptor alpha and the Proton-Coupled ...タイトル: Tumor Targeting with Novel 6-Substituted Pyrrolo [2,3-d] Pyrimidine Antifolates with Heteroatom Bridge Substitutions via Cellular Uptake by Folate Receptor alpha and the Proton-Coupled Folate Transporter and Inhibition of de Novo Purine Nucleotide Biosynthesis.
著者: Golani, L.K. / Wallace-Povirk, A. / Deis, S.M. / Wong, J. / Ke, J. / Gu, X. / Raghavan, S. / Wilson, M.R. / Li, X. / Polin, L. / de Waal, P.W. / White, K. / Kushner, J. / O'Connor, C. / Hou, ...著者: Golani, L.K. / Wallace-Povirk, A. / Deis, S.M. / Wong, J. / Ke, J. / Gu, X. / Raghavan, S. / Wilson, M.R. / Li, X. / Polin, L. / de Waal, P.W. / White, K. / Kushner, J. / O'Connor, C. / Hou, Z. / Xu, H.E. / Melcher, K. / Dann, C.E. / Matherly, L.H. / Gangjee, A.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Folate receptor alpha
B: Folate receptor alpha
C: Folate receptor alpha
D: Folate receptor alpha
E: Folate receptor alpha
F: Folate receptor alpha
G: Folate receptor alpha
H: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,82115
ポリマ－221,7248
非ポリマー3,0977
水00
1
A: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Folate receptor alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7161
ポリマ－27,7161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1582
ポリマ－27,7161
非ポリマー4421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.793, 144.982, 211.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.385206, 0.919361, -0.07995), (-0.919756, 0.389545, 0.048), (0.075273, 0.055045, 0.995643)12.56031, 21.99698, -14.95875
3given(0.014523, 0.995783, 0.090578), (0.995095, -0.005529, -0.098767), (-0.09785, 0.091569, -0.99098)-40.15498, 20.19332, -63.57041
4given(0.914876, 0.402115, -0.036123), (-0.400085, 0.914973, 0.052494), (0.05416, -0.033574, 0.997968)1.88786, 18.21986, 61.85276
5given(-0.703683, -0.705292, 0.085982), (0.70883, -0.688531, 0.153247), (-0.048883, 0.168784, 0.98444)-21.8763, 53.24887, 21.33908
6given(0.927177, 0.37343, 0.029885), (0.372345, -0.909815, -0.183292), (-0.041257, 0.181071, -0.982604)20.95043, 62.64008, -80.59119
7given(0.710552, -0.70138, -0.056411), (0.703263, 0.70524, 0.089766), (-0.023177, -0.103455, 0.994364)0.47367, -3.54963, 78.05347
8given(0.38167, -0.91958, 0.093279), (0.920161, 0.38756, 0.055691), (-0.087363, 0.064576, 0.994081)51.30849, 64.39351, 6.63613
詳細Monomer according to Size exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質
Folate receptor alpha / FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB ...FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB cells FBP / Ovarian tumor-associated antigen MOv18


分子量: 27715.523 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR1, FOLR / プラスミド: pcDNA6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15328
#2: 化合物
ChemComp-83A / N-(4-{[2-(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)ethyl]amino}benzene-1-carbonyl)-L-glutamic acid / antifolate AGF183


分子量: 442.425 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N6O6
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) polyethylene glycol 10K, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 32930 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.81 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LRH

4lrh


解像度: 3.6→47.11 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3001 4.84 %RANDOM
Rwork0.2162 ---
obs0.2182 32929 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13527 0 224 0 13751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9119342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2555066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.6590.38251120.3522841X-RAY DIFFRACTION99
3.659-3.72210.34781510.32452800X-RAY DIFFRACTION99
3.7221-3.78980.31931530.31362809X-RAY DIFFRACTION99
3.7898-3.86260.35111300.28782774X-RAY DIFFRACTION99
3.8626-3.94140.29641710.27052837X-RAY DIFFRACTION100
3.9414-4.02710.29261490.27242770X-RAY DIFFRACTION99
4.0271-4.12070.31021420.24292835X-RAY DIFFRACTION99
4.1207-4.22370.29741640.24282773X-RAY DIFFRACTION100
4.2237-4.33780.23271400.21572858X-RAY DIFFRACTION100
4.3378-4.46540.25571390.20052796X-RAY DIFFRACTION100
4.4654-4.60940.25951190.19082856X-RAY DIFFRACTION100
4.6094-4.7740.20771680.18872813X-RAY DIFFRACTION100
4.774-4.96490.20671410.17722812X-RAY DIFFRACTION100
4.9649-5.19060.24291540.17542793X-RAY DIFFRACTION100
5.1906-5.46390.18651440.17142794X-RAY DIFFRACTION100
5.4639-5.80570.22661220.17582860X-RAY DIFFRACTION100
5.8057-6.2530.28681200.1712842X-RAY DIFFRACTION100
6.253-6.88050.20751740.18062808X-RAY DIFFRACTION100
6.8805-7.87210.2452990.18182829X-RAY DIFFRACTION99
7.8721-9.90290.22681620.18662811X-RAY DIFFRACTION99
9.9029-47.11420.23551470.2062679X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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