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- PDB-5iid: Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iid
タイトルCrystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-4H-chromen-4-one
要素Protein polybromo-1
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / complex / small molecule / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6BK / Protein polybromo-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Felletar, I. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Knapp, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Optimization of a Selective Ligand for the Switch/Sucrose Nonfermenting-Related Bromodomains of Polybromo Protein-1 by the Use of Virtual Screening and Hydration Analysis.
著者: Myrianthopoulos, V. / Gaboriaud-Kolar, N. / Tallant, C. / Hall, M.L. / Grigoriou, S. / Brownlee, P.M. / Fedorov, O. / Rogers, C. / Heidenreich, D. / Wanior, M. / Drosos, N. / Mexia, N. / ...著者: Myrianthopoulos, V. / Gaboriaud-Kolar, N. / Tallant, C. / Hall, M.L. / Grigoriou, S. / Brownlee, P.M. / Fedorov, O. / Rogers, C. / Heidenreich, D. / Wanior, M. / Drosos, N. / Mexia, N. / Savitsky, P. / Bagratuni, T. / Kastritis, E. / Terpos, E. / Filippakopoulos, P. / Muller, S. / Skaltsounis, A.L. / Downs, J.A. / Knapp, S. / Mikros, E.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein polybromo-1
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8364
ポリマ－29,2962
非ポリマー5402
水88349
1
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9182
ポリマ－14,6481
非ポリマー2701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9182
ポリマ－14,6481
非ポリマー2701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.500, 56.400, 139.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 652 - 766 / Label seq-ID: 10 - 124

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D


分子量: 14648.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物 ChemComp-6BK / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-4H-1-benzopyran-4-one / 3′,4′,5-トリヒドロキシフラボン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.20M Na2SO4 0.1M BTProp pH 8.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.52 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.52 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→18.632 Å / Num. obs: 13364 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/av σ(I): 6.941 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.533.50.7841197
2.53-2.684.90.6141.31100
2.68-2.874.90.4161.91100
2.87-3.14.90.2473.11100
3.1-3.394.90.1584.81100
3.39-3.794.90.17.41100
3.79-4.384.90.05712.51100
4.38-5.374.80.04416.51100
5.37-7.594.60.04714.61100
7.59-18.63240.02424.1192.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.71 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å18.63 Å
Translation2.5 Å18.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 3MB4,3DAI,3HMH,2GRC,2OSS,2OUO,3D7C,3DWY

3mb4

3dai

3hmh

2grc

2oss

2ouo

3d7c

3dwy


解像度: 2.4→18.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 18.795 / SU ML: 0.216 / SU R Cruickshank DPI: 0.3449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.273
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2817 659 4.9 %RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.2207 12658 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.12 Å2 / Biso mean: 38.291 Å2 / Biso min: 19.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--2.5 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→18.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 40 49 1983
Biso mean--45.64 41.39 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4712.012658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1673.0013298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3785228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06423.95896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60915374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1851516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02384
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4275 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.609 24 -
Rwork0.345 778 -
all-802 -
obs--92.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.003-0.46331.3320.6722-0.75043.32410.023-0.02830.06760.0477-0.08110.04610.2781-0.02010.05810.0885-0.0125-0.01660.08920.02860.08574.445933.168922.3153
20.4639-0.2739-0.64630.91580.25142.22430.0619-0.1447-0.0431-0.0785-0.0528-0.087-0.30920.1066-0.00910.1004-0.02960.01080.14380.00210.081915.877755.924620.3843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A653 - 766
2X-RAY DIFFRACTION2B652 - 765

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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